Assistant Ingénieur en Bio-Informatique - H/F

Inserm; Rennes; On-site; EUR 42,000 - 54,000; Full time

Job summary

Inserm, laboratoire INSERM U1242 OSS, recrute un chercheur en bioinformatique pour caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de l’expression des ARN en réponse au stress du réticulum endoplasmique.

Vous développerez des analyses de séquences et de structures d’ARN, traiterez RNA-seq et long-read, et contribuerez à l’interprétation des résultats, en assurant une documentation reproductible et une collaboration étroite avec les biologistes du projet.

Qualifications

• Bioinformatique et analyse de données de séquençage (RNA-seq, long-reads).
• Analyse de séquences, recherche de motifs et structures de l’ARN.
• Connaissances en biologie moléculaire ou biologie de l’ARN souhaitables.

Responsibilities

• Développer et réaliser des analyses bioinformatiques de séquences et d’ARN.
• Identifier motifs de séquence et structures secondaires d’ARN.
• Intégrer données de séquençage (RNA-seq et long-reads) et interpréter les résultats.
• Développer et documenter des scripts et workflows reproductibles.
• Collaborer avec les biologists et présenter les résultats.

Skills

Bioinformatique

RNA-seq

Long-reads

Analyse de séquences

Motifs

Structures ARN

R/Bash/Python

Git

Linux/HPC

Education

Licence ou BUT Informatique ou Bio-Informatique

Master 2 débutant accepté

Tools

ViennaRNA/RNAfold

MEME

HOMER

Job description

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Le Poste

Structure d'accueil

Le laboratoire de signalisation de stress de l'INSERM U1242 OSS est une structure de recherche translationnelle rassemblant des biologistes et des cliniciens pour mieux comprendre l'oncogenèse des tumeurs solides. En associant des biologistes travaillant sur les voies de signalisation du stress cancéreux et les cliniciens du cancer, le laboratoire vise à déchiffrer la façon dont les cellules tumorales s’adaptent au stress. Il est composé de 4 équipes et comprend environ 100 chercheurs, cliniciens, techniciens, post-doctorants et étudiants.

Mission principale

La personne recrutée contribuera à un projet de recherche financé par l’ANR visant à caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de l’expression des ARN en réponse au stress du réticulum endoplasmique et à la réponse UPR.

Activités principales

Elle/il sera principalement chargé(e) de développer et réaliser des analyses bioinformatiques de séquences et de structures d’ARN, notamment l’identification de motifs de séquence et de structures secondaires, l’analyse de motifs d’enrichissement et l’intégration de données de séquençage. La personne recrutée interagira étroitement avec les biologistes du projet et contribuera à l’interprétation et à la présentation des résultats.

• Analyse bioinformatique de séquences d’ARN et de régions génomiques.
• Identification et caractérisation de motifs de séquence et de structures secondaires d’ARN.
• Analyses d’enrichissement et de recherche de motifs (de novo et motifs connus).
• Analyse et intégration de données de séquençage, notamment RNA-seq et séquençage long-read.
• Développement et documentation de scripts et workflows reproductibles.
• Analyse, visualisation et présentation des résultats.

Spécificité(s) et environnement du poste

Être attentif à maintenir une reproductibilité et une documentation conforme aux principes FAIR

Environnement inderdisciplinaire en interaction étroite avec les biologistes cellualires

Profil Recherché

Connaissances

• Bioinformatique et analyse de données de séquençage (RNA-seq, long-reads).
• Analyse de séquences, recherche de motifs et structures de l’ARN.
• Des connaissances en biologie moléculaire ou biologie de l’ARN serait un plus.

Savoir-faire

• Programmation en R et/ou Python et/ou bash.
• Analyse de séquences et recherche de motifs (MEME, HOMER ou outils similaires).
• Analyse de structures secondaires d’ARN (ViennaRNA/RNAfold ou outils similaires).
• Une expérience en analyse RNA-seq et/ou de données de séquençage long-read serait appréciée mais pourra être acquise au cours du projet.
• Utilisation ou connaissance des outils de contrôle de version (git).
• Maîtrise d’un environnement Linux/HPC appréciée.

Aptitudes

• Rigueur et esprit d’analyse.
• Autonomie et capacité à développer de nouvelles approches bioinformatiques.
• Curiosité scientifique et intérêt pour les approches interdisciplinaires.
• Aisance dans le travail en interaction avec des biologistes expérimentateurs.

Niveau De Diplôme Et Formation(s)

Licence, ou BUT Informatique ou Bio-Informatique avec expérience professionnelle. Master 2 débutant accepté.

Préciser dans votre CV, les adresses emails de vos responsables de stages / précédents employeurs