Évaluation des procédures d’analyse de metabarcoding basée sur le denoising ou le clustering

SFBI; Jouy-en-Josas; Sur place; EUR 12 000 - 16 000; Plein temps

Résumé du poste

SFBI recherche un stagiaire 4e année en bioinformatique pour évaluer les procédures d’analyse de metabarcoding basées sur le denoising ou le clustering. Le candidat approfondira les approches Swarm et DADA2 et explorera l’effet du traitement des échantillons selon des paramètres séquentiels ou globaux.

Le stage nécessite Linux, scripting Bash, Python et/ou R, avec un fort intérêt pour les environnements pluridisciplinaires. Date limite: 15 janvier 2027.

Qualifications

• Étudiant(e) en 4e année en bioinformatique, ou équivalent.
• Bonne maîtrise de Linux et de scripting ( Bash, Python et/ou R).
• Curiosité, rigueur et autonomie dans l’évaluation technique et l’interprétation des résultats.

Responsabilités

• Approfondir les comparaisons entre Swarm et DADA2 utilisées par le groupe FROGS.
• Mettre en place des mesures pertinentes pour comparer les résultats des pipelines.
• Définir et tester différentes procédures d’analyse et comparer leur impact.
• Mettre à jour les procédures proposées dans la suite logicielle FROGS selon les résultats.

Connaissances

Linux

Bash scripting

Python

R

Curiosity

Autonomie

Formation

4e année en bioinformatique

Description du poste

Évaluation des procédures d’analyse de metabarcoding basée sur le denoising ou le clustering

Le métabarcoding est un protocole de séquençage largement utilisé pour caractériser les écosystèmes microbiens. L’analyse des séquences tend à se standardiser bien que de très nombreux outils existent (Hakimzadeh et al 2024). La suite logiciel FROGS développée à INRAE inclus deux de ces outils : swarm un algorithme de clustering, et dada2 un algorithme de nettoyage de séquences.
Ces deux outils présentent chacun leurs propres avantages et inconvénients (ressources informatique, précision dans le niveau de discrimination), et s’intègrent dans le processus complet d’analyse de manière différente (traitement par échantillon ou globalement).
Hakimzadeh, A. et.al. (2024). A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses. Molecular Ecology Resources, 24, e13847. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13847

Le stagiaire aura pour mission d’approfondir les comparaisons déjà réalisées par le groupe de travail FROGS entre ces deux outils (Bernard et.al. 2021).
En particulier, il explorera l’influence du traitement des échantillons séquentiellement ou globalement, ou encore l’influence de l’ordre des échantillons.

Il devra :
- S’approprier les principes de fonctionnement des deux outils et leurs limites.
- Mettre en place des mesures pertinentes de comparaison des résultats.
- Définir et appliquer différentes procédures d’analyse et les comparer.
- En fonction des résultats, mettre à jour les procédures proposées dans la suite logiciel FROGS.

Profil recherché

• Etudiant(e) de 4e anneé en bioinformatique, ou ayant une spécialité en bioinformatique
• Connaissance de l’environnement linux, du scripting bash, python et/ou R
• Fort intérêt pour les domaines pluridisciplinaires.
• Curiosité, rigueur et autonomie dans l’évaluation technique et des impacts sur l’interprétation des résultats.

Date limite : 15 janvier 2027

Offre publiée le 1 octobre 2026, affichage jusqu'au 15 janvier 2027