Wissenschaftl. Mitarbeiter*in (w/m/d) Metabarcoding-Datenkuratierung u. Bioinformatik Kennz18/2026/2

Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) e.V.; Großbeeren; Hybrid; EUR 40,000 - 65,000; Part time

Benefits offered by this job

Flexible Arbeitszeitmodelle

Mobiles Arbeiten bis zu 50%

VBL Ost Altersvorsorge

Tarifliche Jahressonderzahlung

30 Tage Urlaub pro Jahr

Zuschuss zum Firmenticket

Job summary

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) sucht eine wissenschaftliche Mitarbeiterin im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik. Sie arbeiten an der Erweiterung von MiCoDa zu einem KI-tauglichen Datenkorpus und koordinieren die automatisierte Kuratierung von Metabarcoding‑Sequenzdaten.

Sie bringen eine promovierte Qualifikation in Bioinformatik oder verwandten Naturwissenschaften mit, verfügen über Erfahrung mit 16S‑rRNA‑Metabarcoding und öffentlichen Archiven,

Qualifications

• Abgeschlossenes PhD-Programm mit bioinformatischem Schwerpunkt oder verwandtem naturwissenschaftlichen Fachgebiet.
• Erfahrung in der bioinformatischen Analyse von 16S rRNA Metabarcoding-Daten (z.B. DADA2) und Umgang mit öffentlichen Sequenzarchiven (ENA/INSDC).
• Erfahrung mit statistischen Analysen (idealerweise gemischte Modelle) und HPC-Umgebungen.
• Programmierkenntnisse (R und/oder Python) sowie idealerweise Workflow-Management-Erfahrung.
• Gute Englischkenntnisse; Deutschkenntnisse von Vorteil.

Responsibilities

• Zusammenstellung eines Referenzdatensatzes aus 16S‑rRNA‑Gen-Metabarcoding‑Daten aus INSDC‑Datenbanken und Literaturrecherche.
• Untersuchung, wie technische Entscheidungen die Vergleichbarkeit von Datensätzen beeinflussen.
• Automatisierung der Kuratierung und Harmonisierung von Metabarcoding‑Daten.
• Anleitung und Betreuung einer studentischen Hilfskraft bei der Datenkuratierung.
• Mitwirkung an der Kommunikation mit dem European Nucleotide Archive.
• Verfassen wissenschaftlicher Publikationen und Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen.

Skills

16S rRNA metabarcoding

Bioinformatics analysis

R

Python

Dada2

ENA/INSDC

Education

PhD in Bioinformatics oder verwandte Naturwissenschaft

Tools

R

Python

Job description

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) betreibt exzellente pflanzenwissenschaftliche Grundlagenforschung für die Anwendung im Gartenbau mit Schwerpunkt Gemüse und der Nutzung pflanzlicher Diversität. Das IGZ ist Teil der Leibniz-Gemeinschaft und hat seinen Sitz in Großbeeren. Weitere Informationen finden Sie auf unserer Webseite: www.igzev.de.

Im Institut ist ab dem 01.02.2027, befristet für zwei Jahre, in der Forschungsgruppe „System Pflanze-Mikroorganismen“ im Rahmen des DFG-geförderten Verbundvorhaben „Vielschichtiger Datenkorpus für KI Anwendungen in der Mikrobiellen Ökologie“ (MuCoME, Förderung im Rahmen „Wissenschaftliche Literaturversorgungs- und Informationssysteme“ (LIS) der DFG) folgende Stelle zu besetzen:

Wissenschaftlicher Mitarbeiterin (w,m,div.) im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik

Kennz. 18/2026/2

Die Vergütung erfolgt entsprechend der Qualifikation und Erfahrung nach dem Tarifvertrag TV–L, bis zur Entgeltgruppe 13, in Teilzeit mit 80% der regulären Arbeitszeit.

Das Projekt erweitert die Microbial Community Database (MiCoDa, https://micoda.idiv.de/) zu einem umfassenden, KI-tauglichen Datenkorpus für die mikrobielle Metabarcoding-Forschung. Gemeinsam mit Partnern am IOW (Warnemünde) und der Hochschule Wismar werden Methoden zur Extraktion und Harmonisierung unstrukturierter Metadaten aus Publikationen sowie zur Kuratierung und Harmonisierung von 16S rRNA-Metabarcoding-Sequenzdaten entwickelt, mit dem Ziel, MiCoDa auf mindestens 200.000 Proben zu erweitern und den öffentlichen Zugang über MiCoDa, GBIF und ENA zu verbessern.

