Ingénieur en bioinformatique (F/H)

PSL Université Paris; Paris; On-site; EUR 42,000 - 56,000; Full time

Job summary

Le Collège de France, via le CIRB et en collaboration avec le LCQB et l’IBENS, recherche un responsable de projet capable de travailler sur des modèles d’apprentissage profond appliqués à des données génétiques et phylogénétiques. Le poste implique une activité sur deux sites et une collaboration avec des chercheurs de PSL.

Profil recherché : ingénieur d'études avec expériences en phylogénétique/phylodynamique, fortes compétences en modélisation et programmation, et maîtrise de l’anglais pour la

Qualifications

• Excellentes connaissances en modélisation mathématique en biologie.
• Excellentes connaissances en programmation sur au moins un langage de haut niveau et un langage de bas niveau.
• Excellentes connaissances en statistiques.
• Bonnes connaissances théoriques en apprentissage profond.
• Bonnes connaissances en épidémiologie et/ou en biologie de l'évolution.
• Bonne maîtrise de l'anglais (écrit, lu, parlé).

Responsibilities

• Exploiter et modifier des modèles d’apprentissage profond existant.
• Analyser des jeux de données existants.
• Réaliser des programmes de simulation de données.
• Réaliser des rapports sur les travaux effectués.
• Assurer une veille bibliographique.

Skills

Modélisation mathématique

Programmation (haut et bas niveau)

Statistiques

Apprentissage profond

Épidémiologie/biologie évolutive

Education

Contractuels de catégorie A — niveau ingénieur d'études

Job description

Notre établissement fait partie de l'Université PSL.Située au cœur de Paris, celle-ci fait dialoguer tous les domaines du savoir, de l'innovation et de la création. Classée parmi les 50 premières universités mondiales, elle forme au plus près de la recherche des chercheurs, artistes, ingénieurs, entrepreneurs ou dirigeants conscients de leur responsabilité sociale, individuelle et collective.

Structure d'accueil

Le Collège de France est un grand établissement public d’enseignement supérieur et de recherche. Institution unique en France et sans équivalent à l’étranger, le Collège de France répond à une double vocation : être à la fois le lieu de la recherche la plus audacieuse et celui de son enseignement. Voué à la recherche fondamentale, le Collège de France possède cette caractéristique singulière : il réalise puis enseigne « le savoir en train de se constituer dans tous les domaines des lettres, des sciences ou des arts ». Situé sur différents sites de Paris (place Marcelin Berthelot, rue du Cardinal Lemoine, rue d’Ulm, Belle Gabrielle) l’établissement héberge un millier de personnes : enseignants-chercheurs, chercheurs, doctorants et post-doctorants, ingénieurs et techniciens, bibliothécaires, administratifs.

Le Collège de France est membre associé de l'Université Paris Sciences et Lettres (PSL).

Le Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie (CIRB), situé au Collège de France dans le centre de Paris, est une structure de recherche associant le Collège de France, le CNRS et l’INSERM. Le Centre comprend plusieurs plateformes techniques (imagerie, histologie, culture, expérimentation animale, …). La mutualisation de moyens financiers sous la forme de ressources levées auprès des équipes du CIRB et du soutien financier de différents acteurs (EPST, Fondations, Région, Industrie) a contribué à financer ces outils et permet leur fonctionnement et entretien. Le CIRB continue à développer des interactions fortes avec des institutions de PSL, telles l’Ecole Normale Supérieure et l’Institut Curie ; il fait également partie du Labex Memolife.

Ce poste s'inscrit dans le cadre du projet ANR DEELOGENY ( https://deelogeny.pages.in2p3.fr/ ) qui a pour but de développer des méthodes d’apprentissage profond pour l’analyse des données de séquences génétiques et des phylogénies.

Activités principales

Environnement de travail

Vous serez basé.e au CIRB au sein du Collège de France et au LCQB sur le campus de Jussieu de Sorbonne Université, ainsi qu’à l’IBENS au sein de l’ENS.

Vos interlocuteurs principaux seront les Dr Samuel Alizon (CIRB), Anna Zhukova (IBENS) et Laurent Jacob (LCQB).

Vous serez placé.e sous l'autorité hiérarchique du Dr Samuel Alizon.

Vos principales missions seront les suivantes :

• Exploiter et modifier des modèles d’apprentissage profond existant
• Analyser des jeux de données existants
• Réaliser des programmes de simulation de données
• Réaliser des rapports sur les travaux effectués
• Assurer une veille bibliographique

Activités principales

• Conception de programme pour réalisation de simulation d’épidémies et génération de données de séquence génétique
• Utilisation d’algorithmes d’apprentissage profond existants pour analyser les données simulées
• Ajustement d’algorithmes d’apprentissage profond existants pour prendre en charge de nouvelles données
• Modification d’algorithmes d’apprentissage profond existants pour gérer des nouveaux scenarios biologiques
• Analyse statistique des données simulées
• Rédaction de rapports scientifiques en anglais
• Veille bibliographique

Compétences

• Excellentes connaissances en modélisation mathématique en biologie
• Excellentes connaissances en programmation sur au moins un langage de haut niveau et un langage de bas niveau
• Excellentes connaissances en statistiques
• Bonnes connaissances théoriques en apprentissage profond
• Bonnes connaissances en épidémiologie et/ou en biologie de l’évolution
• Bonne maîtrise de l'anglais (écrit, lu, parlé)

Particularités du poste

Le poste implique un travail sur deux sites

Profil du candidat

Savoirs et compétences attendus

Poste réservé aux contractuels de catégorie A - niveau ingénieur d'études

Formation et expérience

Une expérience préalable en phylogénétique/phylodynamique un plus

Non discrimination, ouverture et transparence

Notre établissement, comme l'ensemble de l'Université PSL, s’engage à soutenir et promouvoir l’égalité, la diversité et l’inclusion au sein de ses communautés. Nous encourageons les candidatures issues de profils variés, que nous veillerons à sélectionner via un processus de recrutement ouvert et transparent.