Bioinformaticien - H/F

Limagrain; Chappes; Sur place; EUR 42 000 - 58 000; Plein temps

Résumé du poste

Limagrain recrute un Bioinformaticien pour intégrer la plateforme de Génomique Appliquée du département Traits & Technologies, en CDD 12 mois à Chappes.

Vous contribuerez à migrer nos outils vers une infrastructure HPC, développerez des pipelines d'analyse et des interfaces graphiques, et accompagnerez les chercheurs dans leurs analyses.

Profil Bac+5 en bioinformatique, expérience en données omiques, maîtrise de Python ou R, Linux/Unix et expérience HPC souhaitée.

Qualifications

• Diplôme de niveau Bac+5 (Master) en bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine équivalent.
• Première expérience ou expérience confirmée en analyse de données omiques.
• Solides connaissances en bioinformatique appliquée aux données génomiques ou omiques.
• Maîtrise d'au moins un langage de programmation scientifique tel que Python ou R.
• Bonne pratique des environnements Linux/Unix.
• Expérience du calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs de tâches tels que Slurm, LSF ou équivalent.
• Connaissance des outils de gestion de versions (Git).

Responsabilités

• Contribuerez activement à la migration de nos outils et données vers une nouvelle infrastructure de calcul haute performance (HPC).
• Développerez, optimiserez et maintiendrez des pipelines d'analyse bioinformatique robustes et performants.
• Participerez au développement et au déploiement d'interfaces graphiques facilitant l'utilisation de nos solutions par les équipes scientifiques.
• Accompagnerez les chercheurs et experts du département dans leurs analyses de données complexes.
• Documenterez les outils, codes et procédures afin d'assurer leur pérennité et leur évolution.
• Contribuerez à la formation des utilisateurs sur les nouvelles solutions de calcul déployées.
• Partagerez régulièrement vos résultats et avancées auprès des équipes concernées.

Connaissances

Python

R

Formation

Master en bioinformatique

Outils

Linux/Unix

Slurm

LSF

Git

Nextflow

Galaxy

Docker

Singularity/Apptainer

Description du poste

Date de début de publication: 18/08/2026

ID de l'offre: 2494

Titre du poste: Bioinformaticien - H/F

Localisation: Chappes

Type de contrat: CDD

Description de poste:

Finalité du poste

Limagrain est une coopérative agricole internationale créée et dirigée par des agriculteurs français. Chaque jour, nos équipes innovent pour répondre aux défis de l'agriculture et de l'alimentation de demain grâce à la création de semences de grandes cultures et potagères, ainsi qu'à nos activités céréalières et de boulangerie-pâtisserie.

Au sein de la Division Grandes Cultures, vous intégrerez pour un contrat à durée déterminée de 12 mois la plateforme de Génomique Appliquée du département Traits & Technologies. Notre mission : transformer les données issues du séquençage haut débit en solutions innovantes au service de la création variétale.

Vous souhaitez évoluer dans un environnement scientifique de pointe, contribuer à des projets à fort impact et travailler au croisement de la biologie, de la data et du calcul intensif ? Rejoignez-nous !

Quelques éléments de contexte

En tant que Bioinformaticien, vous jouerez un rôle clé dans l'évolution de nos infrastructures et outils d'analyse génomique.

À ce titre, vous :

• Contribuerez activement à la migration de nos outils et données vers une nouvelle infrastructure de calcul haute performance (HPC).
• Développerez, optimiserez et maintiendrez des pipelines d'analyse bioinformatique robustes et performants.
• Participerez au développement et au déploiement d'interfaces graphiques facilitant l'utilisation de nos solutions par les équipes scientifiques.
• Accompagnerez les chercheurs et experts du département dans leurs analyses de données complexes.
• Documenterez les outils, codes et procédures afin d'assurer leur pérennité et leur évolution.
• Contribuerez à la formation des utilisateurs sur les nouvelles solutions de calcul déployées.
• Partagerez régulièrement vos résultats et avancées auprès des équipes concernées.

Ce que nous attendons de vous

Formation et expérience

• Diplôme de niveau Bac+5 (Master) en bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine équivalent.
• Première expérience ou expérience confirmée en analyse de données omiques.
• Solides connaissances en bioinformatique appliquée aux données génomiques ou omiques.
• Maîtrise d'au moins un langage de programmation scientifique tel que Python ou R.
• Bonne pratique des environnements Linux/Unix.
• Expérience du calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs de tâches tels que Slurm, LSF ou équivalent.
• Connaissance des outils de gestion de versions (Git).

Les atouts qui feront la différence

• Connaissance de Nextflow, Galaxy ou outils similaires.
• Expérience des technologies de conteneurisation (Docker, Singularity/Apptainer...).
• Connaissances en génomique, génétique et analyse de données végétales.

Ce qui vous attend chez nous

• Des projets scientifiques et technologiques à fort impact pour l'agriculture de demain.
• Un environnement collaboratif réunissant bioinformaticiens, généticiens, biologistes et data scientists.
• L'opportunité de travailler sur des volumes de données importants et des infrastructures de calcul de pointe.
• Une culture d'entreprise coopérative qui place l'innovation, l'expertise et le travail d'équipe au cœur de son développement.
• Des perspectives d'évolution dans un groupe international reconnu pour son excellence scientifique.

Limagrain Field Seeds (LFS) avec sa marque internationale multi-espèces LG, est la business line Semences de Grandes Cultures du groupe Limagrain. Présent sur tous les continents LFS possède des filiales dans plus de 40 pays et réalise des ventes dans 77 pays. Sous sa marque LG, LFS fournit des semences de maïs, blé, tournesol, colza d’hiver et d’autres cultures régionales à tous les agriculteurs - qu’ils soient petits ou grands. Grâce à un fort engagement pour le progrès technologique, les améliorations variétales issues de 84 sites de recherche sont continuellement développées et adaptées pour offrir des performances maximales au niveau local.

Avec pour maison-mère une coopérative agricole française installée dans la plaine de Limagne-Val d’Allier, au coeur de l’Auvergne, Limagrain est un groupe semencier et agroalimentaire fort de plus de 9 600 collaborateurs et présent dans 53 pays. 4e semencier mondial, Limagrain a réalisé un chiffre d’affaires de 2 522 millions d’euros en 2023-2024, auquel s’ajoutent 729 millions d’euros de chiffre d’affaires des activités réalisées conjointement avec ses partenaires stratégiques.