Ingénieur(e) en Bio-informatique - Lyon

Vulcain Engineering Group; Lyon; Sur place; EUR 39 000 - 46 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Mobility support

Meal allowance

Health insurance

Onboarding program

Career development

RSE commitment

Résumé du poste

Consultys, filiale du groupe Vulcain Engineering, recherche un ingénieur bio-informatique à Lyon en CDI. Vous concevrez et industrialiserez des pipelines, développerez des scripts Python et contribuerez à la sécurisation et à l’optimisation des workflows bioinformatiques.

Vous maîtriserez Snakemake/Nextflow, AWS et les outils Git/Docker/Conda; vous évoluerez dans un contexte international avec anglais professionnel et un parcours d’intégration.

Qualifications

• Diplôme d’Ingénieur ou universitaire (Bac+5).
• Première expérience significative en bio-informatique souhaitée.
• Bonne maîtrise de Python.
• Expérience avec Snakemake et/ou Nextflow.
• Connaissance d’un environnement Cloud (AWS).
• Connaissance des outils Git, Docker et Conda.
• Bonne maîtrise de l’anglais professionnel.
• Capacité à travailler dans un environnement international.

Responsabilités

• Concevoir, développer et maintenir des pipelines bioinformatiques automatisés.
• Automatiser, sécuriser et industrialiser les pipelines bioinformatiques.
• Mettre en œuvre des workflows robustes avec Snakemake et/ou Nextflow.
• Développer des scripts Python pour le prétraitement et l’analyse des données de séquençage.
• Automatiser le démultiplexage et le contrôle qualité des données.
• Identifier et intégrer les outils bioinformatiques adaptés.
• Optimiser les pipelines pour performance et ressources.
• Participer à l’amélioration des processus et du suivi des données.

Connaissances

Python

Snakemake

Nextflow

AWS Cloud

Git

Docker

Conda

Linux

Benchling

Anglais professionnel

Formation

Bac+5 ingénieur ou université

Outils

Snakemake

Nextflow

AWS

Git

Docker

Conda

Description du poste

Votre Carrière ? Notre Mission !

Dans le cadre d’un projet, nous recrutons en CDI un(e) Ingénieur(e) en bio-informatique.

QUI SOMMES NOUS ?

Consultys, filiale du groupe Vulcain Engineering, société d’ingénierie et de conseil spécialisée dans les Life Sciences (pharma, biotech, cosmétique et dispositifs médicaux), en France et à l’International. Depuis 2005, nous accompagnons les industries grâce à notre ancrage régional et à l’expertise de nos équipes. Nous contribuons à des projets utiles et durables, avec une mission commune : «The Energy to Transform». Chez Consultys, nous prouvons qu’il est possible d’accorder Humain et Performance. Nous plaçons l’esprit d’équipe, l’entraide et la bienveillance au cœur de notre collectif et proposons à nos collaborateurs des parcours évolutifs adaptés à leurs ambitions. Nous contribuons à la mise sur le marché de produits de santé sûrs et innovants, tout en participant à la décarbonation, à la optimisation des ressources et à la transformation numérique.

VOS MISSIONS

• Concevoir, développer et maintenir des pipelines bioinformatiques automatisés.
• Automatiser, sécuriser et industrialiser (scale-up) les pipelines bioinformatiques.
• Mettre en œuvre des workflows robustes à l’aide de Snakemake et/ou Nextflow.
• Développer des scripts en Python pour le prétraitement et l’analyse primaire des données de séquençage.
• Automatiser les étapes de traitement des données, notamment le démultiplexage et le contrôle qualité.
• Identifier et intégrer les outils bioinformatiques les plus adaptés aux besoins.
• Optimiser les pipelines en termes de performance, ressources et temps de calcul.
• Contribuer à l’optimisation des processus de transfert, d’organisation, de suivi et de gestion des données de séquençage.
• Participer à l’amélioration de la qualité des métadonnées et du suivi des échantillons.
• Formaliser et documenter les flux de données et contribuer à la rédaction des SOP associées.
• Assurer la documentation et le versioning du code avec Git.
• Contribuer à l’amélioration continue des outils, pipelines et processus bioinformatiques.

LOCALISATION : Région Lyonnaise

VOTRE PROFIL

• Diplôme d’Ingénieur ou universitaire (Bac +5),
• Première expérience significative en bio-informatique, idéalement dans le développement ou l’industrialisation de pipelines.
• Bonne maîtrise de Python.
• Expérience avec Snakemake et/ou Nextflow.
• Connaissance d’un environnement Cloud, notamment AWS.
• Connaissance des outils Git, Docker et Conda.
• Une expérience avec Linux et/ou Benchling est un plus.
• Bon niveau d’anglais professionnel, à l’écrit comme à l’oral.

VOS COMPÉTENCES ET OUTILS

• Vous êtes à l'aise avec Python, Snakemake ou Nextflow, AWS / Cloud,Git, Docker, Conda,
• Les environnements et outils bioinformatiques liés aux données de séquençage.
• Autonome et force de proposition,
• Esprit d’analyse et votre capacité à résoudre des problèmes,
• Rigueur et votre sens de l’organisation,
• Capacité à travailler dans un environnement multidisciplinaire et international,
• Qualité rédactionnelle en français et en anglais.

VOS AVANTAGES

• Coup de pouce mobilité, avec une prise en charge partielle de vos déplacements,
• Savourez vos pauses, avec une participation aux frais de repas,
• Une couverture santé avantageuse avec une mutuelle financée à 60 % ,
• Un parcours d’intégration complet et des formations régulières pour booster votre carrière,
• Un engagement fort en matière de RSE pour contribuer à un impact positif et durable.
• Salaire : 39 000 € à 46 000 € bruts annuels selon profil

Engagés pour la diversité, le handicap et l’égalité professionnelle, nous construisons un environnement de travail ouvert et inclusif.

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