Stage en Développement de Pipeline Snakemake et Interface Web

INRAE; Castanet-Tolosan; On-site; EUR 10,000 - 17,000; Part time

Benefits offered by this job

Rémunération de stage

Job summary

INRAE à Castanet-Tolosan recherche un stagiaire Master 2 en bio-informatique pour participer au développement d’un pipeline Snakemake et à la création d’une interface web interactive pour l’analyse de données génomiques.

Le/la candidat(e) travaillera au sein de l’UMR GenPhySE, avec accès aux infrastructures de calcul et de stockage, et sera encadré(e) par une équipe d’ingénieurs bio-informaticiens spécialisés en analyse de données et interfaces, selon les missions décrites.

Qualifications

• Formation Master 2 bio-informatique ou discipline proche.
• Connaissances Linux/Unix en ligne de commande, Git, VS Code, et outils d'aide à la programmation/IA.
• Développement Web et données: Modélisation de données JSON et interfaces web interactives (HTML/CSS/JS).

Responsibilities

• Concevoir et développer le pipeline Snakemake prenant en entrée des assemblages (FASTA), des annotations (GTF) et des matrices de comptage RNA-seq et générant en sortie un ensemble de fichiers JSON décrivant notamment les modèles de gènes/lncRNA, la synténie locale, les groupes de lncRNA orthologues...
• Développer l'interface web d'exploration interactive sur la base des JSON générés et permettant la visualisation des statistiques de qualité des génomes/annotations, des zones d’orthologies, des profils d'expression, des motifs conservés...

Skills

Linux/Unix CLI

Git

VS Code

IA-assisted coding tools

HTML/CSS/JS

Education

Master 2 bio-informatique ou discipline proche

Tools

Snakemake

JSON

Job description

INRAE à Castanet-Tolosan recherche un stagiaire Master 2 en bio-informatique pour participer au développement d’un pipeline Snakemake et à la création d’une interface web interactive pour l’analyse de données génomiques.

Le/la candidat(e) travaillera au sein de l’UMR GenPhySE, avec accès aux infrastructures de calcul et de stockage, et sera encadré(e) par une équipe d’ingénieurs bio-informaticiens spécialisés en analyse de données et interfaces, selon les missions décrites.