Stagiaire M2 sur l'épilepsie (F/H)

Institut du Cerveau et de la Moelle Épinière; Paris; Hybrid; EUR 12,000 - 18,000; Part time

Job summary

L’Institut du Cerveau et de la Moelle Épinière recrute un stagiaire en Neurosciences et bioinformatique pour intégrer une équipe pluridisciplinaire. Vous travaillerez sur des tissus cérébraux humains postopératoires, avec accès à des plateformes technologiques et des données omiques uniques, afin d’identifier des gènes et voies associés à la génération de crises et proposer des cibles thérapeutiques.

Le projet s’inscrit dans un programme structurant avec des perspectives de poursuite en thèse et

Qualifications

• Master 1 (ou équivalent) en neurosciences, bioinformatique, biologie computationnelle ou discipline quantitative.
• Maîtrise de Python et/ou Matlab et notions d’analyses omiques souhaitées.
• Anglais scientifique écrit et oral courant.

Responsibilities

• Collecte et préparation des tissus cérébraux et enregistrements électrophysiologiques in vitro.
• Analyse et traitement de données omiques spatiales et snRNA-seq (pipelines Python: Scanpy, Squidpy, cell2location, Tangram).
• Intégration des données électrophysiologiques HD-MEA avec les données omiques et alignement des régions fonctionnelles.
• Développement de scripts et routines Python pour l’expression différentielle spatialisée et l’enrichissement de voies.
• Travail partiellement en laboratoire L2.

Skills

Python

Matlab

Education

Master 1 en neurosciences, bioinformatique, biologie computationnelle, ou discipline quantitative

Tools

Scanpy

Squidpy

cell2location

Tangram

Job description

L'épilepsie du lobe temporal mésial (MTLE) est la forme la plus fréquente d'épilepsie focale de l'adulte. Malgré des dizaines de médicaments disponibles, un tiers des patients reste pharmaco-résistant et doit être opéré. Les tissus cérébraux réséqués lors de ces interventions chirurgicales offrent un accès unique au cerveau humain épileptique vivant. Ceux-ci nous permettent d’explorer les mécanismes moléculaires et cellulaires qui font qu'une zone précise du cerveau génère des crises. Ces mécanismes demeurent mal compris, en grande partie faute d'outils permettant de relier la dysfonction de réseau à son substrat moléculaire à l'échelle cellulaire.

Le/la stagiaire intégrera une équipe pluridisciplinaire à l'Institut du Cerveau, bénéficiant d'un accès direct à des données humaines uniques (tissu cérébral postopératoire), aux plateformes technologiques de l'institut (iGenSeq, Histomics, ICMQuant) et à un environnement computationnel dédié. Le projet s'inscrit dans un programme de recherche structurant avec des collaborations nationales et européennes, offrant d'excellentes perspectives de poursuite en thèse.

Des enregistrements électrophysiologiques à haute densité par matrices de multi-électrodes (HD-MEA) sont réalisés sur tranches aiguës de tissu humain épileptique postopératoire et ces données sont alors combinées à celle issues de la transcriptomique spatiale à haute résolution (Visium HD, Xenium — 10x Genomics) effectuée sur les mêmes échantillons. Nous cartographions ainsi pour la première fois le transcriptome des zones épileptogènes fonctionnellement identifiées dans le tissu MTLE humain. L'objectif est d'identifier les gènes, voies de signalisation et types cellulaires spécifiquement associés à la génération des crises, afin de proposer de nouvelles cibles thérapeutiques. Celles-ci pourront alors être testées sur ces mêmes tissus humains in vitro, et dans nos modèles expérimentaux d’épilepsie temporale in vivo.

Rattaché.e au chef d’équipe, le/la stagiaire participera à:

• La collecte et la préparation des tissus cérébraux et la réalisation des enregistrements électrophysiologiques in vitro
• L'analyse et le traitement de données de transcriptomique spatiale (Visium HD, Xenium) et de snRNA-seq à l'aide de pipelines Python (Scanpy, Squidpy, cell2location, Tangram)
• L'enregistrement et l’intégration de données électrophysiologiques (HD-MEA) avec les données omiques spatiales, incluant l'alignement des régions d'intérêt fonctionnelles sur les cartes transcriptomiques
• Le développement de scripts et routines d'analyse en Python pour l'expression différentielle spatialement résolue, la déconvolution cellulaire et l'enrichissement de voies
• Travail partiellement en laboratoire L2

Profil recherché

• Niveau requis : Master 1 (ou équivalent) en neurosciences, bioinformatique, biologie computationnelle, ou discipline quantitative

Savoir

• Maîtrise des outils informatiques, notamment programmation en Python et/ou Matlab
• Expérience en analyse de données omiques appréciée mais non requise
• Connaissances de base en neurobiologie fondamentale
• Pratique courante de l’anglais scientifique, écrit et oral
• Capacité à présenter à l’oral en public

Savoir-être

• Curiosité pour les travaux de l’équipe et de l’Institut
• Capacité à monter en compétences pour être rapidement autonome
• Rigueur scientifique
• Sens de l’organisation et de la planification
• Capacité à travailler en équipe (interactions avec des chercheurs d’autres disciplines)

L’Institut du cerveau s’engage pour lutter contre toute forme de discrimination. Nous garantissons un environnement de travail inclusif et respectueux de toutes les diversités.

Tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.

L’Institut du Cerveau est une Fondation privée reconnue d’utilité publique dont l’objet est la recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux. Sur un même lieu, 850 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent l’ensemble des disciplines de la neurologie, dans le but d’accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau et les développements de traitements sur les maladies comme : Alzheimer, Parkinson, Sclérose en plaques, épilepsie, dépression, paraplégies, tétraplégies, etc.

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Institut du Cerveau
Hôpital de la Pitié-Salpêtrière
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