Data Scientist- Génomique, Single Cell & Transcriptomique Spatial (H/F)

Brief IA; Paris; On-site; EUR 60,000 - 90,000; Full time

Job summary

IHU ICAN, plateforme de data science et biologie intégrative, recrute un(e) ingénieur(e) ou chercheur(se) pour renforcer ses activités d’analyse de données à haute résolution cellulaire et spatiale.

Sous la supervision du responsable de la plateforme, le poste implique une collaboration étroite avec des équipes expérimentales et cliniques sur des projets cliniques et biologiques axés sur la santé publique et le cancer, avec une forte composante omique et spatiale.

Qualifications

• Ingénieur(e) ou chercheur(se) expérimenté en analyses omiques et bioinformatique.

Responsibilities

• Analyser des données scRNA-seq et snRNA-seq, avec pré-traitement et QC.
• Réaliser des analyses de transcriptomique spatiale et cartographie cellulaire.
• Effectuer des analyses génomiques (WGS/WES), et des appels de variants.
• Contribuer à l'interprétation biologique et à l'écriture de publiables.

Skills

scRNA-seq

snRNA-seq

spatial transcriptomics

WGS/WES

variant calling

statistical analysis

data integration

bioinformatics

Tools

BWA

Bowtie2

GATK

bcftools

ANNOVAR

VEP

Job description

Pourquoi nous rejoindre :

Rejoindre l'IHU ICAN, c'est mettre son expertise au service d'un enjeu de santé publique majeur, aux côtés d'équipes scientifiques et cliniques de premier plan.

• Un poste à fort impact : contribuer directement à la lutte contre la première cause évitable de maladies cardiovasculaires.
• Un environnement d'excellence : un institut de référence européen, au sein de l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière.

Le poste

Dans le cadre du développement de ses projets Single-Cell et Transcriptomique Spatiale, la plateforme ICAN I/O Data Science recrute un(e) ingénieur(e) ou chercheur(euse) pour renforcer ses activités d'analyse de données à haute résolution cellulaire et spatiale, et génomique humaine. Sous la responsabilité directe du responsable de la plateforme, le poste s'inscrit dans des projets à forte composante biologique et clinique, en interaction étroite avec des équipes expérimentales et cliniques.

Vos missions

1. Single-Cell Transcriptomiques
   • Analyse de données scRNA-seq / snRNA-seq
   • Pré-traitement, contrôle qualité, normalisation
   • Annotation cellulaire, identification de sous-populations
   • Analyses de trajectoires, états cellulaires et plasticité
   • Analyses de communication intercellulaire et régulation transcriptionnelle
2. Transcriptomiques spatiales
   • Analyse de données de spatial transcriptomics (10x Visium, Xenium, Cos Mx, MERFISH ou équivalents)
   • Cartographie spatiale des populations et états cellulaires
   • Intégration spatial / single-cell
   • Interaction avec données histologiques
3. Génomique (secondaire)
   • Analyses de données WGS / WES / ciblées
   • Mapping / alignement des reads (BWA, Bowtie2, etc.)
   • Variant calling : SNPs, indels (GATK, bcftools, Free Bayes)
   • Annotation fonctionnelle des variants (VEP, ANNOVAR)
   • Analyses d'association GWAS
   • Contribution à l'interprétation biologique des variants
4. Data Science et analyses statistiques
   • Analyses statistiques classiques pour les études cliniques et omiques (statistiques de