bioinformatikker

Emilius Janssen; Stavanger; On-site; NOK 700,000 - 900,000; Full time

Benefits offered by this job

Hjem-jobb-Hjem avtale (rabatter / sykk

Pensjonsordninger

Forsikringsordninger

Velferdsordninger

Job summary

Emilius Janssen i Stavanger søker en bioinformatiker til å implementere og validere store NGS-genpaneler i kreftdiagnostikk ved avdeling for patologi. Du vil etablere infrastruktur, utvikle analysepipelines og sikre rutinediagnostikk i samarbeid med patologer og molekylærbiologer.

Vi forventer master eller doktorgrad i molekylærbiologi eller bioinformatikk, samt erfaring med GATK, Nextflow og Linux-baserte arbeidsmiljøer. Søkere bes levere vitnemål/dokumentasjon vedlagt søknaden.

Qualifications

• Master/PhD i molekylærbiologi eller bioinformikk; annen relevant høyere grad vurderes.
• Erfaring med verktøy og pipelines for håndtering og analyse av NGS-data.
• Programmeringskunnskap (Python, R, Bash) og kjennskap til Linuxbaserte OS.

Responsibilities

• Etablere infrastruktur og arbeidsflyter for store genpanelanalyser ved SUS.
• Utvikle og validere bioinformatiske analysepipelines.
• Bidra til klinisk tolkning av resultater sammen med patologer og molekylærbiologer.
• Arbeide med Linux-miljøer, Docker/Singularity og versjonskontroll (Git).
• Identifisere mutasjoner og signifikante genomiske funn for klinisk bruk.
• Bygge lokal kompetanse innen genomisk diagnostikk og bioinformatikk.

Skills

NGS data analysis

GATK

Nextflow

Python

Docker

Bioinformatics

Education

Master/PhD in molecular biology or bioinformatics

Tools

GATK

BWA

SAMtools

FastQC

Nextflow

Snakemake

Docker

Singularity

Job description

Avdeling for patologi arbeider med diagnostikk og forskning av kreft og andre sykdommer. Avdelingen er delt inn i sju seksjoner: Histologi, cytologi, kvantitativ molekylær patologi, seksjon for leger, obduksjon, merkantilt og seksjon for forskning og utprøvende diagnostikk.
Det er et nasjonalt mål i Norge at kreftpasienter uten nytte av standardbehandling, skal vurderes for deltakelse i kliniske studier. For å støtte dette skal pasienter tilbys omfattende molekylærgenetiske analyser for å identifisere målrettet behandling og studie muligheter. I 2020 ble InPreD etablert for å sikre lik tilgang til avansert kreft diagnostikk nasjonalt.

Stavanger universitetssjukehus (SUS) bidrar med regionale diagnostiske tjenester og kompetanse. Videre utvikling av InPreD fokuserer på kompetansebygging og økt kapasitet. SUS har imidlertid ennå ikke fullt implementert bruk av store genpanel analyser i rutine diagnostikk, blant annet på grunn av begrenset tilgang på spesialkompetanse innen molekylær diagnostikk og bioinformatikk. Gjennom et prosjekt, finansiert av kreftforeningen, har vi nå mulighet for å ansette en bioinformatikker som vil ha ansvar for å implementere bruk av et stort genpanel (f. eks. TSO500v2) innenfor kreft diagnostikk ved avdeling for patologi.

Attester, vitnemål og eventuell annen relevant dokumentasjon må vedlegges søknaden.

Arbeidsoppgaver

• Etablere nødvendig infrastruktur og validerte arbeidsflyter for store genpanel analyser ved Stavanger universitetssjukehus
• Etablere analyseplattformen for store NGS-baserte genpaneler.
• Utvikle og validere bioinformatiske analysepipelines.
• Sikre at analysene kan brukes i rutinediagnostikk ved sykehuset
• Ansvarlig for god kontakt og samarbeid med Helse Vest IKT
• Implementere verktøy som GATK, BWA, SAMtools, FastQC, Nextflow eller Snakemake.
• Arbeide med Linux-miljøer, Docker/Singularity og versjonskontroll (Git).
• Behandle og kvalitetskontrollere NGS-data fra kreftpasienter.
• Identifisere mutasjoner, kopitallsendringer, fusjoner og andre klinisk relevante genomiske funn.
• Bidra til klinisk tolkning av resultatene sammen med patologer og molekylærbiologer.
• Bygge lokal kompetanse innen genomisk diagnostikk og bioinformatikk.
• Samarbeide med ansatte ved molekylærpatologien for å innføre nye analyser og arbeidsmetoder.
• Gjøre det mulig å identifisere pasienter som kan inkluderes i presisjonsmedisinske studier.
• Bidra til InPreD-samarbeidet og nasjonale forskningsprosjekter.
• Øke rekruttering av pasienter til kliniske studier gjennom bedre molekylær diagnostikk.
• Generere og analysere genomiske data til forskningsprosjekter.
• Samarbeide med forskere innen kreftgenomikk og presisjonsmedisin.
• Potensielt bidra til vitenskapelige publikasjoner og metodeutvikling

