Bioinformatikk Spesialingeniør – NGS & Pipelines

Avdeling for medisinsk genetikk, Helse Bergen HF, Laboratorieklinikken; Bergen; On-site; NOK 650,000 - 900,000; Full time

Benefits offered by this job

Fleksibel arbeidstid

Gode pensjonsordningar

Gode forsikringsordningar

Job summary

Avdeling for medisinsk genetikk ved Helse Bergen HF, Laboratorieklinikken, søker ei fast stilling som spesialingeniør i bioinformatikk. Arbeidsoppgåvene inkluderer utvikling og drift av NGS-dataanalyse, integrasjon mellom instrumenter, LAB-støtte og LIMS, samt driftskvalitetskontroll.

Arbeidet foregår i eit tverrfagleg miljø med høgt fagleg nivå og muligheter for fagleg utvikling. Fleksibel arbeidstid og gode pensjons- og forsikringsordningar vert tilbydne.

Qualifications

• Mastergrad i bioinformatikk, informatikk eller tilsvarande fagfelt.
• Erfaring med verktøy og pipelines for handtering og analyse av NGS-data (f.eks. GATK, DeepVariant, Centieon, FastQC, BWA, SAMtools, Nextflow).
• Erfaring med programmeringsspråk Go, Python, R og/eller JavaScript, teknologiar som Slurm, Git, Docker, databaser som PostgreSQL og OS-drift på Linux.
• Meistre engelsk munnleg og skriftleg. God kunnskap i norsk eller eit anna skandinavisk språk er ein fordel

Responsibilities

• Utvikling og drift av programvare og pipelines for analyse av NGS-data
• Utvikling og drift av integrasjonsløysingar mellom analyseinstrument, laboratoriestøttesystem og LIMS
• Utvikling og drift av system for driftsstatistikk og kvalitetskontroll
• Brukarstøtte for overnevnte system

Skills

Go, Python, R, JavaScript

Education

Mastergrad i bioinformatikk/informatikk eller tilsvarande

Tools

NGS-dataanalyseverktøy

GATK

DeepVariant

Centieon

FastQC

BWA

SAMtools

Nextflow

Linux

Docker

Job description

Avdeling for medisinsk genetikk ved Helse Bergen HF, Laboratorieklinikken, søker ei fast stilling som spesialingeniør i bioinformatikk. Arbeidsoppgåvene inkluderer utvikling og drift av NGS-dataanalyse, integrasjon mellom instrumenter, LAB-støtte og LIMS, samt driftskvalitetskontroll.

Arbeidet foregår i eit tverrfagleg miljø med høgt fagleg nivå og muligheter for fagleg utvikling. Fleksibel arbeidstid og gode pensjons- og forsikringsordningar vert tilbydne.