Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)

Centre Lasers Intenses et Applications; Lyon; On-site; EUR 26,000 - 31,000; Full time

Benefits offered by this job

44 jours Congés RTT annuels

Pratique et Indemnisation TT

Transport pris en charge 75%

Forfait mobilité durable 300€

Job summary

L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) recrute un ingénieur bioinformaticien pour l’analyse de données bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques chez la souris. Vous travaillez en étroite collaboration avec les biologistes et bioinformaticiens de l’équipe pour définir les plans d’étude et développer des outils analytiques.

Le candidat doit maîtriser R, Python, Linux et les pipelines (Cell Ranger ARC, SCENIC+, CellOracle, ICELLNET).

Qualifications

• Licence en sciences de la vie, Master en bioinformatique de préférence.
• Connaissances théoriques en sciences de la vie et génomique fonctionnelle.
• Connaissances en R, Python et code reproductible.
• Connaissances Linux/Unix et CLI.
• Connaissances outils d’analyse RNA-seq et multi-omiques.
• Expérience pipelines multi-omiques (alignement Cell Ranger ARC, inférence réseaux).
• Maîtrise des règles éthiques et confidentialité des données.
• Capacité à travailler avec biologistes et bioinformaticiens.
• Anglais scientifique écrit et oral.
• Bonnes compétences relationnelles et visualisation interactive souhaitées.

Responsibilities

• Définir le plan d’étude avec l’équipe.
• Identifier les outils bioinformatiques adaptés.
• Réaliser les analyses de données bulk et scRNA-seq / scATAC-seq.
• Mettre en œuvre des pipelines analytiques.
• Compléter les données internes avec sources publiques.
• Développer/adapter des outils pour diffusion.
• Diffuser les résultats via rapports, publications, présentations.

Skills

Bioinformatics

RNA-seq analysis

Single-cell multi-omics

Pipelines

Team collaboration

Anglais scientifique

Communication

R et Python

Shell/Linux

Education

BAC+3/4

Master en bioinformatique

Licence en sciences de la vie

Tools

R

Python

Linux/Unix

Command line

Cell Ranger ARC

SCENIC+

CellOracle

ICELLNET

SLURM

Git

Shiny

Job description

Institut de génomique fonctionnelle de Lyon

LYON 07

Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.

Informations de l’offre

• BAC+3/4
• Type de Contrat : IT en contrat CDD
• Durée : 12 mois
• Lieu : 69007 LYON 07
• Temps de Travail : Complet
• Date d'Embauche : 04/01/2027
• Rémuneration : à partir de 2521€ bruts mensuel selon expérience
• Date limite de candidature : vendredi 13 novembre 2026 23:59

Description du Poste

L’ingénieur·e sera chargé·e de l’analyse bioinformatique de données de bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques issues des nouvelles technologies de séquençage NGS (scRNA-seq, scATAC-seq), pour caractériser, chez la souris, les populations cellulaires, leurs états et les mécanismes de régulation associés.

Activité

• Définir, en interaction avec les membres de l’équipe, le plan d'étude le mieux adapté au problème biologique posé
• Identifier les outils de bio-calcul adaptés aux questions posées permettant d'exploiter les données obtenues
• Réaliser les analyses de données biologiques de l’équipe, en utilisant les outils actuels de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse, y compris la mise en œuvre de pipelines analytiques
• Compléter les données de l’équipe avec des données publiques disponibles dans la littérature
• Développer et/ou adapter des outils pour diffuser et mettre à disposition de la communauté scientifique locale, nationale et internationale, les données acquises par l’équipe
• Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales

Votre Profil

Compétences

• Licence en sciences de la vie (par exemple, biologie, génétique, bioinformatique). Diplôme d'études supérieures (Master) en bioinformatique de préférence
• Connaissances théoriques générales dans le domaine des sciences de la vie (développement et évolution) et si possible dans le domaine de la génomique fonctionnelle
• Connaissances approfondies des langages de programmation R, Python et capacité à écrire du code lisible et reproductible
• Connaissances approfondies d’un environnement Linux/Unix et des outils de ligne de commande
• Connaissances approfondies des outils d'analyse courants pour les données de bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques (scRNA-seq + scATAC-seq)
• Une expérience des pipelines de traitement multi-omiques pour l’alignement (Cell Ranger ARC) et l’inférence de réseaux de régulation (SCENIC+, CellOracle) et de communication intercellulaire (ICELLNET) serait appréciée
• Connaître la déontologie, l'éthique, la loi et la réglementation concernant le domaine de recherche (en particulier sur la confidentialité, sécurité informatique, sauvegarde et protection des données…)
• Capacité à travailler en interaction, savoir discuter et vulgariser, à la fois avec des biologistes expérimentaux et des bioinformaticiens
• Maîtrise de l'anglais scientifique (oral, écrit)
• Disposer d'excellentes qualités relationnelles
• Intérêt pour les outils de visualisation interactive (ex: Shiny et/ou équivalent)
• Intérêt pour le contrôle de version (Git) et le travail sur clusters de calcul (SLURM)

Votre Environnement de Travail

L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) est une unité mixte multi-tutelle (CNRS, École Normale Supérieure de Lyon, Université Lyon 1, INRAe) qui comprend plus de 120 personnes, une cellule de support en bioinformatique, et 12 équipes de recherche utilisant toutes des données issues de nouvelles technologies de séquençage dans leurs thématiques de recherche. Il est situé au sein de l'ENS de Lyon dans le quartier de Gerland.

L'ingénieur·e sera rattaché·e à l'équipe « Histoires développementale et évolutive des vertébrés » et travaillera en étroite collaboration avec les membres de l'équipe, depuis la définition des stratégies d'analyse jusqu'à la présentation des résultats.

Rémunération et avantages

Rémunération : à partir de 2521€ bruts mensuel selon expérience

• Congés et RTT annuels : 44 jours
• Pratique et Indemnisation du TT
• Transport : Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

Référence de l’offre UMR5242-EGLHEU-006 Secteur d’activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement Emploi type Ingenieur biologiste en traitement de donnees (H/F) Expérience souhaitée 1 à 4 années

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Les métiers de la recherche