Assistant Ingenieur (H/F)

JobAffinity; Gif-sur-Yvette; Hybride; EUR 40 000 - 55 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Télétravail partiel 2 jours/semaine

Formation et développement pro

Résumé du poste

Université Paris-Saclay recrute un chercheur postdoctoral ou équivalent pour étudier l’organisation du génome et sa régulation génique dans le cadre du groupe Dynamique des chromosomes à IPS2. Le poste combine des approches expérimentales et des analyses bioinformatiques sur des données multi-omiques.

Télétravail partiel possible et ambiance stabilisée au sein d’un institut de renom. Le candidat idéal maîtrise les techniques de séquençage et a une forte capacité d’analyse, avec une sensibilité

Qualifications

• Doctorat en biologie moléculaire, génomique ou épigénétique.
• Connaissances solides de Hi-C, HiChIP, ChIP-seq et RNA-seq.
• Expérience en analyse de données multi-omiques et bioinformatique.

Responsabilités

• Concevoir et mettre en œuvre des stratégies expérimentales.
• Analyser des données de séquençage et interpréter les résultats.
• Présenter les résultats dans des rapports et publications.

Connaissances

Génétique et biologie moléculaire

Génomique et épigénétique

Régulation génique et chromatine

Hi-C/HiChIP/ChIP-seq/RNA-seq

Bioinformatique et données omiques

Anglais scientifique

Formation

Doctorat en biologie moléculaire / génomique

Outils

Linux

R

Python

Bash

Calcul Haute Performance

Description du poste

Née de la volonté conjuguée d’universités, de grandes écoles et d’organismes de recherche, l’Université Paris-Saclay compte parmi les grandes universités européennes et mondiales, couvrant les secteurs des Sciences et Ingénierie, des Sciences de la Vie et Santé, et des Sciences Humaines et Sociales. Sa politique scientifique associe étroitement recherche et innovation, et s’exprime à la fois en sciences fondamentales et en sciences appliquées pour répondre aux grands enjeux sociétaux. Du premier cycle au doctorat, en passant par des programmes de grandes écoles, l’Université Paris-Saclay déploie une offre de formation sur un large spectre de disciplines, au service de la réussite étudiante et de l'insertion professionnelle. Elle prépare les étudiants à une société en pleine mutation, où l’esprit critique, l’agilité et la capacité à renouveler ses compétences sont clés. L’Université Paris-Saclay propose également un riche programme de formations tout au long de la vie. Située au sud de Paris sur un vaste territoire, l'Université Paris-Saclay bénéficie d’une position géographique favorisant à la fois sa visibilité internationale et des liens étroits avec ses partenaires socio-économiques - grands groupes industriels, PME, start-up, collectivités territoriales, associations...

Etablissement handi-accueillant et attaché à la mixité et à la diversité

• De nombreuses activités culturelles et sportives sont proposées et accessibles facilement pour tout collaborateur dans le cadre de la politique de bien-être au travail développée à l’Université Paris-Saclay.
• Des possibilités de restauration proches des lieux de travail.
• Un accompagnement des agents pour leur développement professionnel et la préparation aux concours de la fonction publique
• Deux jours hebdomadaires de télétravail possibles sous certaines conditions.

Mission du service / positionnement hiérarchique :

L’AI intégrera l’équipe « Dynamique des Chromosomes» de l’Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2) qui a pour objectif de comprendre comment la dynamique de la chromatine contrôle le développement des plantes et leur réponse au stress. En effet, les plantes sont des organismes sessiles qui s'adaptent constamment aux fluctuations de leur environnement. Elles ont donc acquis au cours de l’évolution une plasticité importante tant en termes de réponses physiologiques qu'en termes de développement. Les plantes formant de nouveaux organes tout au long de leur cycle de vie, et façonnent ainsi toute l’architecture de leur appareil végétatif en fonction des conditions environnementales.

Ce mode de développement particulier requiert des mécanismes assurant une régulation robuste des gènes clés du développement, ainsi que le maintien de pools de cellules souches dans lesquels les informations génétiques et épigénétiques doivent être sauvegardées et reproduites fidèlement au fil des divisions cellulaires. En effet,l'information génétique est portée par l'ADN, mais la façon dont cette information est interprétée dépend largement de l’interaction de l’ADN avec les histones dans la chromatine, et de la façon dont cette chromatine est ouverte pour permettre l'accès au mécanisme de transcription. Le dépôt de modifications post-traductionnelles sur les histones, l’incorporation de variants d’histones, la méthylation de l’ADN, les ARN non codants et la formation des boucles chromatiniennes coopèrent à l’activation ou la répression coordonnée de grands ensembles de gènes. Dans ce cadre l’équipe étudie les relations entre l'expression des gènes et l'organisation de la chromatine dans le contexte du développement des plantes et de la réponse au stress.

Missions principales de l’agent :

Le groupe Dynamique des chromosomes est à la recherche d'un AI qui utilisera des approches expérimentales pour étudier l'organisation du génome et à son influence sur la régulation de l’expression des gènes.

Profil recherché

Connaissance, savoir :

• Connaissances en génétique, biologie moléculaire, génomique et épigénétique.
• Connaissance de l’organisation tridimensionnelle de la chromatine et de ses effets sur la régulation de l’expression des gènes.
• Connaissance des principales méthodes de séquençage à haut débit : Hi-C, HiChIP, ChIP-seq, RNA-seq et analyse de la méthylation de l’ADN.
• Connaissances en biologie végétale et en organisation des génomes végétaux.
• Connaissances en bioinformatique, biostatistiques et analyse de données « omiques ».
• Connaissance des principes de reproductibilité scientifique, de gestion des données et de traçabilité des analyses.
• Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.

Savoir-faire :

• Concevoir et mettre en œuvre des stratégies expérimentales adaptées à l’étude de l’organisation du génome et de la régulation génique.
• Mettre en œuvre et optimiser des protocoles de biologie moléculaire et de génomique.
• Contrôler la qualité, traiter et analyser des données issues du séquençage à haut débit.
• Utiliser les environnements Linux et les ressources de calcul à haute performance.
• Programmer et automatiser des analyses, notamment avec R, Python et/ou Bash.
• Intégrer et interpréter des données multi-omiques.
• Présenter, valoriser et communiquer les résultats sous forme de rapports, publications scientifiques et présentations orales.

Savoir-être :

• Rigueur scientifique, sens de l’organisation et respect des bonnes pratiques de laboratoire.
• Autonomie, esprit d’initiative et capacité à gérer les priorités.
• Curiosité scientifique, esprit critique et capacité à résoudre des problèmes complexes.
• Capacité à travailler en équipe enterlocuteurs.
• Adaptabilité, persévérance et respect des délais.