Stage Bioinformatique: Pan2met et Métabolisme Archéen

SFBI; Évry-Courcouronnes; On-site; EUR 6,700 - 13,000; Full time

Job summary

SFBI recherche un stagiaire en bioinformatique pour un stage de licence de 2 mois à Évry-Courcouronnes. Vous participerez au développement d’outils de prédiction de voies métaboliques et à l’annotation fonctionnelle de protéines chez Thermococcus kodakarensis, avec extension possible en été.

Le stage, débutant début mars/avril 2027, est encadré et s’inscrit dans le cadre du projet pan2met. Compétences en ligne de commande et scripts shell requises; travail au sein du laboratoire et potentialité

Qualifications

• Étudiant en Bac+3 / Licence en bioinformatique ou domaine connexe.
• Bonne maîtrise de la ligne de commande et des scripts shell.

Responsibilities

• Réaliser une annotation fonctionnelle des protéines de Thermococcus kodakarensis (workflow pan2met-wf).
• Comparer les annotations des réactions issues du workflow avec la curation manuelle au laboratoire.
• Appliquer l’algorithme de prédiction de voies métaboliques pan2met, avec et sans définitions additionnelles.
• Appliquer PathoLogic pour prédire les voies;
• Comparer les résultats pan2met et PathoLogic et évaluer l’impact des nouvelles définitions.
• Étendre l’étude à d’autres génomes d’archées et analyser les différences métaboliques prédites.

Skills

Ligne de commande

Scripts shell

Education

Bac+3 / Licence

Job description

SFBI recherche un stagiaire en bioinformatique pour un stage de licence de 2 mois à Évry-Courcouronnes. Vous participerez au développement d’outils de prédiction de voies métaboliques et à l’annotation fonctionnelle de protéines chez Thermococcus kodakarensis, avec extension possible en été.

Le stage, débutant début mars/avril 2027, est encadré et s’inscrit dans le cadre du projet pan2met. Compétences en ligne de commande et scripts shell requises; travail au sein du laboratoire et potentialité