Bioinformatiker*in (m/w/d) – Biobank/NUM

Universität Bielefeld; Bielefeld; Vor Ort; EUR 52.000 - 78.000; Vollzeit

Benefits dieser Stelle

Fortbildungsmöglichkeiten

Gesundheits- und Präventionsangebote

Familie/berufliche Vereinbarkeit

Festen Dienstort in Bielefeld

Zusammenfassung

Die Medizinische Fakultät OWL der Universität Bielefeld sucht eine*n Bioinformatiker*in zur Konzeptionierung und dem Aufbau einer OMICs-Datenplattform für das NUM-Netzwerk. Sie arbeiten an der plattformweiten Datennutzung, arbeiten in interdisziplinären Teams und koordinieren eine Konsortialimplementierung.

Erforderlich sind ein Masterabschluss in Bioinformatik/Medizinische Informatik oder vergleichbar, starke Kenntnisse in OMICs-Daten, Datenmanagement, IT-Plattformarchitektur sowie

Qualifikationen

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder gleichwertig) in Bioinformatik, Medizininformatik oder Public Health mit Datenfokus.
• Alternativ: Master in Naturwissenschaften mit Zusatzqualifikationen/Kenntnissen im Informatik/Datenwissenschaften.
• Kenntnisse im Datenmanagement und FAIR-Prinzipien.
• Grundlegendes Verständnis für OMICs-Daten, u.a. Genomik, Transkriptomik, Microarray-Daten.
• Verständnis von IT-Plattformarchitektur und Schnittstellenkonzepten.
• Fundierte IT-Kenntnisse (Nextflow, Snakemake, Docker, Singularity, Cloud/HPC, ETL/ELT).
• Sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse; Teamfähigkeit und eigenständiges Arbeiten.

Aufgaben

• Mitarbeit bei Anforderungsanalyse und Konzeption einer OMICs-Datenplattform für NUM.
• Koordination und Unterstützung bei Implementierung durch ein Konsortium aus Industrie- und Forschungspartnern.
• Mitwirkung in Arbeitsgruppen zu Metadatenstandards für OMICs-Daten und FAIR Data Management.
• Mitwirkung an Datenschutz- und Sicherheitskonzepten für NUM-OMICs Plattform.
• Definition von API-/Schnittstellenkonzepten sowie Mapping- und ETL-Prozessen für Analysedaten aus Bioproben.
• Erstellung von Workflows für Laborinformationsmanagementsysteme (LIMS).
• Kontinuierliche Kommunikation mit beteiligten Standorten und Partnern.

Kenntnisse

Bioinformatik

Medizinische Informatik

Public Health mit Datenfokus

Datenmanagement

FAIR Data Principles

OMICs-Daten

IT-Plattform-Architektur

Schnittstellenkonzepte

Nextflow

Snakemake

Docker

Singularity

Cloud- & HPC-Umgebungen

ETL-/ELT-Prozesse

Deutsch & Englisch

Ausbildung

Masterabschluss in Bioinformatik/Medizinische Informatik

Alternative: Master in Naturwissenschaften mit Informatik/Datenwissenschaften

Tools

Git

GitHub/GitLab

LIMS

VAADIN

Relationale/NoSQL Datenbanken

R

Jobbeschreibung

In der Medizinischen Fakultät OWL ist die folgende Position zu besetzen:

• Start: nächstmöglich
• Vollzeit (Teilzeit möglich)
• Vergütung nach E13 TV-L
• befristet (mit Verlängerungsoption)

Die Universität Bielefeld etabliert im Zuge des Aufbaus der Medizinischen Fakultät OWL eine Forschungsbiobank. Neben den lokalen Aufgaben am Standort ist die Forschungsbiobank Teil verschiedener Projekte im Netzwerk Universitätsmedizin (NUM). Im NUM arbeiten Wissenschaftler*innen aller 37 universitätsmedizinischen Standorte Deutschlands auf der Basis einer übergreifenden Infrastruktur Plattform in interdisziplinären Forschungsprojekten zusammen. Im Rahmen der Biobank-Plattform für Deutschland und anderer Biobank-assoziierter Projekte im NUM suchen wir eine*n Bioinformatiker*in, der uns bei der Konzeptionierung und dem Aufbau einer OMICs-Datenplattform für das NUM unterstützt.

Die Ausschreibung erfolgt vorbehaltlich der Mittelbewilligung.

Eine Einstellung von bereits an der Universität Bielefeld beschäftigtem Personal ist durch die Vorgaben des Drittmittelgebers ausgeschlossen. Entsprechend können interne Bewerbungen leider nicht berücksichtigt werden.

