Bioinformatiker innen Kreftdiagnostikk og Genomikk

Emilius Janssen; Stavanger; On-site; NOK 700,000 - 900,000; Full time

Benefits offered by this job

Hjem-jobb-Hjem avtale (rabatter / sykk

Pensjonsordninger

Forsikringsordninger

Velferdsordninger

Job summary

Emilius Janssen i Stavanger søker en bioinformatiker til å implementere og validere store NGS-genpaneler i kreftdiagnostikk ved avdeling for patologi. Du vil etablere infrastruktur, utvikle analysepipelines og sikre rutinediagnostikk i samarbeid med patologer og molekylærbiologer.

Vi forventer master eller doktorgrad i molekylærbiologi eller bioinformatikk, samt erfaring med GATK, Nextflow og Linux-baserte arbeidsmiljøer. Søkere bes levere vitnemål/dokumentasjon vedlagt søknaden.

Qualifications

• Master/PhD i molekylærbiologi eller bioinformikk; annen relevant høyere grad vurderes.
• Erfaring med verktøy og pipelines for håndtering og analyse av NGS-data.
• Programmeringskunnskap (Python, R, Bash) og kjennskap til Linuxbaserte OS.

Responsibilities

• Etablere infrastruktur og arbeidsflyter for store genpanelanalyser ved SUS.
• Utvikle og validere bioinformatiske analysepipelines.
• Bidra til klinisk tolkning av resultater sammen med patologer og molekylærbiologer.
• Arbeide med Linux-miljøer, Docker/Singularity og versjonskontroll (Git).
• Identifisere mutasjoner og signifikante genomiske funn for klinisk bruk.
• Bygge lokal kompetanse innen genomisk diagnostikk og bioinformatikk.

Skills

NGS data analysis

GATK

Nextflow

Python

Docker

Bioinformatics

Education

Master/PhD in molecular biology or bioinformatics

Tools

GATK

BWA

SAMtools

FastQC

Nextflow

Snakemake

Docker

Singularity

Job description

Emilius Janssen i Stavanger søker en bioinformatiker til å implementere og validere store NGS-genpaneler i kreftdiagnostikk ved avdeling for patologi. Du vil etablere infrastruktur, utvikle analysepipelines og sikre rutinediagnostikk i samarbeid med patologer og molekylærbiologer.

Vi forventer master eller doktorgrad i molekylærbiologi eller bioinformatikk, samt erfaring med GATK, Nextflow og Linux-baserte arbeidsmiljøer. Søkere bes levere vitnemål/dokumentasjon vedlagt søknaden.