Stage Génomique Long Reads: T. gondii & One Health

SFBI; Limoges; On-site; EUR 5,500 - 6,900; Full time

Job summary

SFBI propose un stage M2 en génomique structurale pour étudier la diversité génomique de Toxoplasma gondii à partir de données Nanopore. Vous participerez au sequencing, exploiterez des pipelines Linux (Python/R/Snakemake) sur un cluster et effectuerez des analyses de génomique comparative et d’annotation fonctionnelle.

Le sujet s’inscrit dans une perspective One Health, reliant origine des souches, virulence et observations cliniques humaines, avec des outils comme minimap2, BUSCO et BLAST pour

Qualifications

• Étudiant·e en M2 bio-informatique, génomique ou biologie avec une solide composante informatique.
• Aisance en environnement Linux et en programmation (Python et/ou R) ; une expérience de Snakemake ou d’un cluster de calcul est un plus.
• Intérêt pour la génomique comparative, les données long reads et la biologie des pathogènes.
• Autonomie, rigueur, goût pour l’interdisciplinarité (parasitologie, épidémiologie, One Health)

Responsibilities

• Participation au séquençage long reads (Oxford Nanopore) d’une partie des souches.
• Utilisation de scripts et workflows d’analyse en environnement Linux (Python, R, Snakemake), sur cluster de calcul.
• Analyse bio-informatique de données de séquençage long reads et exploitation d’assemblages génomiques.
• Génomique comparative : identification des régions répétées et estimation du nombre de copies de gènes.
• Annotation fonctionnelle des gènes d’intérêt (BLAST, MAFFT).
• Analyses statistiques exploratoires intégrant données génomiques, origine écologique des souches, virulence chez la souris et observations cliniques humaines, en tenant compte de la proximité génétique entre souches (R).
• Visualisation des résultats génomiques (IGV, ggplot2).

Skills

Python

R

Linux

Snakemake

Cluster computing

Education

Master 2 en bio-informatique / génomique / biologie avec forte composante informatique

Tools

minimap2

QUAST

BUSCO

MUMmer

mosdepth

BLAST

MAFFT

IGV

ggplot2

Job description

SFBI propose un stage M2 en génomique structurale pour étudier la diversité génomique de Toxoplasma gondii à partir de données Nanopore. Vous participerez au sequencing, exploiterez des pipelines Linux (Python/R/Snakemake) sur un cluster et effectuerez des analyses de génomique comparative et d’annotation fonctionnelle.

Le sujet s’inscrit dans une perspective One Health, reliant origine des souches, virulence et observations cliniques humaines, avec des outils comme minimap2, BUSCO et BLAST pour