Kvalifikasjoner

• Master eller doktorgrad innen molekylærbiologi eller bioinformatikk. Master/dr. grad innen tilsvarende felter kan vurderes
• Erfaring med verktøy og pipelines for handtering og analyse av NGS-data (t.d. GATK, FastQC, BWA, SAM tools) er nødvendig.
• Erfaring med programmeringsspråk (Python, R, C++, bash), teknologier (t.d. kubernetes, git, Docker/Singularity Containers), metodologier (t.d. gitops, devops, tdd) og/eller oppsett og drift av linuxbaserte OS
• Erfaring innen genomikk drevene basale eller kliniske kreft studier anses som en fordel.
• Kjennskap til Workflow Management Systems som Nextflow eller Snakemake er en fordel
• Kjennskap til/erfaring med Illumina NGS-instrumenter og tilhørende analysetjenester (LocalApp, Dragen) og/eller TSO500-panelet er en fordel
• Kjennskap til skybaserte tjenester analyse (cloud computing/analysis) eller høyytelsesberegninger (HPC) er en fordel
• Erfaring eller kjennskap til arbeid i sykehusmiljø eller kliniske laboratorier vil være en fordel
• Vi setter pris på deg som ta selv initiativ
• Beherskenorsk muntlig og skriftlig. Søkere som har annet morsmål enn norsk, svensk eller dansk, og som ikke har fullført norskspråklig videregående skole, må minimum ha bestått Bergenstesten, eller annen norsk test på B2 nivå. Dokumentasjon må vedlegges søknaden. Ved ansettelse av allerede fast ansatt i foretaket kan en unntaksvis, i særlige tilfeller, fravike kravet om bestått norsktest på B2-nivå.

Personlige egenskaper

• Vi søker en person som er resultatorientert, strukturert og har evne til å jobbe selvstendig.
• I tillegg til å være arbeidsomstilles det høye kravtil nøyaktighet.
• Du bidrar positivt til et faglig og kollegialt godt miljø
• Du er god til å se hva som må gjøres, og tilbyr og mottar gjerne hjelp.
• Det er også ønskelig at kandidaten jobber ryddig, er pliktoppfyllende og har god kommunikasjonsevne.

Vi tilbyr

• Trivelig arbeidsmiljø
• Lønn i samsvar med gjeldende overenskomst
• Hjem-jobb-Hjem-avtale (god rabatt på 30 dagers billett samt gratis bruk av bysykkel)
• Gode pensjons- og forsikringsordninger
• Gode velferdsordninger

Vi oppfordrer alle søkere til å benytte Vitnemålsportalen for å laste opp verifiserte vitnemål og karakterutskrifter, der det er mulig. Har du utdanning fra utlandet, legg ved godkjenning fra Direktoratet for høyere utdanning og kompetanse.

Mangfoldserklæring

Foretaksgruppen i Helse Vest ønsker å gjenspeile mangfoldet i befolkningen i vår rekruttering. Vi oppfordrer alle som er kvalifiserte til å søke ledige stillinger uansett kjønn, alder, funksjonsevne og flerkulturell bakgrunn. Det samme gjelder dersom man har hatt et lengre opphold fra arbeidslivet. Foretaksgruppen Helse Vest ønsker å legge til rette for et inkluderende rekruttering.

Kontaktinformasjon

Emilius Janssen,Seksjonsleder,95890963

Arbeidssted

Sykehusveien 80
4021Stavanger

Nøkkelinformasjon:

Arbeidsgiver: Helse Stavanger HF
Referansenr.: 5194067653
Stillingsprosent: 100%
Engasjement
Startdato: 01.12.2026
Sluttdato: 31.05.2028
Søknadsfrist: 27.10.2026