Ingénieur informaticien en Biologie - H/F

Inserm France; Paris; On-site; EUR 33,000 - 36,000; Full time

Job summary

L’Inserm, institut public dédié à la recherche biologique et médicale, recrute un ingénieur informaticien en biologie pour analyser des données single‑cell et multi‑omics et développer des modèles de régulation génique.

Le poste est basé à Paris, 38 h 30 par semaine, CDD de 24 mois avec télétravail partiel selon le projet. Compétences en R, Python et pipelines Nextflow/Snakemake requises. Forte interaction avec des biologistes expérimentaux et travail dans un environnement interdisciplinaire.

Qualifications

• Doctorat en biologie computationnelle ou domaine équivalent avec forte composante computationnelle.
• Expérience en analyses single-cell.
• Compétences en apprentissage automatique et/ou deep learning.
• Maîtrise de pipelines reproductibles (R, Python, Nextflow/Snakemake).

Responsibilities

• Analyser des données single-cell et multi-omics issues de cellules immunitaires et cérébrales.
• Intégrer des données transcriptomiques spatiales et d’imagerie avec des atlas single-cell.
• Analyse à l’échelle d’atlas et intégration de cohortes publiques et internes.
• Développement de modèles statistiques et d’apprentissage profond pour l’étude de la régulation génomique et des éléments transposables.
• Développement, optimisation et maintenance de pipelines reproductibles (R, Python, Nextflow/Snakemake).
• Contribution à la rédaction d’articles scientifiques et à la valorisation des résultats.

Skills

Bioinformatique

Biologie computationnelle

Single-cell analysis

Deep learning

Education

Doctorat en biologie computationnelle

Tools

R

Python

Nextflow

Snakemake

Git

Job description

Ingénieur informaticien en Biologie - H/F

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Le laboratoire développe un programme de recherche interdisciplinaire à l’interface entre biologie computationnelle, génomique fonctionnelle et immunologie. Les travaux portent sur le rôle des rétrovirus endogènes humains (HERVs) et autres éléments mobiles du génome dans la régulation de l’immunité humaine et des fonctions génomiques, en conditions physiologiques et pathologiques.

Les projets s’appuient sur des approches de pointe incluant le single‑cell et le spatial multi‑omics, l’intégration de cohortes à grande échelle, ainsi que le développement de modèles statistiques et d’apprentissage profond.

La personne recrutée conduira des recherches en biologie computationnelle et bioinformatique, en étroite interaction avec des biologistes expérimentaux, afin d’analyser et d’intégrer des données single‑cell, multi‑omics et spatiales, et de développer des modèles permettant de décrypter la régulation génique médiée par les éléments rétrotransposables.

Activitésprincipales

• Analyse de données single‑cell multi‑omics (scRNA‑seq, scATAC‑seq, multiome) issues de cellules immunitaires et cérébrales.
• Intégration de données de transcriptomique spatiale et d’imagerie avec des atlas single‑cell.
• Analyses à l’échelle d’atlas et intégration de cohortes publiques et internes.
• Développement de modèles statistiques et d’apprentissage profond pour l’étude de la régulation génomique et des éléments transposables.
• Développement, optimisation et maintenance de pipelines reproductibles (R, Python, Nextflow/Snakemake).
• Contribution à la rédaction d’articles scientifiques et à la valorisation des résultats.

Spécificité(s) et environnement du poste

• Fort environnement interdisciplinaire et collaboratif.
• Accès à des jeux de données à grande échelle (single‑cell, multi‑omics, spatial).
• Accès à des infrastructures de calcul intensif (HPC).
• Laboratoire situé au centre de Paris, avec un environnement de travail attractif.

Date de prise de fonction: Entre 01/04/2026 et 01/05/2026

CDD de 24 mois

Congés Annuels et RTT: 32 CA et 12 RTT

Temps plein

38 h30 hebdomadaires, télétravail partiel possible selon l’organisation du projet.

Rémunération: rémunération brute mensuelle selon l’expérience professionnelle et le niveau du/de la candidat,

conformément aux grilles Inserm : entre 2 985€ brut et 3 254€ brut

• Bioinformatique et biologie computationnelle.
• Analyse de données single cell et multi omics.
• Statistiques, apprentissage automatique et/ou deep learning.

Savoir-faire

• Excellente maîtrise de R et Python.
• Développement de code propre, reproductible et documenté.
• Utilisation d’outils de gestion de versions (git).
• Expérience avec des pipelines de calcul (Nextflow, Snakemake ou équivalent)

• Forte curiosité scientifique et autonomie.
• Capacité à travailler en équipe interdisciplinaire.
• Rigueur scientifique, sens de l’organisation et esprit collaboratif.

Expérience(s) souhaité(s)

• Expérience confirmée en analyses single cell.
• Une expérience en données spatiales et/ou en deep learning constitue un atout fort.

Niveau de diplôme et formation(s)

• Doctorat (PhD) en biologie computationnelle, bioinformatique, physique, mathématiques ou discipline équivalente avec forte composante computationnelle.

Contractuel Catégorie A Fixed-term contract - 24 months Full time Remote work Experience preferred License not required > Master degree level Doctorat PHD

• Prestations sociales, culturelles, sportives.
• Remboursement transport à hauteur de 75%