Ingénieur Bio-informatique: Pipelines & Cloud

Vulcain Engineering Group; Lyon; Sur place; EUR 39 000 - 46 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Mobility support

Meal allowance

Health insurance

Onboarding program

Career development

RSE commitment

Résumé du poste

Consultys, filiale du groupe Vulcain Engineering, recherche un ingénieur bio-informatique à Lyon en CDI. Vous concevrez et industrialiserez des pipelines, développerez des scripts Python et contribuerez à la sécurisation et à l’optimisation des workflows bioinformatiques.

Vous maîtriserez Snakemake/Nextflow, AWS et les outils Git/Docker/Conda; vous évoluerez dans un contexte international avec anglais professionnel et un parcours d’intégration.

Qualifications

• Diplôme d’Ingénieur ou universitaire (Bac+5).
• Première expérience significative en bio-informatique souhaitée.
• Bonne maîtrise de Python.
• Expérience avec Snakemake et/ou Nextflow.
• Connaissance d’un environnement Cloud (AWS).
• Connaissance des outils Git, Docker et Conda.
• Bonne maîtrise de l’anglais professionnel.
• Capacité à travailler dans un environnement international.

Responsabilités

• Concevoir, développer et maintenir des pipelines bioinformatiques automatisés.
• Automatiser, sécuriser et industrialiser les pipelines bioinformatiques.
• Mettre en œuvre des workflows robustes avec Snakemake et/ou Nextflow.
• Développer des scripts Python pour le prétraitement et l’analyse des données de séquençage.
• Automatiser le démultiplexage et le contrôle qualité des données.
• Identifier et intégrer les outils bioinformatiques adaptés.
• Optimiser les pipelines pour performance et ressources.
• Participer à l’amélioration des processus et du suivi des données.

Connaissances

Python

Snakemake

Nextflow

AWS Cloud

Git

Docker

Conda

Linux

Benchling

Anglais professionnel

Formation

Bac+5 ingénieur ou université

Outils

Snakemake

Nextflow

AWS

Git

Docker

Conda

Description du poste

Consultys, filiale du groupe Vulcain Engineering, recherche un ingénieur bio-informatique à Lyon en CDI. Vous concevrez et industrialiserez des pipelines, développerez des scripts Python et contribuerez à la sécurisation et à l’optimisation des workflows bioinformatiques.

Vous maîtriserez Snakemake/Nextflow, AWS et les outils Git/Docker/Conda; vous évoluerez dans un contexte international avec anglais professionnel et un parcours d’intégration.