Stagiaire Bioinfo: Éval metabarcoding (DADA2 vs SWARM)

SFBI; Jouy-en-Josas; Sur place; EUR 12 000 - 16 000; Plein temps

Résumé du poste

SFBI recherche un stagiaire 4e année en bioinformatique pour évaluer les procédures d’analyse de metabarcoding basées sur le denoising ou le clustering. Le candidat approfondira les approches Swarm et DADA2 et explorera l’effet du traitement des échantillons selon des paramètres séquentiels ou globaux.

Le stage nécessite Linux, scripting Bash, Python et/ou R, avec un fort intérêt pour les environnements pluridisciplinaires. Date limite: 15 janvier 2027.

Qualifications

• Étudiant(e) en 4e année en bioinformatique, ou équivalent.
• Bonne maîtrise de Linux et de scripting ( Bash, Python et/ou R).
• Curiosité, rigueur et autonomie dans l’évaluation technique et l’interprétation des résultats.

Responsabilités

• Approfondir les comparaisons entre Swarm et DADA2 utilisées par le groupe FROGS.
• Mettre en place des mesures pertinentes pour comparer les résultats des pipelines.
• Définir et tester différentes procédures d’analyse et comparer leur impact.
• Mettre à jour les procédures proposées dans la suite logicielle FROGS selon les résultats.

Connaissances

Linux

Bash scripting

Python

R

Curiosity

Autonomie

Formation

4e année en bioinformatique

Description du poste

SFBI recherche un stagiaire 4e année en bioinformatique pour évaluer les procédures d’analyse de metabarcoding basées sur le denoising ou le clustering. Le candidat approfondira les approches Swarm et DADA2 et explorera l’effet du traitement des échantillons selon des paramètres séquentiels ou globaux.

Le stage nécessite Linux, scripting Bash, Python et/ou R, avec un fort intérêt pour les environnements pluridisciplinaires. Date limite: 15 janvier 2027.