Spesialingeniør (bioinformatikk)

Avdeling for medisinsk genetikk, Helse Bergen HF, Laboratorieklinikken; Bergen; Sur place; NOK 650 000 - 900 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Fleksibel arbeidstid

Gode pensjonsordningar

Gode forsikringsordningar

Résumé du poste

Avdeling for medisinsk genetikk ved Helse Bergen HF, Laboratorieklinikken, søker ei fast stilling som spesialingeniør i bioinformatikk. Arbeidsoppgåvene inkluderer utvikling og drift av NGS-dataanalyse, integrasjon mellom instrumenter, LAB-støtte og LIMS, samt driftskvalitetskontroll.

Arbeidet foregår i eit tverrfagleg miljø med høgt fagleg nivå og muligheter for fagleg utvikling. Fleksibel arbeidstid og gode pensjons- og forsikringsordningar vert tilbydne.

Qualifications

• Mastergrad i bioinformatikk, informatikk eller tilsvarande fagfelt.
• Erfaring med verktøy og pipelines for handtering og analyse av NGS-data (f.eks. GATK, DeepVariant, Centieon, FastQC, BWA, SAMtools, Nextflow).
• Erfaring med programmeringsspråk Go, Python, R og/eller JavaScript, teknologiar som Slurm, Git, Docker, databaser som PostgreSQL og OS-drift på Linux.
• Meistre engelsk munnleg og skriftleg. God kunnskap i norsk eller eit anna skandinavisk språk er ein fordel

Responsabilités

• Utvikling og drift av programvare og pipelines for analyse av NGS-data
• Utvikling og drift av integrasjonsløysingar mellom analyseinstrument, laboratoriestøttesystem og LIMS
• Utvikling og drift av system for driftsstatistikk og kvalitetskontroll
• Brukarstøtte for overnevnte system

Connaissances

Go, Python, R, JavaScript

Formation

Mastergrad i bioinformatikk/informatikk eller tilsvarande

Outils

NGS-dataanalyseverktøy

GATK

DeepVariant

Centieon

FastQC

BWA

SAMtools

Nextflow

Linux

Docker

Description du poste

Avdeling for medisinsk genetikk, Helse Bergen HF, Laboratorieklinikken

• Fleksibel arbeidstid

Nøkkelinformasjon:

Arbeidsgivar: Helse Bergen HF

Avdeling for medisinsk genetikk (MGM) er ei av åtte organisatoriske einingar i Laboratorieklinikken, Haukeland universitetssjukehus. Avdelinga har regionansvar for medisinsk-genetiske tenester i Helse Vest. Vi har om lag 95 tilsette med ulik yrkesfagleg bakgrunn, og vi er organisert i ein seksjon for klinisk genetikk, ei laboratorieeining med to seksjonar, og ein merkantil seksjon. Regionalt kompetansesenter for arveleg kreft (RKAK) og Regionalt senter for presisjonsmedisin er òg knytta til avdelinga. Vi held til i lyse og trivelege lokale i 6. etasje i Laboratoriebygget, medan vår medisinsk-genetiske poliklinikk er lokalisert til 2. etasje i same bygg.

Verksemda er kjenneteikna av tett integrering mellom klinikk og laboratorium for diagnostisk utgreiing, rettleiing og oppfølging av pasientar og deira familiar med sikker eller mistenkt arveleg tilstand. Fagområdet er i rask endring, basert på ny teknologi som gjer det mogleg å analysere alle dei genetiske variantane til eit menneske i éin prøve. Gjennom utviklinga av persontilpassa medisin forventar vi at raskt aukande kunnskap om variasjon i arvestoffet vil få stor innverknad på medisinsk praksis i framtida. Forsking er ein viktig del av vår verksemd.

Ved avdelinga er det ledig ei fast stilling (100%) som spesialingeniør i bioinformatikk. Den som blir tilsett vil få ta del i ei spennande fagleg utvikling innanfor automatisering, behandling og analyse av genomdata og andre laboratoriestøtteprosessar i medisinsk-genetisk diagnostikk, med særleg fokus på neste generasjon sekvensering (NGS). Spesialingeniøren skal bidra til å utvikle, vedlikehalde og drifte nødvendige informatikksystem og program ved avdelinga, samt handtere dei data som blir produserte. Vedkommande blir ein del av eit godt fagmiljø og vil arbeida nært saman med tilsette ved Seksjon for bioinformatikk i Laboratorieklinikken.

Arbeidsoppgåver

• Utvikling og drift av programvare og pipelines for analyse av NGS-data
• Utvikling og drift av integrasjonsløysingar mellom analyseinstrument, laboratoriestøttesystem og LIMS
• Utvikling og drift av system for driftsstatistikk og kvalitetskontroll
• Brukarstøtte for overnevnte system

Kvalifikasjonar

• Mastergrad innanfor bioinformatikk, informatikk eller eit tilsvarande relevant fagfelt. Relevant arbeidserfaring kan kompensere for manglande formell utdanning
• Erfaring med verktøy og pipelines for handtering og analyse av NGS-data (t.d. GATK, DeepVariant, Centieon, FastQC, BWA, SAMtools, nextflow)
• Erfaring med programmeringsspråk (t.d. Go, Python, R, javascript), teknologiar (t.d. slurm, git, docker), databaser (t.d. postgresql) og/eller oppsett og drift av linux-baserte OS
• Meistre engelsk munnleg og skriftleg. God kunnskap i norsk eller eit anna skandinavisk språk er ein fordel

Personlege eigenskapar

• Fagleg dyktig og kreativ
• Strukturert, ansvarsbevisst og påliteleg
• Løysings- og serviceorientert
• God til å kommunisere og samarbeide i team

Vi tilbyr

• Lønn etter gjeldande overeinskomst
• Høgt fagleg nivå og gode moglegheiter for fagleg utvikling
• Fleksibel arbeidstid
• Gode pensjons- og forsikringsordningar

Vi oppfordrer alle søkarar til å nytte Vitnemålsportalen for å laste opp verifiserte vitnemål og karakterutskrifter, der det er mogleg. Har du utdanning frå utlandet, legg ved godkjenning fra Direktoratet for høgare utdanning og kompetanse.

Kontaktinformasjon

Vidar Martin Steen,Avdelingssjef,[phone]

Arbeidsstad

Haukelandsveien 22
5021Bergen

Nøkkelinformasjon:

Arbeidsgivar: Helse Bergen HF

Referansenr.: 5189158855

Stillingsprosent: 100%

Fast

Søknadsfrist: 01.11.2026