Ihre Aufgaben

• Mitarbeit bei der Anforderungsanalyse und Konzeptionierung einer OMICs-Datenplattform für das NUM
• Koordination und Unterstützung bei der Implementierung der Plattform durch ein Konsortium aus Industrie- und akademischen Partner*innen
• Beteiligung an Arbeitsgruppen zur Definition von Metadatenstandards für OMICs-Daten sowie zur Erarbeitung von Umsetzungskonzepten für FAIR Data Management
• Mitarbeit bei der Erstellung von Datenschutz- und Sicherheitskonzepten für die NUM-OMICs Plattform
• Mitarbeit bei der Definition von API- und Schnittstellenkonzepten sowie von Mapping- und ETL-Prozessen für Analysedaten aus Bioproben
• Mitarbeit bei der Erstellung von Workflows für Laborinformationsmanagementsysteme
• kontinuierliche Kommunikation mit weiteren beteiligten Standorten und Partner*innen

Unser Angebot

• Vergütung nach E13 TV-L
• befristet (mit Verlängerungsoption) bis zum 31.12.2028 (§ 14 Abs. 1 Nr. 1 TzBfG)
• Vollzeit (Teilzeit möglich)
• interne und externe Fortbildungsmöglichkeiten
• Vielzahl von Gesundheits-, Beratungs- und Präventionsangeboten
• Vereinbarkeit von Familie und Beruf
• fester Dienstort (Bielefeld) mit wenig Reisetätigkeit
• FlexWork: grundsätzliche Möglichkeit zum mobilen Arbeiten (Umfang abhängig vom konkreten Aufgabenfeld)
• gute Verkehrsanbindungbetriebliche Zusatzversorgung (VBL)
• kollegiale Zusammenarbeitoffene und angenehme Arbeitsatmosphäre
• spannende und abwechslungsreiche Tätigkeitenmodernes Arbeitsumfeld mit digitalen Prozessen

Ihr Profil

• erfolgreich abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder gleichwertig) in den Bereichen Bioinformatik, Medizininformatik oder Public Health mit Datenfokus
• alternativ: abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder gleichwertig) der Naturwissenschaften mit Zusatzqualifikation/Kenntnissen im Bereich Informatik/Datenwissenschaften
• Kenntnisse im Datenmanagement und der FAIR-Prinzipien
• grundlegendes Verständnis für OMICs-Daten sowie Kenntnisse folgender Technologien/Datenarten:
  • Genomik
  • Transkriptomik
  • Microarray-basierte OMICs-Daten
• Verständnis der Architektur von IT-Plattformen und von Schnittstellenkonzepten
• fundierte IT-Kenntnisse, insbesondere
  • Workflow-Management-Systeme (z. B. Nextflow, Snakemake)
  • Containerisierung (Docker, Singularity)
  • Cloud- & HPC-Umgebungen
  • ETL-/ELT-Prozesse und Datenpipelines
• sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• Freude an Teamarbeit, Kommunikationsfähigkeit sowie Fähigkeit zum eigenständigen Arbeiten
• hohe Eigenmotivation, Sorgfalt und Zuverlässigkeit
• Gender- und Diversitykompetenz

Das wünschen wir uns

• Erfahrung/Kenntnisse in:
  • Metadatenstandards von OMICs Daten
  • Ethik- und Datenschutzthemen
  • Java (wünschenswert Erfahrung mit Webframework VAADIN)
  • Datenbanken (Relationale Datenbanken / NoSQL)
  • Linux
  • Versionskontrolle (z. B. Git) und Kollaboratives Arbeiten: GitHub, GitLabPython
  • R (wünschenswert Erfahrung mit: ggplot2, heatmap2, DESeq2)
  • Laborinformationsmanagementsystemen (LIMS)

Bewerbungsfrist: 16.09.2026 Kontakt
Dr. Gabriele Anton
0521 106-87707
[e-mail]
Anschrift
Universität Bielefeld
Medizinische Fakultät OWL
Ramona Hanke
Postfach 10 01 31
33501 Bielefeld

Die Universität Bielefeld ist für ihre Erfolge in der Gleichstellung mehrfach ausgezeichnet und als familienfreundliche Hochschule zertifiziert.Sie freut sich über Bewerbungen von Frauen. Dies gilt im besonderen Maße im wissenschaftlichen Bereich sowie in Technik, IT und Handwerk.Bewerbungen von geeigneten schwerbehinderten oder ihnen gleichgestellten behinderten Menschen sind ausdrücklich erwünscht.An der Universität Bielefeld werden Stellenbesetzungen auf Wunsch grundsätzlich auch mit reduzierter Arbeitszeitvorgenommen, soweit nicht im Einzelfall zwingende dienstliche Gründe entgegenstehen. als PDF öffnen