Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)

Icmn; Lyon; On-site; EUR 26,000 - 31,000; Full time

Benefits offered by this job

Congés et RTT annuels

Indemnisation TT

Forfait mobilité durable

Job summary

L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) recrute un ingénieur d’étude en bioinformatique pour analyser des données bulk RNA-seq et multi-omiques chez la souris, dans le cadre d’un CDD de 12 mois.

Vous définirez le plan d’étude avec l’équipe, réaliserez les analyses et développerez des outils pour diffuser les données; vous présenterez les résultats sous forme de rapports et de présentations, en collaboration avec biologistes et bioinformaticiens.

Qualifications

• Master en bioinformatique fortement recommandé.
• Maîtrise de R et Python et expérience Linux/Unix.
• Connaissances des pipelines multi-omiques et des analyses RNA-seq.

Responsibilities

• Définir le plan d’étude en collaboration avec l’équipe.
• Réaliser les analyses de données RNA-seq et multi-omiques.
• Développer et adapter des outils pour diffusion des données.
• Diffuser les résultats via rapports et présentations.

Skills

R

Python

Linux/Unix

Anglais scientifique

Communication

Git

Shiny

Education

Master en bioinformatique

Tools

Cell Ranger ARC

SCENIC+

CellOracle

ICELLNET

Job description

Titre du poste

Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)

Employeur

Institut de génomique fonctionnelle de Lyon (IGFL)

Localisation

69007 LYON 07, Rhône, France

Type de contrat

CDD (contrat à durée déterminée)

Durée du contrat

12 mois

Temps de travail

Complet

Date d’embauche

04/01/2027

Rémuneration

à partir de 2521€ bruts mensuel selon expérience

Date limite de candidature

vendredi 13 novembre 2026 23:59

Description du poste

L’ingénieur·e sera chargé·e de l’analyse bioinformatique de données de bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques issues des nouvelles technologies de séquençage NGS (scRNA-seq, scATAC-seq), pour caractériser, chez la souris, les populations cellulaires, leurs états et les mécanismes de régulation associés.

Activité

• Définir, en interaction avec les membres de l’équipe, le plan d'étude le mieux adapté au problème biologique posé
• Identifier les outils de bio-calcul adaptés aux questions posées permettant d'exploiter les données obtenues
• Réaliser les analyses de données biologiques de l’équipe, en utilisant les outils actuels de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse, y compris la mise en œuvre de pipelines analytiques
• Compléter les données de l’équipe avec des données publiques disponibles dans la littérature
• Développer et/ou adapter des outils pour diffuser et mettre à disposition de la communauté scientifique locale, nationale et internationale, les données acquises par l’équipe
• Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales

Profil – Compétences

• Licence en sciences de la vie (par exemple, biologie, génétique, bioinformatique). Diplôme d’études supérieures (Master) en bioinformatique de préférence
• Connaissances théoriques générales dans le domaine des sciences de la vie (développement et évolution) et si possible dans le domaine de la génomique fonctionnelle
• Connaissances approfondies des langages de programmation R, Python et capacité à écrire du code lisible et reproductible
• Connaissances approfondies d’un environnement Linux/Unix et des outils de ligne de commande
• Connaissances approfondies des outils d’analyse courants pour les données de bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques (scRNA-seq + scATAC-seq)
• Une expérience des pipelines de traitement multi-omiques pour l’alignement (Cell Ranger ARC) et l’inférence de réseaux de régulation (SCENIC+, CellOracle) et de communication intercellulaire (ICELLNET) serait appréciée
• Connaître la déontologie, l'éthique, la loi et la réglementation concernant le domaine de recherche (en particulier sur la confidentialité, sécurité informatique, sauvegarde et protection des données…)
• Capacité à travailler en interaction, savoir discuter et vulgariser, à la fois avec des biologistes expérimentaux et des bioinformaticiens
• Maîtrise de l'anglais scientifique (oral, écrit)
• Disposer d'excellentes qualités relationnelles
• Intérêt pour les outils de visualisation interactive (ex: Shiny et/ou équivalent)
• Intérêt pour le contrôle de version (Git) et le travail sur clusters de calcul (SLURM)

Environnement de travail

L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) est une unité mixte multi-tutelle (CNRS, École Normale Supérieure de Lyon, Université Lyon 1, INRAe) qui comprend plus de 120 personnes, une cellule de support en bioinformatique, et 12 équipes de recherche utilisant toutes des données issues de nouvelles technologies de séquençage dans leurs thématiques de recherche. Il est situé au sein de l'ENS de Lyon dans le quartier de Gerland.

L'ingénieur·e sera rattaché·e à l'équipe « Histoires développementale et évolutive des vertébrés » et travaillera en étroite collaboration avec les membres de l'équipe, depuis la définition des stratégies d'analyse jusqu'à la présentation des résultats.

Rémunération et avantages

• 44 jours de congés et RTT annuels
• Pratique et indemnisation du TT
• Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€ (transport)

À propos de l’offre

Référence de l’offre UMR5242-EGLHEU-006. Secteur d’activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement. Emploi type Ingenieur biologiste en traitement de donnees (H/F). Expérience souhaitée 1 à 4 années.

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Informations sur le handicap

Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.