Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in (w,m,div.) im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik

Leibniz Association; Großbeeren; On-site; EUR 35,000 - 52,000; Part time

Benefits offered by this job

VBL Ost

30 Tage Urlaub

Firmenticketzuschuss

Job summary

IGZ-Großbeeren sucht eine/n Wissenschaftliche*n Mitarbeiter*in im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik. Die Stelle ist befristet und Teilzeit (80%).

Vergütung nach TV-L bis Entgeltgruppe 13; Start 01.02.2027, Befristung zwei Jahre. Mitarbeit an MiCoDa-Entwicklung und Publikationen; enge Kooperation mit IOW und Hochschule Wismar.

Qualifications

• Promotion mit bioinformatischem Schwerpunkt oder verwandtes naturwissenschaftliches Fach.
• Erfahrung in der bioinformatischen Analyse von 16S rRNA-Metabarcoding-Daten (z.B. dada2) und im Umgang mit ENA/INSDC.
• Statistische Analysen (ggf. gemischte Modelle) und Hochleistungsrechenumgebungen.
• Programmierkenntnisse in R und/oder Python; idealerweise Workflow-Management.
• Englische Sprachkenntnisse auf verhandlungssicherem Niveau; Deutschkenntnisse vorteilhaft.
• Offene, flexible Teamplayer-Persönlichkeit in interdisziplinärem, internationalem Umfeld.

Responsibilities

• Zusammenstellung eines Referenzdatensatzes aus 16S rRNA-Metabarcoding-Daten.
• Untersuchung von Faktoren, die Vergleichbarkeit archivierter Datensätze beeinflussen.
• Automatisierung von Datenkuratierung und Harmonisierung.
• Anleitung einer studentischen Hilfskraft bei der Datenkuratierung.
• Mitwirkung an der Kommunikation mit dem European Nucleotide Archive.
• Verfassen wissenschaftlicher Publikationen und Präsentationen auf Konferenzen.

Skills

16S rRNA Metabarcoding

R & Python

HPC-Umgebungen

Englisch verhandlungssicher

Education

Promotion mit bioinformatischem Schwerpunkt

Tools

ENA/INSDC

Job description

30.10.2026

Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in (w,m,div.) im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik

Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ), Großbeeren

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) betreibt exzellente pflanzenwissenschaftliche Grundlagenforschung für die Anwendung im Gartenbau mit Schwerpunkt Gemüse und der Nutzung pflanzlicher Diversität. Das IGZ ist Teil der Leibniz-Gemeinschaft und hat seinen Sitz in Großbeeren. Weitere Informationen finden Sie auf unserer Webseite: www.igzev.de.

Im Institut Ist Ab Dem 01.02.2027, Befristet Für Zwei Jahre, In Der Forschungsgruppe „System Pflanze-Mikroorganismen“ Im Rahmen Des DFG-geförderten Verbundvorhaben „Vielschichtiger Datenkorpus Für KI Anwendungen In Der Mikrobiellen Ökologie“ (MuCoME, Förderung Im Rahmen „Wissenschaftliche Literaturversorgungs- Und Informationssysteme“ (LIS) Der DFG) Folgende Stelle Zu Besetzen

Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in (w,m,div.) im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik

Kennz. 18/2026/2

Die Vergütung erfolgt entsprechend der Qualifikation und Erfahrung nach dem Tarifvertrag TV–L, bis zur Entgeltgruppe 13, in Teilzeit mit 80% der regulären Arbeitszeit.

Das Projekt erweitert die Microbial Community Database (MiCoDa, https://micoda.idiv.de/) zu einem umfassenden, KI-tauglichen Datenkorpus für die mikrobielle Metabarcoding-Forschung. Gemeinsam mit Partnern am IOW (Warnemünde) und der Hochschule Wismar werden Methoden zur Extraktion und Harmonisierung unstrukturierter Metadaten aus Publikationen sowie zur Kuratierung und Harmonisierung von 16S rRNA-Metabarcoding-Sequenzdaten entwickelt, mit dem Ziel, MiCoDa auf mindestens 200.000 Proben zu erweitern und den öffentlichen Zugang über MiCoDa, GBIF und ENA zu verbessern.

Die Aufgaben Umfassen

• Zusammenstellung eines Referenzdatensatzes aus 16S rRNA-Gen-Metabarcoding-Daten von Mock-Communities aus INSDC-Datenbanken sowie durch strukturierte Literaturrecherche
• Untersuchung, wie technische Entscheidungen die Vergleichbarkeit archivierter Datensätze beeinflussen
• Automatisierung der Kuratierung und Harmonisierung von Metabarcoding-Daten
• Anleitung und Betreuung einer studentischen Hilfskraft bei der Datenkuratierung
• Mitwirkung an der Kommunikation mit der European Nucleotide Archive
• Verfassen wissenschaftlicher Publikationen in internationalen Fachzeitschriften mit Peer-Review und Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen

Ihr Profil

• eine abgeschlossene Promotion mit bioinformatischem Schwerpunkt oder einem verwandten naturwissenschaftlichen Fach
• Erfahrung in der bioinformatischen Analyse von 16S rRNA-Metabarcoding-Daten (z.B. dada2) und im Umgang mit öffentlichen Sequenzarchiven (ENA/INSDC)
• Erfahrung mit statistischen Analysen (idealerweise gemischte Modelle) und mit Hochleistungsrechenumgebungen
• Programmierkenntnisse (R und/oder Python) sowie idealerweise Erfahrung mit Workflow-Management
• verhandlungssichere englische Sprachkenntnisse; Kenntnisse der deutschen Sprache sind von Vorteil
• eine offene, flexible und positive Person, die in einem interdisziplinären, internationalen Team arbeiten kann, aber auch in der Lage ist, die Initiative zu ergreifen

Wir Bieten

• einen attraktiven Arbeitsplatz an einem modernen Forschungsinstitut für Gartenbauwissenschaften
• ein engagiertes und kompetentes Team und eine anspruchsvolle Tätigkeit an der Schnittstelle von Bioinformatik, Datenmanagement und mikrobieller Ökologie
• die Einbindung in ein Konsortium mit Partnern am IOW und der Hochschule Wismar sowie Anschluss an die NFDI-Konsortien 4Biodiversity und 4Microbiota
• flexible und familiengerechte Arbeitszeitmodelle und die Möglichkeit des mobilen Arbeitens (bis zu 50% der Arbeitszeit)
• VBL Ost-betriebliche Altersvorsorge im öffentlichen Dienst sowie tarifliche Jahressonderzahlung und 30 Tage Urlaub pro Jahr
• Zuschuss zum Firmenticket für den öffentlichen Nahverkehr oder zum Deutschlandticket

Rückfragen sind möglich bei Dr. Stephanie Jurburg (jurburg(at)igzev.de).

Wir fördern die Vereinbarkeit von Beruf, Familie und Pflege und setzen uns für Chancengleichheit und Vielfalt ein. Menschen mit Behinderung werden bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt. Wir begrüßen Bewerbungen unabhängig von Alter, Geschlecht, sexueller Orientierung, Religion, Weltanschauung oder ethnischer Herkunft.