Bioinformatiker*in (m/w/d) - Biobank/NUM

Universität Bielefeld; Bielefeld; Vor Ort; EUR 52.000 - 72.000; Vollzeit

Benefits dieser Stelle

Fortbildungsmöglichkeiten

Gesundheitsangebote

Vereinbarkeit von Familie und Beruf

FlexWork: mobiles Arbeiten

Fester Dienstort in Bielefeld

Zusammenfassung

Universität Bielefeld sucht eine*n Bioinformatiker*in (m/w/d) zur Mitwirkung beim Aufbau einer OMICs-Datenplattform für NUM im Rahmen der Biobank-Plattform Deutschland.

Sie arbeiten an der Konzeption, Koordination mit Industrie- und Hochschulpartnern, sowie der Definition von Metadatenstandards und API-/Datenpipelines. Festanstellung, Vollzeit, Standort Bielefeld, befristet bis 31.12.2028.

Qualifikationen

• Erfolgreich abgeschlossenes Hochschulstudium in Bioinformatik, Medizininformatik oder Public Health mit Datenfokus.
• Alternativ: Naturwissenschaftliches Hochschulstudium mit Zusatzqualifikation/Kenntnissen im Informatik/Datenwissenschaften.
• Kenntnisse im Datenmanagement und FAIR-Prinzipien.
• Vertrautheit mit OMICs-Daten und relevanten Technologien (Genomik, Transkriptomik, Microarray).

Aufgaben

• Mitwirkung bei Anforderungsanalyse und Konzeption einer OMICs-Datenplattform für NUM.
• Koordination und Unterstützung bei der Implementierung durch Industrie- und Hochschulpartner.
• Beteiligung an Metadatenstandards für OMICs-Daten und FAIR Data Management-Konzepte.
• Mitarbeit bei Datenschutz- und Sicherheitskonzepten der NUM-OMICs Plattform.
• Definition von API-/Schnittstellenkonzepten, Mapping- und ETL-Prozessen.
• Erstellung von Workflows für LIMS.
• Kontinuierliche Kommunikation mit beteiligten Standorten und Partner*innen.

Kenntnisse

Datenmanagement

FAIR Data Prinzipien

OMICs-Datenkenntnisse

Schnittstellenkonzepte

Workflows (Nextflow/Snakemake)

Containerisierung (Docker)

Cloud- HPC-Umgebungen

ETL-/ELT-Pipelines

Deutsch- und Englischkenntnisse

Teamarbeit

Verlässlichkeit

Ausbildung

Master in Bioinformatik

Master in Naturwissenschaften mit Zusatzqualifikation Informatik/Datenwissenschaften

Tools

Docker

Snakemake

Nextflow

Git

Relationale Datenbanken

NoSQL

Linux

VAADIN

Webframework VAADIN

Jobbeschreibung

In der Medizinischen Fakultät OWL ist die folgende Position zu besetzen:

Bioinformatiker*in (m/w/d) - Biobank/NUM

Die Universität Bielefeld etabliert im Zuge des Aufbaus der Medizinischen Fakultät OWL eine Forschungsbiobank. Neben den lokalen Aufgaben am Standort ist die Forschungsbiobank Teil verschiedener Projekte im Netzwerk Universitätsmedizin (NUM). Im NUM arbeiten Wissenschaftlerinnen aller 37 universitätsmedizinischen Standorte Deutschlands auf der Basis einer übergreifenden Infrastruktur Plattform in interdisziplinären Forschungsprojekten zusammen. Im Rahmen der Biobank-Plattform für Deutschland und anderer Biobank-assoziierter Projekte im NUM suchen wir einen Bioinformatiker*in, der uns bei der Konzeptionierung und dem Aufbau einer OMICs-Datenplattform für das NUM unterstützt. Die Ausschreibung erfolgt vorbehaltlich der Mittelbewilligung. Eine Einstellung von bereits an der Universität Bielefeld beschäftigtem Personal ist durch die Vorgaben des Drittmittelgebers ausgeschlossen. Entsprechend können interne Bewerbungen leider nicht berücksichtigt werden.

