Stage M2: Analyse fonctionnelle des génomes marins FAIR

SFBI; Rennes; Sur place; EUR 10 000 - 15 000; Plein temps

Résumé du poste

SFBI recherche un stagiaire M2 pour une étude fonctionnelle des données génomiques du projet ATLASea. Vous développerez et automatiserez des workflows d’annotation fonctionnelle et contribuerez à BEAURIS tout en concevant un modèle de données pour BYTE-Sea.

Le stage portera sur l’analyse des protéines prédites, les voies métaboliques et les capacités biosynthétiques, avec une mise en œuvre en Python, Bash et Galaxy, dans un cadre collaboratif et international.

Qualifications

• Stage M2 centré sur l’étude fonctionnelle des données génomiques produites.
• Conception et automatisation de pipelines pour l’annotation fonctionnelle.
• Analyse de voies métaboliques et caractérisation de capacités biosynthétiques.

Responsabilités

• Concevoir des workflows FAIR pour l’annotation fonctionnelle.
• Automatiser le traitement des données et contribuer au logiciel BEAURIS.
• Concevoir un modèle de données pour stocker et exposer les annotations dans BYTE-Sea.

Connaissances

Annotation fonctionnelle

Analyse de données génomiques

Conception de workflows FAIR

Formation

Master 2 en bioinformatique

Outils

Python

Bash

Galaxy

GitLab CI/CD

YAML

JSON

SQL

MongoDB

Description du poste

SFBI recherche un stagiaire M2 pour une étude fonctionnelle des données génomiques du projet ATLASea. Vous développerez et automatiserez des workflows d’annotation fonctionnelle et contribuerez à BEAURIS tout en concevant un modèle de données pour BYTE-Sea.

Le stage portera sur l’analyse des protéines prédites, les voies métaboliques et les capacités biosynthétiques, avec une mise en œuvre en Python, Bash et Galaxy, dans un cadre collaboratif et international.