Spesialingeniør (bioinformatikk)

Vidar Martin Steen; Bergen; On-site; NOK 900,000 - 1,100,000; Full time

Benefits offered by this job

Lønn etter avtale

Job summary

Helse Bergen HF i Bergen søker en fast 100% stilling som spesialingeniør i bioinformatikk ved Avdeling for medisinsk genetikk (MGM) i Haukeland. Stillingen innebærer utvikling og drift av programvare og pipeline for analyse av NGS-data, og samarbeid med klinikk og laboratorium.

Du bidrar til integrasjonsløsninger mellom analyseinstrument, laboratoriestøttesystem og LIMS, samt oppfølging av driftsstatistikk og kvalitetskontroll.

Qualifications

• Mastergrad innanfor bioinformatikk, informatikk eller eit tilsvarande relevant fagfelt.
• Erfaring med verktøy og pipelines for handtering og analyse av NGS-data (t.d. GATK, DeepVariant, Centieon, FastQC, BWA, SAMtools, nextflow)
• Erfaring med programmeringsspråk (t.d. Go, Python, R, javascript), teknologiar (t.d. slurm, git, docker), databaser (t.d. postgresql) og/eller oppsett og drift av linux-baserte OS
• Meistre engelsk munnleg og skriftleg. God kunnskap i norsk eller eit anna skandinavisk språk er ein fordel

Responsibilities

• Utvikling og drift av programvare og pipelines for analyse av NGS-data
• Utvikling og drift av integrasjonsløysingar mellom analyseinstrument, laboratoriestøttesystem og LIMS
• Utvikling og drift av system for driftsstatistikk og kvalitetskontroll
• Brukarstøtte for overnevnte system

Skills

NGS data analysis

Programming languages

DevOps tools

Linux OS

Education

Mastergrad i bioinformatikk/informatikk

Tools

GATK

DeepVariant

FastQC

BWA

SAMtools

Nextflow

Centieon

Job description

Avdeling for medisinsk genetikk (MGM) er ei av åtte organisatoriske einingar i Laboratorieklinikken, Haukeland universitetssjukehus. Avdelinga har regionansvar for medisinsk-genetiske tenester i Helse Vest. Vi har om lag 95 tilsette med ulik yrkesfagleg bakgrunn, og vi er organisert i ein seksjon for klinisk genetikk, ei laboratorieeining med to seksjonar, og ein merkantil seksjon. Regionalt kompetansesenter for arveleg kreft (RKAK) og Regionalt senter for presisjonsmedisin er òg knytta til avdelinga. Vi held til i lyse og trivelege lokale i 6. etasje i Laboratoriebygget, medan vår medisinsk-genetiske poliklinikk er lokalisert til 2. etasje i same bygg.

Verksemda er kjenneteikna av tett integrering mellom klinikk og laboratorium for diagnostisk utgreiing, rettleiing og oppfølging av pasientar og deira familiar med sikker eller mistenkt arveleg tilstand. Fagområdet er i rask endring, basert på ny teknologi som gjer det mogleg å analysere alle dei genetiske variantane til eit menneske i éin prøve. Gjennom utviklinga av persontilpassa medisin forventar vi at raskt aukande kunnskap om variasjon i arvestoffet vil få stor innverknad på medisinsk praksis i framtida. Forsking er ein viktig del av vår verksemd.

Ved avdelinga er det ledig ei fast stilling (100%) som spesialingeniør i bioinformatikk. Den som blir tilsett vil få ta del i ei spennande fagleg utvikling innanfor automatisering, behandling og analyse av genomdata og andre laboratoriestøtteprosessar i medisinsk-genetisk diagnostikk, med særleg fokus på neste generasjon sekvensering (NGS). Spesialingeniøren skal bidra til å utvikle, vedlikehalde og drifte nødvendige informatikksystem og program ved avdelinga, samt handtere dei data som blir produserte. Vedkommande blir ein del av eit godt fagmiljø og vil arbeida nært saman med tilsette ved Seksjon for bioinformatikk i Laboratorieklinikken.

Arbeidsoppgåver

• Utvikling og drift av programvare og pipelines for analyse av NGS-data
• Utvikling og drift av integrasjonsløysingar mellom analyseinstrument, laboratoriestøttesystem og LIMS
• Utvikling og drift av system for driftsstatistikk og kvalitetskontroll
• Brukarstøtte for overnevnte system

Kvalifikasjonar

• Mastergrad innanfor bioinformatikk, informatikk eller eit tilsvarande relevant fagfelt. Relevant arbeidserfaring kan kompensere for manglande formell utdanning
• Erfaring med verktøy og pipelines for handtering og analyse av NGS-data (t.d. GATK, DeepVariant, Centieon, FastQC, BWA, SAMtools, nextflow)
• Erfaring med programmeringsspråk (t.d. Go, Python, R, javascript), teknologiar (t.d. slurm, git, docker), databaser (t.d. postgresql) og/eller oppsett og drift av linux-baserte OS
• Meistre engelsk munnleg og skriftleg. God kunnskap i norsk eller eit anna skandinavisk språk er ein fordel

Personlege eigenskapar

• Fagleg dyktig og kreativ
• Strukturert, ansvarsbevisst og påliteleg
• Løysings- og serviceorientert
• God til å kommunisere og samarbeide i team

Vi tilbyr

• Lønn etter gjeldande overeinskomst
• Høgt fagleg nivå og gode moglegheiter for fagleg utvikling
• Fleksibel arbeidstid
• Gode pensjons- og forsikringsordninger

Kontaktinformasjon

Vidar Martin Steen, Avdelingssjef, [phone]

Arbeidsstad

Haukelandsveien 22

5021Bergen

Nøkkelinformasjon

Arbeidsgivar: Helse Bergen HF

Referansenr.: 5189158855

Stillingsprosent: 100%

Fast

Søknadsfrist: 01.11.2026