Ihre Aufgaben

• Mitarbeit bei der Anforderungsanalyse und Konzeptionierung einer OMICs-Datenplattform für das NUM
• Koordination und Unterstützung bei der Implementierung der Plattform durch ein Konsortium aus Industrie- und akademischen Partner*innen
• Beteiligung an Arbeitsgruppen zur Definition von Metadatenstandards für OMICs-Daten sowie zur Erarbeitung von Umsetzungskonzepten für FAIR Data Management
• Mitarbeit bei der Erstellung von Datenschutz- und Sicherheitskonzepten für die NUM-OMICs Plattform
• Mitarbeit bei der Definition von API- und Schnittstellenkonzepten sowie von Mapping- und ETL-Prozessen für Analysedaten aus Bioproben
• Mitarbeit bei der Erstellung von Workflows für Laborinformationsmanagementsysteme
• kontinuierliche Kommunikation mit weiteren beteiligten Standorten und Partner*innen

Ihr Profil

Das erwarten wir

• erfolgreich abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder gleichwertig) in den Bereichen Bioinformatik, Medizininformatik oder Public Health mit Datenfokus
• alternativ: abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder gleichwertig) der Naturwissenschaften mit Zusatzqualifikation/Kenntnissen im Bereich Informatik/Datenwissenschaften
• Kenntnisse im Datenmanagement und der FAIR-Prinzipien
• grundlegendes Verständnis für OMICs-Daten sowie Kenntnisse folgender Technologien/Datenarten:

• Genomik
• Transkriptomik
• Microarray-basierte OMICs-Daten

• Verständnis der Architektur von IT-Plattformen und von Schnittstellenkonzepten
• fundierte IT-Kenntnisse, insbesondere

• Workflow-Management-Systeme (z. B. Nextflow, Snakemake)
• Containerisierung (Docker, Singularity)
• Cloud- HPC-Umgebungen
• ETL-/ELT-Prozesse und Datenpipelines

• sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• Freude an Teamarbeit, Kommunikationsfähigkeit sowie Fähigkeit zum eigenständigen Arbeiten
• hohe Eigenmotivation, Sorgfalt und Zuverlässigkeit
• Gender- und Diversitykompetenz

Das wünschen wir uns:

• Erfahrung/Kenntnisse in Metadatenstandards von OMICs Daten
• Ethik- und Datenschutzthemen
• Java (wünschenswert Erfahrung mit Webframework VAADIN)
• Datenbanken (Relationale Datenbanken / NoSQL)
• Linux
• Versionskontrolle (z. B. Git) und Kollaboratives Arbeiten: GitHub, GitLabPython
• R (wünschenswert Erfahrung mit: ggplot2, heatmap2, DESeq2)
• Laborinformationsmanagementsystemen (LIMS)

Unser Angebot

• Vergütung nach E13 TV-L
• befristet (mit Verlängerungsoption) bis zum 31.12.2028 (§ 14 Abs. 1 Nr. 1 TzBfG)
• Vollzeit (Teilzeit möglich)
• interne und externe Fortbildungsmöglichkeiten
• Vielzahl von Gesundheits-, Beratungs- und Präventionsangeboten
• Vereinbarkeit von Familie und Beruf
• fester Dienstort (Bielefeld) mit wenig Reisetätigkeit
• FlexWork: grundsätzliche Möglichkeit zum mobilen Arbeiten (Umfang abhängig vom konkreten Aufgabenfeld)
• gute Verkehrsanbindungbetriebliche Zusatzversorgung (VBL)
• kollegiale Zusammenarbeitoffene und angenehme Arbeitsatmosphäre
• spannende und abwechslungsreiche Tätigkeitenmodernes Arbeitsumfeld mit digitalen Prozessen

Bewerbungsfrist: 16.09.2026

Die Universität Bielefeld ist für ihre Erfolge in der Gleichstellung mehrfach ausgezeichnet und als familienfreundliche Hochschule zertifiziert. Sie freut sich über Bewerbungen von Frauen. Dies gilt im besonderen Maße im wissenschaftlichen Bereich sowie in Technik, IT und Handwerk. Bewerbungen von geeigneten schwerbehinderten oder ihnen gleichgestellten behinderten Menschen sind ausdrücklich erwünscht. An der Universität Bielefeld werden Stellenbesetzungen auf Wunsch grundsätzlich auch mit reduzierter Arbeitszeit vorgenommen, soweit nicht im Einzelfall zwingende dienstliche Gründe entgegenstehen.