Stage Master: Assemblage & annotation de génomes d’oléastres

SFBI; Montpellier; On-site; EUR 7,800 - 12,000; Part time

Job summary

SFBI propose un stage de Master 2 axé sur l’assemblage et l’annotation de génomes d’oléastres. Vous travaillerez à Montpellier avec l’équipe DYNADIV sous la supervision de Philippe Cubry et Julie Orjuela et utiliserez des reads ONT pour assembler, polir et annoter les génomes sauvages.

Le stage implique des analyses bio-informatiques avancées, le contrôle qualité, le scaffolding guidé par référence et des comparaisons avec les génomes de référence disponibles, afin d’identifier des variants et

Qualifications

• Connaissances en bio-informatique et analyses de génomes.
• Maîtrise UNIX et scripting (shell).
• Bonnes compétences en Python et/ou R.

Responsibilities

• Assembler et annoter deux génomes d’oléastres de novo.
• Réaliser le polishing et le contrôle qualité des assemblages.
• Effectuer une comparaison avec des génomes de référence et identifier des variants.
• Identifier des introgressions sauvages et des variations structurales.

Skills

Ligne de commande UNIX

Python

R

Snakemake

Apptainer

Education

Master 2 en Bioinformatique / Génomique

Tools

ONT long-reads

Outils de polissage

Job description

SFBI propose un stage de Master 2 axé sur l’assemblage et l’annotation de génomes d’oléastres. Vous travaillerez à Montpellier avec l’équipe DYNADIV sous la supervision de Philippe Cubry et Julie Orjuela et utiliserez des reads ONT pour assembler, polir et annoter les génomes sauvages.

Le stage implique des analyses bio-informatiques avancées, le contrôle qualité, le scaffolding guidé par référence et des comparaisons avec les génomes de référence disponibles, afin d’identifier des variants et