Stage M2 en bioinformatique

SFBI; Lyon; Sur place; EUR 8 900 - 12 000; Plein temps

Résumé du poste

ANSES Lyon recrute un stagiaire Master 2 en bioinformatique pour un stage de 6 mois, entre les unités AVB et SPAAD. Vous travaillerez sur le benchmark d’outils de détection de contamination et sur le pipeline BacWORK, avec des analyses WGS et des données réelles.

Vous utiliserez Python et Bash, Snakemake et Git, et participez à la génération et à l’évaluation de jeux de données in silico, puis testerez un nouvel outil en développement.

Qualifications

• :Stage de Master 2 en bioinformatique, avec compétences en programmation.

Responsabilités

• Générer un grand jeu de données in silico long-reads (ONT) pour tester différentes contaminations.
• Analyser les données à l’aide de différents outils de détection de contamination présélectionnés et développés en interne.
• Tester le nouvel outil en cours de développement dans les équipes pour améliorer la détection de contamination.

Connaissances

Python

Bash

Snakemake

Apptainer

Git

Rédaction

Formation

Master 2 Bioinformatique

Outils

BacWORK

Description du poste

CDD·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterANSES Lyon - Unité Antibiorésistance et Virulence Bactérienne·Lyon 07 (France)Gratification selon barème

Présentation de la structure d’accueil:

L’Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) est au service de tous et a pour mission de faire progresser les connaissances et d’anticiper les défis de demain en matière de santé et de préservation des écosystèmes.

Le stage proposé se déroule entre deux unités, celle de l’Antibiorésistance et Virulence Bactériennes (AVB) à Lyon et le Service Partagé d’Appui à l’Analyse des Données (SPAAD) à Maisons-Alfort.

L’unité AVB du laboratoire Anses-Lyon contribue à une meilleure compréhension du risque pour l’Homme provenant de l’antibiorésistance des bactéries des animaux et de l’environnement. Elle met en œuvre des approches de microbiologie conventionnelle, moléculaire et de génomique. Ses axes de recherche portent notamment sur les flux de gènes entre l’animal, l’environnement et l’Homme (approche « One Health ») et l’impact de l’exposition aux antibiotiques sur les microbiotes.

Le SPAAD (Service Partagé d’Appui à l’Analyse de Données) est un service de bioinformatique et d’analyse de données créé en 2021. Il collabore avec les différentes unités des deux laboratoires de Santé Animale et de Sécurité Alimentaire situé sur le site de l’Anses de Maison-Alfort. Le service travaille plus particulièrement au développement d’outils et applications dédiés au traitement des analyses génomiques bactériennes et virales. Il propose également des services d’analyses de données plus largement, via notamment l’utilisation de machine learning et d’intelligence artificielle.

Sujet de stage:

Benchmark d’outils de détection de la contamination intra-genre et intra-espèces:

L’Agence compte parmi ses missions la surveillance microbiologique visant à identifier et caractériser des agents pathogènes. Pour ce faire, le séquençage complet du génome (Whole Genome Sequencing – WGS) est devenu un outil fondamental puisqu’il permet une précision jusqu’au niveau du nucléotide.

L’analyse de ces données de séquençage est harmonisée au sein de l’Anses grâce au pipeline BacWORK ( https://github.com/FBi-ANSES/BacWORK ). De précédentes études réalisées au SPAAD en collaboration avec d’autres équipes (Merda et al, 2024 et Felten et al, 2026) ont mis en évidence l’importance de la qualité des données dans l’interprétation des résultats de WGS. L’impact spécifique de la contamination a été particulièrement étudié. Comme Pightling et al. (2019) et Deneke et al. (2021), un impact significatif des contaminations intra- et inter-espèce sur les résultats de WGS a été observé. Ainsi, BacWORK implémente un module de détection des évènements de contamination, et de façon plus large de la qualité globale, basé sur différentes approches.

Cependant, les contaminations intra-espèce et intra-genre restent difficiles à détecter. C’est pourquoi le projet PROTECT, dans lequel s’inscrit ce stage, a pour objectif principal d’améliorer la détection de ces contaminations.

Les trois objectifs du stage seront i) de générer un grand jeu de données in silico long-reads (ONT) pour tester différentes contaminations (tant en termes d’espèces, de pourcentage de contamination ou de type de contamination); ii) d’analyser les données à l’aide de différents outils de détection de contamination présélectionnés par les équipes mais également ceux trouvés par l’étudiant.e ; iii) de tester le nouvel outil en cours de développement dans les équipes pour l’amélioration de la détection de contamination.

Compétences recherchées:

Ce stage s’adresse àun.e étudiant.e :

En Master 2 de bioinformatique

Ayant des compétences en programmation (Python et Bash de préférence)

Ayant des bases sur Snakemake, Apptainer et Git

Ayant des capacités de rédaction

Environnement de travail:

Le stage durera entre 6 mois et pourra commencer début janvier. Il aura lieu à l’Anses de Lyon, 31 avenue Tony Garnier 69007 Lyon

L’unité d’accueil (AVB) est constituée de 8 biologistes et 3 bioinformaticien.ne.s ainsi que plusieurs stagiaires et étudiants en thèse.

Le service qui co-encadrera (SPAAD) est quant à lui constitué de 3 bioinformaticiennes ainsi qu’une étudiante en thèse.

Virginie Chesnais – [e-mail]

Pauline Francois
[e-mail]

Virginie Chesnais
[e-mail]