Bioinformatiker (m/w/d)

Leibniz-Institut für Gartenbau; Großbeeren; Hybrid; EUR 36,000 - 47,000; Part time

Benefits offered by this job

Modernes Forschungsinstitut

Engagiertes Team

Mobil Arbeiten 50%

VBL Ost Altersvorsorge

Jahressonderzahlung

30 Tage Urlaub

ÖPNV Zuschuss

Job summary

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften in Großbeeren sucht eine wissenschaftliche Mitarbeiterin (w,m,div.) im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik. Die Stelle ist auf zwei Jahre befristet, 80% der regulären Arbeitszeit.

Sie arbeiten an der Erweiterung der MiCoDa-Datenbank, automatisieren Kuratierung, betreuen studentische Hilfskräfte, kommunizieren mit ENA, und publizieren Ergebnisse international.

Qualifications

• Abgeschlossen Promotion mit bioinformatischem Schwerpunkt oder verwandtem naturwissenschaftlichem Fach.
• Erfahrung in der bioinformatischen Analyse von 16S rRNA Metabarcoding-Daten (z. B. dada2) und im Umgang mit ENA/INSDC.
• Erfahrung mit statistischen Analysen (idealerweise gemischte Modelle) und Hochleistungsrechenumgebungen.
• Programmierkenntnisse (R und/oder Python) sowie idealerweise Erfahrung mit Workflow-Management.
• Verhandlungssichere englische Sprachkenntnisse; Deutschkenntnisse von Vorteil.
• Offene, flexible und teamfähige Persönlichkeit in interdisziplinärem, internationalem Umfeld.

Responsibilities

• Zusammenstellung eines Referenzdatensatzes aus 16S rRNA-Gen-Metabarcoding-Daten von Mock-Communities aus INSDC-Datenbanken sowie durch strukturierte Literaturrecherche
• Untersuchung, wie technische Entscheidungen die Vergleichbarkeit archivierter Datensätze beeinflussen
• Automatisierung der Kuratierung und Harmonisierung von Metabarcoding-Daten
• Anleitung und Betreuung einer studentischen Hilfskraft bei der Datenkuratierung
• Mitwirkung an der Kommunikation mit dem European Nucleotide Archive
• Verfassen wissenschaftlicher Publikationen in internationalen Fachzeitschriften mit Peer-Review und Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen

Skills

Bioinformatik Promotion

16S rRNA Metabarcoding

ENA/INSDC Erfahrung

Statistische Analysen

HPC

R/Python

Workflow-Management

Englische Kompetenz

Deutsch vorteilhaft

Education

Promotion im Bioinformatik

Job description

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) betreibt exzellente pflanzenwissenschaftliche Grundlagenforschung für die Anwendung im Gartenbau mit Schwerpunkt Gemüse und der Nutzung pflanzlicher Diversität. Das IGZ ist Teil der Leibniz-Gemeinschaft und hat seinen Sitz in Großbeeren. Weitere Informationen finden Sie auf unserer Webseite: www.igzev.de.

Im Institut ist ab dem 01.02.2027, befristet für zwei Jahre, in der Forschungsgruppe System Pflanze-Mikroorganismen im Rahmen des DFG-geförderten Verbundvorhaben Vielschichtiger Datenkorpus für KI Anwendungen in der Mikrobiellen Ökologie (MuCoME, Förderung im Rahmen Wissenschaftliche Literaturversorgungs- und Informationssysteme (LIS) der DFG) folgende Stelle zu besetzen:

Wissenschaftlicher Mitarbeiterin (w,m,div.) im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik

Kennz. 18/2026/2

Die Vergütung erfolgt entsprechend der Qualifikation und Erfahrung nach dem Tarifvertrag TV L, bis zur Entgeltgruppe 13, in Teilzeit mit 80% der regulären Arbeitszeit.

Das Projekt erweitert die Microbial Community Database (MiCoDa, https://micoda.idiv.de/) zu einem umfassenden, KI-tauglichen Datenkorpus für die mikrobielle Metabarcoding-Forschung. Gemeinsam mit Partnern am IOW (Warnemünde) und der Hochschule Wismar werden Methoden zur Extraktion und Harmonisierung unstrukturierter Metadaten aus Publikationen sowie zur Kuratierung und Harmonisierung von 16S rRNA-Metabarcoding-Sequenzdaten entwickelt, mit dem Ziel, MiCoDa auf mindestens 200.000 Proben zu erweitern und den öffentlichen Zugang über MiCoDa, GBIF und ENA zu verbessern.

Die Aufgaben umfassen

• Zusammenstellung eines Referenzdatensatzes aus 16S rRNA-Gen-Metabarcoding-Daten von Mock-Communities aus INSDC-Datenbanken sowie durch strukturierte Literaturrecherche
• Untersuchung, wie technische Entscheidungen die Vergleichbarkeit archivierter Datensätze beeinflussen
• Automatisierung der Kuratierung und Harmonisierung von Metabarcoding-Daten
• Anleitung und Betreuung einer studentischen Hilfskraft bei der Datenkuratierung
• Mitwirkung an der Kommunikation mit der European Nucleotide Archive
• Verfassen wissenschaftlicher Publikationen in internationalen Fachzeitschriften mit Peer-Review und Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen

Ihr Profil

• eine abgeschlossene Promotion mit bioinformatischem Schwerpunkt oder einem verwandten naturwissenschaftlichen Fach
• Erfahrung in der bioinformatischen Analyse von 16S rRNA-Metabarcoding-Daten (z.B. dada2) und im Umgang mit öffentlichen Sequenzarchiven (ENA/INSDC)
• Erfahrung mit statistischen Analysen (idealerweise gemischte Modelle) und mit Hochleistungsrechenumgebungen
• Programmierkenntnisse (R und/oder Python) sowie idealerweise Erfahrung mit Workflow-Management
• verhandlungssichere englische Sprachkenntnisse; Kenntnisse der deutschen Sprache sind von Vorteil
• eine offene, flexible und positive Person, die in einem interdisziplinären, internationalen Team arbeiten kann, aber auch in der Lage ist, die Initiative zu ergreifen

Wir bieten

• einen attraktiven Arbeitsplatz an einem modernen Forschungsinstitut für Gartenbauwissenschaften
• ein engagiertes und kompetentes Team und eine anspruchsvolle Tätigkeit an der Schnittstelle von Bioinformatik, Datenmanagement und mikrobieller Ökologie
• die Einbindung in ein Konsortium mit Partnern am IOW und der Hochschule Wismar sowie Anschluss an die NFDI-Konsortien 4Biodiversity und 4Microbiota
• flexible und familiengerechte Arbeitszeitmodelle und die Möglichkeit des mobilen Arbeitens (bis zu 50% der Arbeitszeit)
• VBL Ost-betriebliche Altersvorsorge im öffentlichen Dienst sowie tarifliche Jahressonderzahlung und 30 Tage Urlaub pro Jahr
• Zuschuss zum Firmenticket für den öffentlichen Nahverkehr oder zum Deutschlandticket

Rückfragen sind möglich bei Dr. Stephanie Jurburg ([e-mail]).

Wir fördern die Vereinbarkeit von Beruf, Familie und Pflege und setzen uns für Chancengleichheit und