Ingénieur(e) Bioinformatique – RNA-seq & multi-omics (CDD)

Centre Lasers Intenses et Applications; Lyon; Vor Ort; EUR 26.000 - 31.000; Vollzeit

Benefits dieser Stelle

44 jours Congés RTT annuels

Pratique et Indemnisation TT

Transport pris en charge 75%

Forfait mobilité durable 300€

Zusammenfassung

L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) recrute un ingénieur bioinformaticien pour l’analyse de données bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques chez la souris. Vous travaillez en étroite collaboration avec les biologistes et bioinformaticiens de l’équipe pour définir les plans d’étude et développer des outils analytiques.

Le candidat doit maîtriser R, Python, Linux et les pipelines (Cell Ranger ARC, SCENIC+, CellOracle, ICELLNET).

Qualifikationen

• Licence en sciences de la vie, Master en bioinformatique de préférence.
• Connaissances théoriques en sciences de la vie et génomique fonctionnelle.
• Connaissances en R, Python et code reproductible.
• Connaissances Linux/Unix et CLI.
• Connaissances outils d’analyse RNA-seq et multi-omiques.
• Expérience pipelines multi-omiques (alignement Cell Ranger ARC, inférence réseaux).
• Maîtrise des règles éthiques et confidentialité des données.
• Capacité à travailler avec biologistes et bioinformaticiens.
• Anglais scientifique écrit et oral.
• Bonnes compétences relationnelles et visualisation interactive souhaitées.

Aufgaben

• Définir le plan d’étude avec l’équipe.
• Identifier les outils bioinformatiques adaptés.
• Réaliser les analyses de données bulk et scRNA-seq / scATAC-seq.
• Mettre en œuvre des pipelines analytiques.
• Compléter les données internes avec sources publiques.
• Développer/adapter des outils pour diffusion.
• Diffuser les résultats via rapports, publications, présentations.

Kenntnisse

Bioinformatics

RNA-seq analysis

Single-cell multi-omics

Pipelines

Team collaboration

Anglais scientifique

Communication

R et Python

Shell/Linux

Ausbildung

BAC+3/4

Master en bioinformatique

Licence en sciences de la vie

Tools

R

Python

Linux/Unix

Command line

Cell Ranger ARC

SCENIC+

CellOracle

ICELLNET

SLURM

Git

Shiny

Jobbeschreibung

L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) recrute un ingénieur bioinformaticien pour l’analyse de données bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques chez la souris. Vous travaillez en étroite collaboration avec les biologistes et bioinformaticiens de l’équipe pour définir les plans d’étude et développer des outils analytiques.

Le candidat doit maîtriser R, Python, Linux et les pipelines (Cell Ranger ARC, SCENIC+, CellOracle, ICELLNET).