Stage Master 2 – eDNA et métabarcoding en écologie

Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire; Saint-Paul-lès-Durance; On-site; EUR 13,000 - 18,000; Full time

Benefits offered by this job

Restaurant d'entreprise

Job summary

L'Autorité de sûreté nucléaire et radioprotection (ASNR) recherche un stagiaire Master 2 en biologie ou bio-informatique pour rejoindre le laboratoire LECO à Cadarache. Le stage porte sur l’analyse d'ADN environnemental et le métabarcoding dans des archives sédimentaires.

Vous réaliserez des PCR, préparerez des librairies NGS et traiterez les données avec OBITools et metabaR, avec étude de la biodiversité passée et des aspects de taphonomie.

Qualifications

• Master 2 en biologie ou bio-informatique.
• Première expérience en biologie moléculaire et/ou analyse de données bio-informatiques.
• Maîtrise de R et première expérience de l'environnement Linux.
• Une expérience en métabarcoding serait un plus.

Responsibilities

• Réaliser des amplifications par PCR de marqueurs eucaryotes sur l'ADN extrait.
• Préparer les librairies de séquençage NGS.
• Traiter les données de séquençage avec un pipeline OBITools et metabaR.
• Analyser la diversité taxonomique et la composition des communautés.
• Explorer la taphonomie de l'ADN environnemental selon l'avancement du projet.

Skills

Biologie moléculaire

Analyse de données bio-informatiques

Métabarcoding

R

Linux

Education

Master 2 en biologie ou bio-informatique

Tools

R

Linux

OBITools

metabaR

Job description

L'Autorité de sûreté nucléaire et radioprotection (ASNR) recherche un stagiaire Master 2 en biologie ou bio-informatique pour rejoindre le laboratoire LECO à Cadarache. Le stage porte sur l’analyse d'ADN environnemental et le métabarcoding dans des archives sédimentaires.

Vous réaliserez des PCR, préparerez des librairies NGS et traiterez les données avec OBITools et metabaR, avec étude de la biodiversité passée et des aspects de taphonomie.