CDD Ingénieur(e) biologiste en analyse de données - H/F

INSERM; Nice; Presencial; EUR 45.000 - 65.000; Jornada completa

Descripción de la vacante

Inserm, IRCAN, Nice, recherche un bioinformaticien pour analyser des données omiques liées au cancer et au vieillissement. Vous travaillerez sur des données de séquençage Oxford Nanopore et des analyses transcriptomiques, au sein d’une équipe pluridisciplinaire.

Le poste implique l’utilisation d’outils comme STAR, Bowtie2, DESeq2 et l’analyse de grandes masses de données, avec une attention portée à la reproductibilité et à la diffusion des résultats.

Formación

• Bonnes connaissances en génomique des eucaryotes
• Maîtrise de Linux/Unix
• Notions en programmation (Python fortement souhaité, R ou C++)
• Maîtriser l'anglais technique du domaine

Responsabilidades

• Analyser des données de séquençage long-read Oxford Nanopore et caractériser les variations structurales
• Réaliser des analyses transcriptomiques (lncRNA-seq) et quantifier les ARN non codants
• Exploiter et présenter les résultats des analyses
• Rédiger des rapports d’expériences ou d’études et participer à publications

Conocimientos

Génomique des eucaryotes

Linux/Unix

Programmation Python

R

Anglais technique

Herramientas

MACS

bwa

STAR

bowtie2

BedTools

SamTools

DESeq2

SSH

Descripción del empleo

Le Poste

Code unité U1081

Intitulé IRCAN

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien‑être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Missions

• L’ingénieur(e) travaillera sur le rôle des télomères dans le cancer et le vieillissement.
• La personne recrutée effectuera diverses analyses omiques, principalement basées sur des données massives acquises par la séquençage au débit du type WGS, ChIP-Seq, ou RNA-Seq.

Activités principales

Le bioinformaticien recruté travaillera au sein de l’équipe « Télomères, sénescence et cancer » dirigée par le Professeur Gilson de l'IRCAN à Nice. Les principales activités comprendront l’analyse de données de séquençage long-read Oxford Nanopore, incluant des analyses à l’échelle du génome ainsi que l’identification et la caractérisation des variations structurales du génome,, avec une attention particulière portée aux régions génomiques péricentromériques répétées. L’ingénieur(e) assurera également l’analyse de données de lncRNA-seq/transcriptomiques, notamment l’identification et la quantification des ARN non codants issus de régions génomiques répétées.

Activités associées

• Exploiter et présenter les résultats des analyses
• Rédiger des rapports d’expériences ou d’étude
• Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations oral et de publications

Profil Recherché

Connaissances

• Bonnes connaissances en génomique des eucaryotes
• Maîtrise de Linux/Unix
• Notions en programmation (Python fortement souhaité, R ou C++)
• Maîtriser l'anglais technique du domaine

Savoir-faire

• Pratique des logiciels courants pour l’analyse de données en génomique tels que Macs, bwa,STAR, bowtie2, BedTools, SamTools, DEseq2,…
• Utiliser un serveur de calcul distant (ssh, ftp, …)

Aptitudes

• Capacité de raisonnement analytique
• Sens de l’organisation
• Présentation synthétique et didactique des résultats scientifiques

Spécificité(s) / Contrainte(s) du poste

• Variabilité éventuelle des horaires de travail

Expérience souhaitée

• Expériences souhaitées en analyse de données transcriptomique
• Pratique des logiciels couramment pour l’analyse de données en génomique (STAR, bowtie2, BedTools, samtools, DEseq2,…)

Structure d’accueil

Code unité U1081

Intitulé IRCAN

Responsable Dmitry BULAVIN

Composition 16 équipes de recherche - 225 personnes

Adresse Faculté de médecine - 28 avenue Valombrose - 06107 Nice

Délégation Régionale PACA Corse