Die Aufgaben umfassen

• Zusammenstellung eines Referenzdatensatzes aus 16S rRNA-Gen-Metabarcoding-Daten von Mock-Communities aus INSDC-Datenbanken sowie durch strukturierte Literaturrecherche
• Untersuchung, wie technische Entscheidungen die Vergleichbarkeit archivierter Datensätze beeinflussen
• Automatisierung der Kuratierung und Harmonisierung von Metabarcoding-Daten
• Anleitung und Betreuung einer studentischen Hilfskraft bei der Datenkuratierung
• Mitwirkung an der Kommunikation mit der European Nucleotide Archive
• Verfassen wissenschaftlicher Publikationen in internationalen Fachzeitschriften mit Peer-Review und Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen

Ihr Profil

• eine abgeschlossene Promotion mit bioinformatischem Schwerpunkt oder einem verwandten naturwissenschaftlichen Fach
• Erfahrung in der bioinformatischen Analyse von 16S rRNA-Metabarcoding-Daten (z.B. dada2) und im Umgang mit öffentlichen Sequenzarchiven (ENA/INSDC)
• Erfahrung mit statistischen Analysen (idealerweise gemischte Modelle) und mit Hochleistungsrechenumgebungen
• Programmierkenntnisse (R und/oder Python) sowie idealerweise Erfahrung mit Workflow-Management
• verhandlungssichere englische Sprachkenntnisse; Kenntnisse der deutschen Sprache sind von Vorteil
• eine offene, flexible und positive Person, die in einem interdisziplinären, internationalen Team arbeiten kann, aber auch in der Lage ist, die Initiative zu ergreifen

Wir bieten

• einen attraktiven Arbeitsplatz an einem modernen Forschungsinstitut für Gartenbauwissenschaften
• ein engagiertes und kompetentes Team und eine anspruchsvolle Tätigkeit an der Schnittstelle von Bioinformatik, Datenmanagement und mikrobieller Ökologie
• die Einbindung in ein Konsortium mit Partnern am IOW und der Hochschule Wismar sowie Anschluss an die NFDI-Konsortien 4Biodiversity und 4Microbiota
• flexible und familiengerechte Arbeitszeitmodelle und die Möglichkeit des mobilen Arbeitens (bis zu 50% der Arbeitszeit)
• VBL Ost-betriebliche Altersvorsorge im öffentlichen Dienst sowie tarifliche Jahressonderzahlung und 30 Tage Urlaub pro Jahr
• Zuschuss zum Firmenticket für den öffentlichen Nahverkehr oder zum Deutschlandticket

Rückfragen sind möglich bei Dr. Stephanie Jurburg ([e-mail]).

Leibniz Institute for Horticultural Sciences (IGZ) conducts excellent basic research in plant sciences with applications in horticulture focusing on vegetables and the use of plant diversity. The IGZ is a member of the Leibniz Association and is based in Grossbeeren. For further information, please visit our website:www.igzev.de.

The following position is available at the institute from February 1, 2027 for a fixed term of two years in the research group ‘Plant-Microbe Systems’ within the DFG-funded collaborative project 'Multi-level Corpus for Microbial Ecology' (MuCoME, funded within the Scientific Library Services and Information Systems (LIS) programme of the DFG):

Postdoctoral Researcher (f, m, div.) in the Field of Metabarcoding Data Curation and Bioinformatics

Reference number: 18/2026/2

The salary will be based on qualification and research experience according to the wage agreement TV-L, up to pay scale 13, 80% of regular working hours.

The project expands the Microbial Community Database (MiCoDa, https://micoda.idiv.de/) into a comprehensive, AI-ready data corpus for microbial metabarcoding research. Together with partners at IOW (Warnemünde) and Hochschule Wismar, the project develops methods for extracting and harmonising unstructured metadata from publications, as well as for curating and harmonising 16S rRNA metabarcoding sequence data, aiming to expand MiCoDa to at least 200,000 samples (v3) and improve public access via MiCoDa, GBIF, and ENA.

Tasks include

• compiling a reference dataset of 16S rRNA gene metabarcoding mock community data from INSDC databases and through structured literature searches
• examining how technical choices affect the comparability of archived datasets
• automating curation and harmonization of metabarcoding data
• supervising a student assistant in data curation tasks
• writing scientific publications in peer-reviewed international journals and presenting results at conferences
• contributing to communication with the European Nucleotide Archive

Your profile

• a completed PhD with a focus on bioinformatics or a related natural science field
• experience in the bioinformatic analysis of 16S rRNA metabarcoding data (e.g. dada2) and working with public sequence archives (ENA/INSDC)
• experience with statistical analyses (ideally mixed-effects models) and with high-performance computing environments
• programming skills (R and/or Python) and ideally experience with workflow management
• fluent English language skills; knowledge of German is an advantage
• an open, flexible and positive person who can work in an interdisciplinary, international team but is also able to take the initiative

We offer

• an attractive workplace at a modern research institute for horticultural sciences
• a committed and competent team and a challenging position at the interface of bioinformatics, data management, and microbial ecology
• integration into a consortium with partners at IOW and Hochschule Wismar, as well as connections to the NFDI4Biodiversity and NFDI4Microbiota consortia
• flexible and family-friendly working time models and the possibility of mobile working (up to 50% of working time)
• VBL Ost company pension scheme for public sector employees, as well as a collectively agreed annual bonus and 30 days' vacation per year
• subsidy for the company ticket for local public transport or for the Deutschland-Ticket

For questions, please contact: Dr. Stephanie Jurburg ([e-mail]).

We support the reconciliation of work, family and caring responsibilities and are committed to equal opportunities and diversity. Applicants with disabilities are given preference where equally qualified. We welcome applications regardless of age, gender, nationality, sexual orientation, religion, beliefs, or ethnic or social background.