CDD Ingénieur(e) biologiste en analyse de données - H/F

Inserm France; Nice; Hybride; EUR 36 000 - 47 000; Plein temps

Résumé du poste

L'Inserm recrute un ingénieur bioinformaticien pour analyser des données omiques (WGS, RNA-Seq) et caractériser les variations du génome dans le cadre du projet Télomères, sénescence et cancer à Nice.

Vous travaillerez sur des données de séquençage long-read Oxford Nanopore, l’analyse génomique et la quantification des ARN non codants, avec maîtrise des outils Linux et scripting Python; un anglais technique est souhaité.

Qualifications

• Expérience en analyse de données transcriptomiques souhaitée.
• Connaissances solides en génomique des eucaryotes.
• Maîtrise de Linux/Unix et outils de scripting.
• Notions en Python et anglais technique.

Responsabilités

• Exploiter et présenter les résultats des analyses.
• Rédiger des rapports d’expériences et d’études.
• Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats via présentations et publications.
• Capacité à présenter synthétiquement les résultats scientifiques.

Connaissances

Python

R

C++

Linux/Unix

Génomique

Formation

Master en biologie, biochimie ou biotechnologies

Outils

MACS

bwa

STAR

Bowtie2

BEDTools

SAMtools

DESeq2

Description du poste

CDD Ingénieur(e) biologiste en analyse de données - H/F

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien‑être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

• L’ingénieur(e) travaillera sur le rôle des télomères dans le cancer et le vieillissement.
• La personne recrutée effectuera diverses analyses omiques, principalement basées sur des données massives acquises par la séquençage au débit du type WGS, ChIP-Seq, ou RNA-Seq.

Activités principales

Le bioinformaticien recruté travaillera au sein de l’équipe «Télomères, sénescence et cancer» dirigée par le Professeur Gilson de l'IRCAN à Nice.

Les principales activités comprennent l’analyse dedonnées de séquençage long-read Oxford Nanopore, incluant des analyses à l’échelle du génome ainsi que l’identification et lacaractérisation des variations structurales du génome, avec une attention particulière portée aux régions génomiques péricentromériques répétées. L’ingénieur(e) assurera également l’analyse dedonnées de lncRNA-seq/transcriptomiques, notamment l’identification et la quantification des ARN non codants issus de régions génomiques répétées.

Activités associées

• Exploiter et présenter les résultats des analyses
• Rédiger des rapports d’expériences ou d’étude
• Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations oral et de publications
• Bonnes connaissances en génomique des eucaryotes
• Maîtrise de Linux/Unix
• Notions en programmation (Python fortement souhaité, R ou C++)
• Maîtriser l'anglais technique du domaine

Savoir-faire

• Pratique des logiciels courants pour l’analyse de données en génomique tels que Macs, bwa,STAR, bowtie2, BedTools, SamTools, DEseq2,…
• Utiliser un serveur de calcul distant (ssh, ftp, …)
• Capacité de raisonnement analytique
• Présentation synthétique et didactique des résultats scientifiques

Spécificité(s) / Contrainte(s) du poste

• Variabilité éventuelle des horaires de travail

Expérience

souhaitée

• Expériences souhaitées en analyse de données transcriptomique
• Pratique des logiciels couramment pour l’analyse de données en génomique (STAR, bowtie2, BedTools, samtools, DEseq2,...)

Structure d’accueil

Code unité

16 équipes de recherche - 225 personnes

Faculté de médecine - 28 avenue Valombrose - 06107 Nice

Contractuel Catégorie A Fixed-term contract - 12 months Full time Experience preferred License not required Master degree level Master en biologie, biochime ou biotechnologies