Stagiaire M2 sur l'épilepsie (F/H)

Institut du Cerveau et de la Moelle Épinière; Paris; Hybride; EUR 10 000 - 15 000; Plein temps

Résumé du poste

L’Institut du Cerveau et de la Moelle Épinière à Paris propose un stage Master 1 dans une équipe pluridisciplinaire travaillant sur l’épilepsie MTLE, avec un accès direct à des données humaines et à des plateformes technologiques.

Le stagiaire participera à la collecte des tissus, à l’analyse de transcriptomique spatiale et de snRNA-seq via des pipelines Python (Scanpy, Squidpy, cell2location, Tangram) et à l’intégration des données épileptologiques avec les données omiques.

Qualifications

• Master 1 (ou équivalent) en neurosciences, bioinformatique, biologie computationnelle ou discipline quantitative.
• Maîtrise de Python et/ou Matlab.
• Connaissances de base en neurobiologie et en analyses omiques souhaitées.

Responsabilités

• Collecte et préparation des tissus cérébraux et réalisations des enregistrements in vitro.
• Analyse et traitement de données de transcriptomique spatiale et de snRNA-seq avec les pipelines Python (Scanpy, Squidpy, cell2location, Tangram).
• Enregistrement et intégration de données electrophysiologiques avec les données omiques spatiales.
• Développement de scripts d’analyse en Python pour l’expression différentielle spatiale et la déconvolution cellulaire.
• Travail en laboratoire L2 et collaboration avec l’équipe pluridisciplinaire.

Connaissances

Python

Matlab

Neuroscience basics

Formation

Master 1 en neurosciences / bioinformatique / biologie computationnelle

Outils

Scanpy

Squidpy

cell2location

Tangram

HD-MEA

Description du poste

L'épilepsie du lobe temporal mésial (MTLE) est la forme la plus fréquente d'épilepsie focale de l'adulte. Malgré des dizaines de médicaments disponibles, un tiers des patients reste pharmaco-résistant et doit être opéré. Les tissus cérébraux réséqués lors de ces interventions chirurgicales offrent un accès unique au cerveau humain épileptique vivant. Ceux-ci nous permettent d’explorer les mécanismes moléculaires et cellulaires qui font qu'une zone précise du cerveau génère des crises. Ces mécanismes demeurent mal compris, en grande partie faute d'outils permettant de relier la dysfonction de réseau à son substrat moléculaire à l'échelle cellulaire.

Le/la stagiaire intégrera une équipe pluridisciplinaire à l'Institut du Cerveau, bénéficiant d'un accès direct à des données humaines uniques (tissu cérébral postopératoire), aux plateformes technologiques de l'institut (iGenSeq, Histomics, ICMQuant) et à un environnement computationnel dédié. Le projet s'inscrit dans un programme de recherche structurant avec des collaborations nationales et européennes, offrant d'excellentes perspectives de poursuite en thèse.

Des enregistrements électrophysiologiques à haute densité par matrices de multi-électrodes (HD-MEA) sont réalisés sur tranches aiguës de tissu humain épileptique postopératoire et ces données sont alors combinées à celle issues de la transcriptomique spatiale à haute résolution (Visium HD, Xenium — 10x Genomics) effectuée sur les mêmes échantillons. Nous cartographions ainsi pour la première fois le transcriptome des zones épileptogènes fonctionnellement identifiées dans le tissu MTLE humain. L'objectif est d'identifier les gènes, voies de signalisation et types cellulaires spécifiquement associés à la génération des crises, afin de proposer de nouvelles cibles thérapeutiques. Celles-ci pourront alors être testées sur ces mêmes tissus humains in vitro, et dans nos modèles expérimentaux d’épilepsie temporale in vivo.

Rattaché.e au chef d’équipe, le/la stagiaire participera à:

• La collecte et la préparation des tissus cérébraux et la réalisation des enregistrements électrophysiologiques in vitro
• L'analyse et le traitement de données de transcriptomique spatiale (Visium HD, Xenium) et de snRNA-seq à l'aide de pipelines Python (Scanpy, Squidpy, cell2location, Tangram)
• L'enregistrement et l’intégration de données électrophysiologiques (HD-MEA) avec les données omiques spatiales, incluant l'alignement des régions d'intérêt fonctionnelles sur les cartes transcriptomiques
• Le développement de scripts et routines d'analyse en Python pour l'expression différentielle spatialement résolue, la déconvolution cellulaire et l'enrichissement de voies
• Travail partiellement en laboratoire L2
• Niveau requis : Master 1 (ou équivalent) en neurosciences, bioinformatique, biologie computationnelle, ou discipline quantitative

Savoir

• Maîtrise des outils informatiques, notamment programmation en Python et/ou Matlab
• Expérience en analyse de données omiques appréciée mais non requise
• Connaissances de base en neurobiologie fondamentale
• Pratique courante de l’anglais scientifique, écrit et oral
• Capacité à présenter à l’oral en public

Savoir-être

• Curiosité pour les travaux de l’équipe et de l’Institut
• Capacité à monter en compétences pour être rapidement autonome
• Rigueur scientifique
• Sens de l’organisation et de la planification
• Capacité à travailler en équipe (interactions avec des chercheurs d’autres disciplines)

L’Institut du cerveau s'engage pour lutter contre toute forme de discrimination. Nous garantissons un environnement de travail inclusif et respectueux de toutes les diversités.

Tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.

https://institutducerveau-icm.org/en/Institut du Cerveau
Hôpital de la Pitié-Salpêtrière
47, boulevard de l'Hôpital
75013 Paris