Stage Master 2: Bioinfo des Viruses Marins & Métagénomique

SFBI; Marseille; On-site; EUR 6,700 - 9,500; Full time

Job summary

Stage de Master 2 au MIO (Marseille) pour une analyse intégrée de viromiques et données de barcoding, visant à décrire la biodiversité virale marine et ses dynamiques saisonnières. Le stage prévoit le développement d’un pipeline reproductible d’analyse de métagénomes viraux et l’exploration d’associations hôte–virus.

Encadré par les chercheurs du projet ANR BONUS, vous travaillerez sur des données métagénomiques et des données de barcoding, avec accès aux infrastructures de calcul de l’IFB et du

Qualifications

• Étudiant·e de M2 en génomique, bioinformatique, écologie microbienne, biologie computationnelle ou domaine proche, ayant une bonne autonomie informatique et un intérêt marqué pour les données de séquençage et l’écologie marine.
• Une maîtrise pratique de Linux ainsi que de R et/ou Python est souhaitée.

Responsibilities

• Contrôle qualité, filtrage et préparation des lectures de séquençage.
• Assemblage de novo des métagénomes et comparaison de stratégies d’assemblage.
• Identification et sélection de contigs viraux et évaluation de leur qualité.
• Regroupement des séquences en vOTU, estimation de leur abondance et annotation.
• Approches de binning lorsque pertinentes et distinction des génomes viraux des génomes cellulaires.
• Analyses de diversité et de dynamique saisonnière des communautés virales.

Skills

Linux

R

Python

Bash

HPC

Workflows reproductibles

Statistiques multivariées

Education

Master 2 en génomique ou bioinformatique

Job description

Stage de Master 2 au MIO (Marseille) pour une analyse intégrée de viromiques et données de barcoding, visant à décrire la biodiversité virale marine et ses dynamiques saisonnières. Le stage prévoit le développement d’un pipeline reproductible d’analyse de métagénomes viraux et l’exploration d’associations hôte–virus.

Encadré par les chercheurs du projet ANR BONUS, vous travaillerez sur des données métagénomiques et des données de barcoding, avec accès aux infrastructures de calcul de l’IFB et du