Bioinformaticien - Transcriptomique et biostatistique, projet ATTILAS (F/H)

Curie; Paris; Hybrid; EUR 55,000 - 75,000; Full time

Benefits offered by this job

Déplacements pour congrès

Job summary

Institut Curie recrute pour l’équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research) au sein de l’unité Chemical Biology of Cancer. Le poste s’inscrit dans le projet ATTILAS, financé par l’ANR, et vise des analyses bioinformatiques multi-omiques sur RNA-seq bulk et scRNA-seq, avec collaboration étroite avec les chercheurs et bioinformaticiens du Hub de bioinformatique.

Le candidat analysera des jeux de données RNA-seq et scRNA-seq, intégrera les résultats avec des validations fonctionnelles, et

Qualifications

• Compétences en analyse transcriptomique et intégration multi-omics.
• Connaissance des pipelines reproductibles et des principes FAIR.
• Capacité à travailler en collaboration avec biologistes et cliniciens.

Responsibilities

• Analyser les données RNA-seq bulk et scRNA-seq pour identification de signatures et de trajectoires.
• Intégrer les données transcriptomiques avec les résultats fonctionnels du projet ATTILAS.
• Collaborer à la présentation des résultats et à la rédaction de rapports et publications.

Skills

RNA-seq

scRNA-seq

bioinformatique

statistiques

Tools

R

Python

CNV analysis

Job description

Laboratoire - Service

L’équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research), dirigée par le Dr Sarah Watson au sein de l’unité Chemical Biology of Cancer (INSERM U1339/CNRS UMR3666, Institut Curie, Paris), conduit des recherches translationnelles sur les cancers rares, dont les sarcomes. Elle combine profilage moléculaire multi-échelle, modèles précliniques et accès direct aux cohortes et échantillons biologiques de l’Institut Curie.

Le poste s’inscrit dans le projet ATTILAS (Addressing and Targeting Tumor and Immunological Vulnerabilities in Dedifferentiated Liposarcomas), financé par l’ANR (JCJC, 36 mois) et coordonné par le Dr Watson. Ce projet vise à identifier des vulnérabilités tumorales et immunitaires du liposarcome dédifférencié (DDLPS) grâce à l’intégration d’analyses multi-omiques et de validations fonctionnelles. La personne recrutée contribuera aux analyses bioinformatiques d’un jeu de données comprenant RNA-seq bulk, scRNA-seq, WGS et WES. Elle travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs de l’équipe et les bioinformaticiens du Hub de bioinformatique de l’Institut Curie.

Missions

Description des activités

Analyse transcriptomique

• Analyser les données RNA-seq bulk : contrôle qualité, normalisation, expression différentielle et analyses fonctionnelles.
• Réaliser la déconvolution des données bulk à partir des références scRNA-seq de l’équipe.
• Traiter et intégrer les données scRNA-seq/snRNA-seq : annotation cellulaire, inférence de CNV, analyses de trajectoire et de communication intercellulaire.
• Intégrer les données transcriptomiques aux résultats fonctionnels du projet.

Biostatistique et biomarqueurs

• Corréler profils moléculaires et données cliniques à l’aide de modèles statistiques adaptés
• Optimiser et valider des signatures pronostiques.
• Identifier des signatures de réponse ou de résistance thérapeutique à partir des données single-cell puis les appliquer aux cohortes bulk.

Gestion des données et valorisation

• Développer des pipelines reproductibles et documentés.
• Assurer la gestion et le dépôt des données selon les principes FAIR et les exigences ANR.
• Collaborer avec biologistes, ingénieurs et cliniciens pour transformer les questions biologiques en analyses exploitables.
• Présenter les résultats et contribuer aux publications et rapports scientifiques.

Spécificités du poste

- Possibilité de déplacements ponctuels pour des congrès nationaux et internationaux.