Stage M2 Bioinformatique – Détection de Contaminations WGS

SFBI; Lyon; Sur place; EUR 8 900 - 12 000; Plein temps

Résumé du poste

ANSES Lyon recrute un stagiaire Master 2 en bioinformatique pour un stage de 6 mois, entre les unités AVB et SPAAD. Vous travaillerez sur le benchmark d’outils de détection de contamination et sur le pipeline BacWORK, avec des analyses WGS et des données réelles.

Vous utiliserez Python et Bash, Snakemake et Git, et participez à la génération et à l’évaluation de jeux de données in silico, puis testerez un nouvel outil en développement.

Qualifications

• :Stage de Master 2 en bioinformatique, avec compétences en programmation.

Responsabilités

• Générer un grand jeu de données in silico long-reads (ONT) pour tester différentes contaminations.
• Analyser les données à l’aide de différents outils de détection de contamination présélectionnés et développés en interne.
• Tester le nouvel outil en cours de développement dans les équipes pour améliorer la détection de contamination.

Connaissances

Python

Bash

Snakemake

Apptainer

Git

Rédaction

Formation

Master 2 Bioinformatique

Outils

BacWORK

Description du poste

ANSES Lyon recrute un stagiaire Master 2 en bioinformatique pour un stage de 6 mois, entre les unités AVB et SPAAD. Vous travaillerez sur le benchmark d’outils de détection de contamination et sur le pipeline BacWORK, avec des analyses WGS et des données réelles.

Vous utiliserez Python et Bash, Snakemake et Git, et participez à la génération et à l’évaluation de jeux de données in silico, puis testerez un nouvel outil en développement.