Stage Bioinformatique — Phylogénie Single-Cell et Intégration Omics

Dassault Systèmes; Vélizy-Villacoublay; Sur place; EUR 13 000 - 20 000; Temps partiel

Résumé du poste

Dassault Systèmes recherche un stagiaire Ingénieur.e Recherche Bioinformatique (F/H) pour un stage de 5 à 6 mois, basé en Île-de-France. Vous contribuerez au développement d’un pipeline d’intégration multi-omique et à la reconstruction phylogénétique des lymphocytes en lien avec le transcriptome des cellules et des patients.

Vous ferez partie de Virtual Twin of Human Technology et collaborerez avec l'équipe Metabolic Twin, des cliniciens et des chercheurs académiques dans un contexte industriel

Qualifications

• Actuellement en Master 2 / Bac+5 en École d'ingénieur ou Université, vous vous spécialisez en Bioinformatique / Computational Biology et recherchez un stage entre 5 et 6 mois.
• Connaissances de données omiques et des outils bio-informatiques.
• Maîtrise d'un gestionnaire de pipeline type Nextflow et/ou Snakemake.
• Excellence en Python et/ou R, travail sous Unix.
• Utilisation d'outils de conteneurisation (Docker, Podman, Apptainer).
• Des notions d'analyse de données de cellule unique (Scanpy, Seurat) et/ou de statistique appliquée seraient un plus.
• Intérêt pour l'immunologie ou la phylogénétique serait apprécié.

Responsabilités

• Développer et intégrer un pipeline bioinformatique reproductible à partir de données brutes de séquençage en cellule unique.
• Reconstruire la phylogénie des familles clonales de lymphocytes et coupler au profil transcriptomique.
• Documentation, conteneurisation et livraison du pipeline.
• Synthèse des travaux et présentation aux autres membres de l'équipe.

Connaissances

Data omics

Nextflow

Snakemake

Python

R

Unix

Docker

Apptainer

Scanpy/Seurat

Immunologie

Phylogénétique

Formation

Master 2 / Bac+5 en école d'ingénieur ou université

Outils

Nextflow

Snakemake

Docker

Podman

Apptainer

Description du poste

Dassault Systèmes recherche un stagiaire Ingénieur.e Recherche Bioinformatique (F/H) pour un stage de 5 à 6 mois, basé en Île-de-France. Vous contribuerez au développement d’un pipeline d’intégration multi-omique et à la reconstruction phylogénétique des lymphocytes en lien avec le transcriptome des cellules et des patients.

Vous ferez partie de Virtual Twin of Human Technology et collaborerez avec l'équipe Metabolic Twin, des cliniciens et des chercheurs académiques dans un contexte industriel