Ingénieur de recherche en Bioinformatique (H/F)

Inovarion; Paris; Sur place; EUR 48 000 - 72 000; Plein temps

Résumé du poste

Inovarion, centre de Recherche et d'Innovation, recrute un(e) Chercheur(se) ou Ingénieur(e) de Recherche pour piloter des projets computationnels et analyser des données omiques, y compris transcriptomiques et scRNAseq.

Vous définirez et mettrez en œuvre le workflow d’analyse, interpréterez les résultats et contribuerez à la rédaction de rapports et publications scientifiques, avec un accent sur la reproductibilité et les bonnes pratiques.

Qualifications

• Expérience en analyse de données omiques et sciences du vivant.
• Maîtrise des workflows RNA-seq et interprétation des résultats.
• Goût pour la reproductibilité et les bonnes pratiques de gestion du code.

Responsabilités

• Gérer des projets de recherche computationnelle et conduire leur conception et réalisation.
• Définir et mettre en œuvre le workflow d’analyse des données de séquençage.
• Analyser et interpréter les résultats pour des conclusions biologiques robustes.
• Contribuer à la diffusion et à la valorisation via rapports et publications scientifiques.

Connaissances

Analyse scRNAseq

Analyse Bulk RNAseq

Transcriptomique spatiale

R et Python

Gestion de projet et conseil

Dataviz

Outils

Seurat

Scanpy

DESeq2

edgeR

R

Python

Description du poste

À propos d'Inovarion

Inovarion est un centre de Recherche et d'Innovation créé en 2013. À l'interface entre recherche fondamentale et développement industriel, Inovarion apporte son savoir-faire et son expertise aux grands acteurs publics et privés de la recherche biomédicale. Devenu en 13 ans un acteur central de la Recherche et du Développement en France, Inovarion a pour mission principale de contribuer à l'avancée des connaissances scientifiques dans les Sciences du Vivant.

Votre mission

Votre mission principale consistera à gérer efficacement des projets de recherche computationnelle, en participant activement à leur conception, leur conduite et leur réalisation auprès de nos clients. Vous serez chargé(e) de définir et de mettre en œuvre l'ensemble du workflow d'analyse nécessaire au traitement de données de séquençage, d'analyser et d'interpréter les résultats pour en extraire des conclusions biologiques robustes, et de contribuer à la diffusion et à la valorisation des connaissances produites sous forme de rapports et de publications scientifiques.

Le poste est à pourvoir rapidement.

Compétences recherchées

Nous recherchons un(e) Chercheur(se) ou un(e) Ingénieur(e) de Recherche (H/F), possédant une solide expertise en analyse de données omiques, et notamment transcriptomiques, dans les domaines suivants :

• Analyse scRNAseq : maîtrise du workflow complet – QC, clustering, annotation cellulaire, expression différentielle, analyse de pathways, inférence d'interactomes cellule-cellule, analyse de trajectoires / pseudotemps, intégration et comparaison à des jeux de données publiques, visualisations avancées ;

• Analyse Bulk RNAseq : expression différentielle, analyse fonctionnelle et enrichissement ;

• Connaissances en transcriptomique spatiale ;

• Environnement technique : maîtrise de R et/ou Python et des packages de référence du domaine (Seurat, Scanpy, DESeq2, edgeR, etc), goût pour le reproductibilité et les bonnes pratiques de gestion du code, dataviz ;

• Gestion de projet et conseil scientifique : veille scientifique active, animation de réunions, production de figures, rédaction de rapports et d'articles scientifiques de niveau publication.

Profil recherché

Nous recherchons une personne passionnée par l'exploration des données biologiques, rigoureuse et autonome, dotée d'un véritable esprit d'équipe et d'excellentes capacités de communication scientifique. Votre curiosité, votre sens critique et votre goût pour le travail au contact d'équipes pluridisciplinaires feront toute la différence.