Bioinformatiker, Kreftgenomikk: Bygg NGS-pipelines

Klinikk for medisinsk service og ABK, Seksjon for forskning og utprøvende diagnostikk, Helse Stavang; Stavanger; On-site; NOK 750,000 - 950,000; Full time

Benefits offered by this job

Lønn i samsvar med overenskomst

Hjem-jobb-Hjem avtale

Gode pensjons- og forsikringsordninger

Gode velferdsordninger

Job summary

Klinikk for medisinsk service og ABK, Avdeling for medisinsk biokjemi ved Stavanger universitetssjukehus (SUS) søker bioinformatiker med erfaring i NGS-dataanalyse og utvikling av analysepipelines. Du vil etablere infrastruktur for store genpaneler og analyseplattform, og utvikle pipelines i et tverrfaglig miljø.

Stillingen innebærer samarbeid med patologer og molekylærbiologer for klinisk tolkning, bygging av kompetanse og bidrag til InPreD og nasjonale forskningsprosjekter.

Qualifications

• Master eller doktorgrad innen molekylærbiologi eller bioinformatikk.
• Erfaring med verktøy og pipelines for handtering og analyse av NGS-data (GATK, FastQC, BWA, SAM tools).
• Erfaring med programmeringsspråk Python, R, C++, bash, og teknologier som kubernetes, git, Docker/Singularity og workflow-systemer Nextflow eller Snakemake.

Responsibilities

• Etablere nødvendig infrastruktur og validerte arbeidsflyter for store genpanel analyser ved Stavanger universitetssjukehus.
• Etablere analyseplattformen for store NGS-baserte genpaneler.
• Utvikle og validere bioinformatiske analysepipelines.
• Sikre at analysene kan brukes i rutinediagnostikk ved sykehuset.
• Bidra til klinisk tolkning av resultatene sammen med patologer og molekylærbiologer.
• Bygge lokal kompetanse innen genomisk diagnostikk og bioinformatikk.

Skills

NGS data analysis

Bioinformatics

Python

R

Bash

Docker/Singularity

Git

Nextflow

Snakemake

Kubernetes

Education

Master or PhD in molecular biology or bioinformatics

Tools

GATK

FastQC

BWA

SAMtools

LocalApp/Dragen/TSO500

Illumina NGS instruments

Job description

Klinikk for medisinsk service og ABK, Avdeling for medisinsk biokjemi ved Stavanger universitetssjukehus (SUS) søker bioinformatiker med erfaring i NGS-dataanalyse og utvikling av analysepipelines. Du vil etablere infrastruktur for store genpaneler og analyseplattform, og utvikle pipelines i et tverrfaglig miljø.

Stillingen innebærer samarbeid med patologer og molekylærbiologer for klinisk tolkning, bygging av kompetanse og bidrag til InPreD og nasjonale forskningsprosjekter.