Stage BAC+5 - Data Science & Bioinformatics (Contrôle Qualité des Données Génomiques)

bioMérieux; Marcy-l'Étoile; On-site; EUR 8,900 - 12,000; Full time

Benefits offered by this job

Indemnité stage conforme à la loi

Remboursement des frais de transport

Accès à des ressources de pointe

Job summary

bioMérieux recrute un stagiaire au sein du département Data Science pour améliorer un pipeline d’analyse de données de séquençage métagénomique et participer au QC des données utilisées par les modèles de ML.

Vous travaillerez en France et aux États‑Unis sur des données WGS, en collaboration avec les équipes internationales, afin d’optimiser les stratégies de contrôle qualité et la restitution des résultats, et développerez du code reproductible.

Qualifications

• Stage en Bac+5 / Master 2 en bioinformatique ou domaine connexe.
• Expérience en analyse de données de séquençage génomique (WGS) et intérêt pour la microbiologie.
• Maîtrise de Python et Bash; gestion de versions (GitHub).
• Connaissance des approches de ML et reproductibilité des analyses.
• Bonnes capacités d'analyse et communication écrite/orale en anglais.

Responsibilities

• Organiser et structurer de grands jeux de données WGS et suivre les indicateurs de qualité.
• Développer du code reproductible pour l'analyse des données génomiques.
• Collaborer avec les équipes Data Science France-US sur les développements techniques.
• Synthétiser les résultats et les communiquer à des publics non techniques.
• Participer à la définition et à l’évaluation des critères QC pour les modèles ML.

Skills

Python

Bash

Git

Anglais

Analyse de données

Education

Master 2 en Bioinformatique

Tools

GitHub

Job description

Le/La stagiaire rejoindra le département Data Science et contribuera à l'amélioration d'un pipeline d'analyse de données de séquençage métagénomique. Le contrôle qualité (Quality Control - QC) des données joue un rôle clé dans le développement des algorithmes de Machine Learning ainsi que dans la validation des résultats générés.

Ce stage offre une opportunité unique de travailler à l'intersection de la bioinformatique, de la génomique et de l'intelligence artificielle, au sein d'une entreprise leader du diagnostic in vitro.

Le/La stagiaire collaborera avec les équipes Data Science basées en France et aux États-Unis afin d'optimiser les stratégies de contrôle qualité appliquées aux données de séquençage génomique complet (Whole Genome Sequencing - WGS) et de contribuer à l'amélioration des processus d'analyse et de restitution des résultats.

Quelle est votre mission chez bioMérieux ?

Le/La stagiaire rejoindra le département Data Science et contribuera à l'amélioration d'un pipeline d'analyse de données de séquençage métagénomique. Le contrôle qualité (Quality Control - QC) des données joue un rôle clé dans le développement des algorithmes de Machine Learning ainsi que dans la validation des résultats générés.

Ce stage offre une opportunité unique de travailler à l'intersection de la bioinformatique, de la génomique et de l'intelligence artificielle, au sein d'une entreprise leader du diagnostic in vitro.

Le/La stagiaire collaborera avec les équipes Data Science basées en France et aux États-Unis afin d'optimiser les stratégies de contrôle qualité appliquées aux données de séquençage génomique complet (Whole Genome Sequencing - WGS) et de contribuer à l'amélioration des processus d'analyse et de restitution des résultats.

Quelle est votre mission chez bioMérieux ?

Sous la supervision d'un Data Scientist, le/la stagiaire devra :

• Organiser et structurer de larges jeux de données WGS pour les analyses bioinformatiques et le suivi des indicateurs de qualité.
• Développer du code reproductible et partageable permettant l'analyse de données génomiques.
• Collaborer avec les membres de l'équipe Data Science France-US sur les développements techniques et méthodologiques.
• Synthétiser et communiquer les résultats à des publics non techniques.
• Définir des critères de contrôle qualité destinés à la sélection des jeux de données d'entraînement pour les algorithmes de Machine Learning.
• Définir des critères de contrôle qualité permettant de vérifier et valider les résultats générés par les modèles de Machine Learning.

Description du profil :

Qui êtes vous ?

• Étudiant(e) en dernière année de formation (Bac+5 / Master 2) en Bioinformatique, Biologie Computationnelle, Data Science ou domaine connexe.
• Expérience dans l'analyse de données de séquençage génomique (WGS) et intérêt pour la génomique microbienne.
• Maîtrise de Python, Bash et des outils de gestion de versions tels que GitHub.
• Connaissance des approches de Machine Learning et des bonnes pratiques de reproductibilité des analyses de données.
• Excellentes capacités d'analyse, esprit critique et aptitude à résoudre des problématiques complexes à partir des données.
• Excellentes compétences en communication écrite et orale en anglais, avec la capacité à évoluer dans un environnement international et collaboratif.

Éligible à un stage à partir de janvier 2027.

Lieu : Marcy l'Étoile, France.