Inventaire de régions de réarrangements dans le génome pour la recherche de variants

SFBI; Évry-Courcouronnes; On-site; EUR 13,000 - 16,000; Part time

Job summary

Le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), situé au Genopole d’Evry, recrute un stagiaire Master 2 pour inventorier les zones de recombinaison et prioriser les variants dans un projet de re-sequencage de génomes complets. Vous travaillerez dans le laboratoire de Bio-analyse avec des données de séquençage à longues lectures et des bases de données publiques.

Ce stage de 6 mois offre une immersion en génomique médicale et nécessite des compétences en Bash, Python, R et SQL sous

Qualifications

• Stage de 6 mois en Master 2 (Bac+5).
• Compétences en programmation et bio-informatique.
• Bonne connaissance des environnements Linux.

Responsibilities

• Inventorier les zones de recombinaison décrites dans la littérature et les bases de données pour une recherche ciblée.
• Annoter et prioriser les variants identifiés lors du re-séquencage longues lectures.
• Réaliser une recherche bibliographique et développer une stratégie expérimentale.
• Collaborer au développement des outils et de la stratégie du laboratoire Bio-analyse.

Skills

bash

Python

R

SQL

Education

Master / M2

Tools

Linux

GitLab

Nextflow

Conda

Job description

Inventaire de régions de réarrangements dans le génome pour la recherche de variants

Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterCNRGH / CEA·Evry-Courcouronnes (France)1300 euros

Date de prise de poste : 18 janvier 2027

génome humain, variations structurales, séquençage « longues lectures », maladies rares, annotation, bases de données

Contexte général
Le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH / Institut François Jacob / CEA), situé au Genopole d’Evry, est un centre de séquençage et de recherche sur le génome humain. Il est impliqué dans de nombreux projets de recherche dans le domaine de la génomique médicale, relatifs à des maladies auto-immunes, psychiatriques, cardiovasculaires, mais aussi à différents types de cancers (sein, prostate, rein), des maladies infectieuses et des maladies rares. Le CNRGH possède des laboratoires et des plateformes qui utilisent des technologies de pointe en génomique, telles que le génotypage et le séquençage à haut débit, et le séquençage longues lectures, qui permettent, entre autres, de réaliser des études d’association et de faire du séquençage de génomes complet.

Objectif du stage
Le stage se déroulera dans le laboratoire de Bio-analyse. Dans un contexte de recherches de variants génétiques responsables de maladies rares dans du re-séquencage longues lectures de génomes complets. Le stage consistera à inventorier les zones de recombinaison décrites dans la littérature et les bases de données pour faire une recherche ciblée et ensuite annoter et prioriser les variants. Une première phase de recherche bibliographique sera suivie du développement de la stratégie.

Compétences
Langage de programmation : bash, python, R, sql
Environnement de développement : linux, gitlab, nextflow, conda

Date limite : 31 décembre 2026

Claire Jubin
[e-mail]

Offre publiée le 5 novembre 2026, affichage jusqu'au 31 décembre 2026