Bioinformatikkingeniør – NGS & Genomanalyse

Vidar Martin Steen; Bergen; On-site; NOK 900,000 - 1,100,000; Full time

Benefits offered by this job

Lønn etter avtale

Job summary

Helse Bergen HF i Bergen søker en fast 100% stilling som spesialingeniør i bioinformatikk ved Avdeling for medisinsk genetikk (MGM) i Haukeland. Stillingen innebærer utvikling og drift av programvare og pipeline for analyse av NGS-data, og samarbeid med klinikk og laboratorium.

Du bidrar til integrasjonsløsninger mellom analyseinstrument, laboratoriestøttesystem og LIMS, samt oppfølging av driftsstatistikk og kvalitetskontroll.

Qualifications

• Mastergrad innanfor bioinformatikk, informatikk eller eit tilsvarande relevant fagfelt.
• Erfaring med verktøy og pipelines for handtering og analyse av NGS-data (t.d. GATK, DeepVariant, Centieon, FastQC, BWA, SAMtools, nextflow)
• Erfaring med programmeringsspråk (t.d. Go, Python, R, javascript), teknologiar (t.d. slurm, git, docker), databaser (t.d. postgresql) og/eller oppsett og drift av linux-baserte OS
• Meistre engelsk munnleg og skriftleg. God kunnskap i norsk eller eit anna skandinavisk språk er ein fordel

Responsibilities

• Utvikling og drift av programvare og pipelines for analyse av NGS-data
• Utvikling og drift av integrasjonsløysingar mellom analyseinstrument, laboratoriestøttesystem og LIMS
• Utvikling og drift av system for driftsstatistikk og kvalitetskontroll
• Brukarstøtte for overnevnte system

Skills

NGS data analysis

Programming languages

DevOps tools

Linux OS

Education

Mastergrad i bioinformatikk/informatikk

Tools

GATK

DeepVariant

FastQC

BWA

SAMtools

Nextflow

Centieon

Job description

Helse Bergen HF i Bergen søker en fast 100% stilling som spesialingeniør i bioinformatikk ved Avdeling for medisinsk genetikk (MGM) i Haukeland. Stillingen innebærer utvikling og drift av programvare og pipeline for analyse av NGS-data, og samarbeid med klinikk og laboratorium.

Du bidrar til integrasjonsløsninger mellom analyseinstrument, laboratoriestøttesystem og LIMS, samt oppfølging av driftsstatistikk og kvalitetskontroll.