Responsable du pôle H/F

La Gazette des Communes

Paris

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Résumé du poste

Université Paris Cité recherche un ingénieur d'études bioinformaticien pour superviser l’analyse des données de séquençage et coordonner une équipe. Vous piloterez les pipelines, assurerez qualité et traçabilité, et soutiendrez les projets translationnels en collaboration avec les chercheurs et les plateformes technologiques.

Le rôle nécessite une expertise en génomique, pipeline NGS et gestion de données; travail en équipe et sens de l’organisation sont essentiels dans ce poste basé à Paris.

Qualifications

Maîtrise des outils d’analyse génomique et transcriptomique.
Connaissance des formats FASTQ, BAM/CRAM, VCF et HPC.
Anglais scientifique et travail en équipe.

Responsabilités

Organiser et coordonner les activités d’analyse des données de séquençage de la plateforme.
Superviser la production bioinformatique et garantir la qualité des résultats.
Développer et faire évoluer les pipelines et outils d’analyse de données génomiques.
Assurer la gestion des données et le suivi des projets de séquençage.
Apporter une expertise méthodologique aux chercheurs pour l’analyse et l’interprétation des données.
Encadrer hiérarchiquement et fonctionnellement une équipe de 5 ingénieurs bioinformaticiens.
Participer à la formation des utilisateurs et à la diffusion des bonnes pratiques.
Contribuer aux projets scientifiques et à l’évolution technologique de la plateforme.
Participer à des réunions, formations et groupes de travail.

Connaissances

Génomique

NGS

Linux/Unix

Bash scripting

Python

Formation

Niveau II - Bac+3 Licence

Outils

Pipelines d’analyse NGS

Bases de données (PostgreSQL/MySQL)

Description du poste

REJOINDRE UNIVERSITÉ PARIS CITE

Ancrée au cœur de la capitale, Université Paris Cité figure parmi les établissements français et internationaux les plus prestigieux grâce à sa recherche de très haut niveau, ses formations supérieures d’excellence, son soutien à l’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation. Labellisée Idex depuis, Université Paris Cité s’appuie sur ses enseignants, ses chercheurs, ses enseignants-chercheurs, ses personnels administratifs et techniques, ses étudiants, pour développer des projets scientifiques à forte valeur ajoutée, et former les hommes et les femmes dont le monde de demain a besoin. Des sciences exactes et expérimentales aux sciences humaines et sociales, en passant par la santé, Université Paris Cité a fait de l’interdisciplinarité un marqueur fort de son identité. Elle compte aujourd’hui 64 000 étudiants, 7 500 personnels, 138 laboratoires, répartis au sein de ses trois grandes Facultés en Santé, Sciences et Société et Humanités et de l’institut de physique du globe de Paris. Rejoindre Université Paris Cité c’est faire le choix de l’exigence et de l’engagement au service de valeurs fortes ; celles du service public, de la rigueur scientifique et intellectuelle mais aussi de la curiosité et de l’ouverture aux autres et au monde,

Offre d'Université Paris Cité, UAR 3633 Structure fédérative de recherche Necker (SFR Necker)

Référence de l'offre : 20372
Cadre de l'offre d'emploi Catégorie A
Personnel non enseignant (BIATSS) BAP A - Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement Corps IGE RF - INGENIEUR D'ETUDES (RECH ET FORM)
Emploi-type REFERENS Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Date de publication 03/07/2026
Date souhaitée de prise de fonction 01/11/2026
Localisation ou site du poste Paris 15 (75015)
Zone à Régime Restrictif Non
Susceptible d’être vacant Oui

RÉSUMÉ DU POSTE

Assurer la responsabilité scientifique, technique et organisationnelle du pôle Analyse des données et reséquençage.
Coordonner et superviser les activités d’analyse bioinformatique des données de séquençage à haut débit.
Encadrer et animer une équipe d’ingénieurs bioinformaticiens.
Garantir la qualité, la reproductibilité et la traçabilité des analyses réalisées sur la plateforme.
Assurer le pilotage opérationnel des projets de séquençage en interaction avec les équipes de recherche et les plateformes technologiques.
Participer à l’évolution des méthodes, outils et infrastructures dédiés à l’analyse des données génomiques.

PRÉSENTATION DE LA DIRECTION/STRUCTURE D'ACCUEIL DU POSTE

La Structure Fédérative de Recherche (SFR) Necker est une unité mixte de services, reconnue par trois tutelles, l’Université Paris Cité, l’Inserm, et le CNRS. La SFR Necker a pour mission de développer et d'optimiser les plateformes technologiques et de contribuer à l’animation scientifique du site Necker. Elle est au service des équipes de recherche du site Necker mais est également ouverte aux équipes externes.

DESCRIPTIF DES ACTIVITÉS

Organiser et coordonner les activités d’analyse des données de séquençage de la plateforme.
Superviser la production bioinformatique et garantir la qualité des résultats délivrés aux équipes de recherche et aux projets translationnels.
Développer et faire évoluer les pipelines et outils d’analyse de données génomiques.
Assurer la gestion des données et le suivi des projets de séquençage.
Apporter une expertise méthodologique aux chercheurs pour l’analyse et l’interprétation des données.
Encadrer hiérarchiquement et fonctionnellement une équipe de 5 ingénieurs bioinformaticiens : organisation des activités, définition des priorités, suivi des projets et accompagnement des personnels.
Participer à la formation des utilisateurs et à la diffusion des bonnes pratiques.
Contribuer aux projets scientifiques collaboratifs et à l'évolution technologique de la plateforme.
Participation à des réunions, formations, congrès et groupes de travail.
Veille scientifique et technologique.

Encadrement Oui

Conditions particulières d'exercice

Respect de délais contraints pour certains projets prioritaires ou à caractère diagnostique.

Connaissances

Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire.
Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore).
Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell.
Gestion et structuration des données biologiques à grande échelle.
Environnements de calcul haute performance (HPC).
Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses.
Connaissance informatique : langage de script Bash, base de données relationnelle
Bioinformatique, outils classiques d’analyse NGS…
Anglais scientifique et technique…

Savoir-faire - Compétences opérationnelles

Bioinformatique et génomique

Connaissance approfondie des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications.
Maîtrise des méthodes d’analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNAseq), single-cell et long-read.
Connaissance des principaux outils et logiciels d’analyse génomique et transcriptomique.
Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire.
Connaissance des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/ CRAM, VCF, GTF, etc.) et des standards de qualité associés. Informatique et gestion des données
Maîtrise des environnements Linux/Unix.
Connaissance des langages de scripting (Bash, Python, Perl ou équivalent).
Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou équivalent).
Connaissance des outils de gestion de versions (Git) et des bonnes pratiques de développement logiciel.
Connaissance des infrastructures de calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs de tâches.
Connaissance des principes de gestion, sécurisation et traçabilité des données scientifiques.