Bioinformatiker (m/w/d)

Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) e. V.; Großbeeren; On-site; EUR 55,000 - 75,000; Full time

Benefits offered by this job

Attraktiver Arbeitsplatz

flexible Arbeitszeitmodelle

VBL Ost Altersvorsorge

Jahressonderzahlung

30 Tage Urlaub pro Jahr

Zuschuss Firmenticket

Job summary

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) in Großbeeren sucht ab dem 01.02.2027 befristet für zwei Jahre eine Wissenschaftliche Mitarbeiterin im Bereich Mikrobielle Ökologie und Bioinformatik. Die Position verbindet Laborarbeiten mit bioinformatischer Datenverarbeitung, statistischer Modellierung und Feldprobenahme in der Forschungsgruppe System Pflanze-Mikroorganismen.

Vollzeit? Die Vergütung erfolgt nach TV-L bis Entgeltgruppe 13; die Stelle ist teilzeitgeeignet.

Qualifications

• Abgeschlossene Promotion in mikrobieller Ökologie, Bioinformatik oder verwandtem Fach.
• Erfahrung mit molekularbiologischen Labortechniken (Kultivierung, DNA-/RNA-Extraktion, PCR).
• Fundierte bioinformatische Kenntnisse, Hochdurchsatz-Sequenzierdaten verarbeiten.
• Fortgeschrittene Programmierkenntnisse in R, reproduzierbare Workflows.
• Statistische Modellierung (gemischte Modelle, multivariate Analysen).
• Bereitschaft zu Feldarbeiten; Englisch verhandlungssicher, Deutsch von Vorteil.

Responsibilities

• Durchführung mikrobiologischer und molekularbiologischer Laborarbeiten an Umwelt- und pflanzenassoziierten Proben.
• Bioinformatische Prozessierung und Qualitätskontrolle von Sequenzierdaten (Amplikon-/Metabarcoding-Pipelines).
• Entwicklung fortgeschrittener statistischer Modelle zur Analyse von Mikrobiom- und Umwelt-Daten.
• Durchführung von Feldprobenahmen zur Unterstützung der Experimente.
• Erstellung von R-Skripten/Workflows für Datenverarbeitung, Analyse und Visualisierung.
• Mitbetreuung von Bachelor- und Masterstudierenden; Verfassen wissenschaftlicher Publikationen.

Skills

Molekularbiologie Laborarbeiten

Bioinformatische Kenntnisse

R-Programmierung

Statistische Modellierung

Feldarbeiten

Englischkenntnisse

Teamfähigkeit

Education

Promotion in mikrobieller Ökologie / Bioinformatik oder verwandtes Fach

Tools

QIIME

dada2

R-Projekte/Workflows

Job description

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) betreibt exzellente pflanzenwissenschaftliche Grundlagenforschung für die Anwendung im Gartenbau mit Schwerpunkt Gemüse und der Nutzung pflanzlicher Diversität. Das IGZ ist Teil der Leibniz-Gemeinschaft und hat seinen Sitz in Großbeeren. Weitere Informationen finden Sie auf unserer Webseite: www.igzev.de .

Am Institut ist ab dem 01.02.2027, befristet für zwei Jahre, in der Forschungsgruppe „System Pflanze-Mikroorganismen“ folgende Stelle zu besetzen:

Wissenschaftlicher Mitarbeiterin (w/m/d) im Bereich Mikrobielle Ökologie und Bioinformatik

Kennziffer: 17/2026/2

Die Vergütung erfolgt entsprechend der Qualifikation und Erfahrung nach dem Tarifvertrag TV-L, bis zur Entgeltgruppe 13, Vollzeit. Die Stelle ist teilzeitgeeignet.

Die Forschungsgruppe System Pflanze-Mikroorganismen untersucht die Wechselwirkungen zwischen Pflanzen, ihren assoziierten Mikrobiomen und der Umwelt und verbindet dabei molekulare, bioinformatische und feldbasierte Ansätze, um mikrobiombasierte Strategien für eine nachhaltige, klimaresiliente Pflanzenproduktion zu identifizieren. Die Position verbindet praktische molekularbiologische Laborarbeit mit bioinformatischer Datenverarbeitung, fortgeschrittener statistischer Modellierung und feldbasierter Probenahme im Rahmen der Projekte der Gruppe.

• Durchführung mikrobiologischer und molekularbiologischer Laborarbeiten an Umwelt- und pflanzenassoziierten Proben (z. B. Kultivierung, DNA- / RNA-Extraktion, PCR, Bibliotheksvorbereitung für Amplikon- / Metabarcoding-Sequenzierung)
• bioinformatische Prozessierung und Qualitätskontrolle von Sequenzierdaten (z. B. Amplikon- / Metabarcoding-Pipelines)
• Entwicklung und Anwendung fortgeschrittener statistischer Modelle zur Analyse von Mikrobiom-, ökologischen und experimentellen Datensätzen
• Durchführung grundlegender Feldprobenahmen (z. B. Boden-, Pflanzen- und Rhizosphärenproben) zur Unterstützung der Feldexperimente der Gruppe
• Erstellung von R-basierten Skripten und Workflows für Datenverarbeitung, statistische Analyse und Visualisierung
• Mitbetreuung von Bachelor- und Masterstudierenden
• Verfassen wissenschaftlicher Publikationen in internationalen Fachzeitschriften mit Peer-Review und Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen

• eine abgeschlossene Promotion in mikrobieller Ökologie, Bioinformatik oder einem verwandten naturwissenschaftlichem Fach
• praktische Erfahrung mit molekularbiologischen Labortechniken (Kultivierung, DNA- / RNA-Extraktion, PCR, Bibliotheksvorbereitung für die Sequenzierung)
• fundierte bioinformatische Kenntnisse, einschließlich Erfahrung in der Verarbeitung und Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierdaten (z. B. Amplikon- / Metabarcoding-Pipelines wie dada2 oder QIIME)
• fortgeschrittene Programmierkenntnisse in R, einschließlich Datenaufbereitung, Visualisierung und reproduzierbarer Workflows
• fortgeschrittene Kompetenz in statistischer Modellierung und Analyse (z. B. gemischte Modelle, multivariate Statistik)
• Bereitschaft und Fähigkeit zur Durchführung grundlegender Feldarbeiten
• verhandlungssichere englische Sprachkenntnisse; Kenntnisse der deutschen Sprache sind von Vorteil
• eine offene, flexible und positive Person, die in einem Team arbeiten kann, aber auch in der Lage ist, die Initiative zu ergreifen
• Bereitschaft zu Dienstreisen, daher ist eine Fahrerlaubnis der Klasse B (Pkw) von Vorteil

• einen attraktiven Arbeitsplatz an einem modernen Forschungsinstitut für Gartenbauwissenschaften
• ein engagiertes und kompetentes Team und eine anspruchsvolle Tätigkeit, die molekulare, bioinformatische, statistische und feldbasierte pflanzenwissenschaftliche Forschung miteinander verbindet
• flexible und familiengerechte Arbeitszeitmodelle und die Möglichkeit des mobilen Arbeitens (bis zu 50 % der Arbeitszeit)
• VBL Ost-betriebliche Altersvorsorge im öffentlichen Dienst sowie tarifliche Jahressonderzahlung und 30 Tage Urlaub pro Jahr
• Zuschuss zum Firmenticket für den öffentlichen Nahve...