Assistant Ingénieur en Bio-Informatique - H/F

Inserm France; Rennes; Hybrid; EUR 30,000 - 42,000; Full time

Benefits offered by this job

45 jours congés ARTT

Mutuelle santé collective

Restauration collective

Participation aux frais de transports

Forfait mobilité durable

Supplément familial de traitement

Accès au CAES Inserm

Job summary

Assistant Ingénieur en Bio-Informatique - H/F à Rennes au sein de l’Inserm France. Vous développerez des analyses bioinformatiques d’ARN, identifierez des motifs de séquence et intégrerez des données RNA‑seq et long‑read en collaboration avec les biologistes du projet.

Profil recherché: Licence/BUT en Informatique ou Bio-Informatique, ou Master 2 débutant accepté. Travail en environnement interdisciplinaire avec une forte exigence de reproductibilité et de documentation.

Qualifications

• Licence ou BUT en informatique ou bio-informatique, expérience professionnelle acceptable.
• Master 2 débutant accepté ou équivalent.

Responsibilities

• Développer et réaliser des analyses bioinformatiques d’ARN et de structures.
• Identifier motifs de séquence et motifs secondaires d’ARN.
• Analyser et intégrer données RNA‑seq et long‑read.
• Développer et documenter des scripts/workflows reproductibles.
• Interagir avec les biologistes du projet et présenter les résultats.

Skills

Programmation R/Python

Analyse ARNs

Motifs ARN

Structure ARN

RNA-seq analyse

Git

Linux/HPC

Rigueur et analyse

Autonomie

Education

Licence/BUT Informatique ou Bio-Informatique

Master 2 possible

Tools

ViennaRNA/RNAfold

MEME/HOMER

Git

Job description

Assistant Ingénieur en Bio-Informatique - H/F

Rennes

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien‑être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Structure d'accueil

Le laboratoire de signalisation de stress de l'INSERM U1242 OSS est une structure de recherche translationnelle rassemblant des biologistes et des cliniciens pour mieux comprendre l'oncogenèse des tumeurs solides. En associant des biologistes travaillant sur les voies de signalisation du stress cancéreux et les cliniciens du cancer, le laboratoire vise à déchiffrer la façon dont les cellules tumorales s’adaptent au stress. Il est composé de 4 équipes et comprend environ 100 chercheurs, cliniciens, techniciens, post-doctorants et étudiants.

La personne recrutée contribuera à un projet de recherche financé par l’ANR visant à caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de l’expression des ARN en réponse au stress du réticulum endoplasmique et à la réponse UPR.

Activités principales

Elle/il sera principalement chargé(e) de développer et réaliser des analyses bioinformatiques de séquences et de structures d’ARN, notamment l’identification de motifs de séquence et de structures secondaires, l’analyse de motifs d’enrichissement et l’intégration de données de séquençage. La personne recrutée interagira étroitement avec les biologistes du projet et contribuera à l’interprétation et à la présentation des résultats.

• Analyse bioinformatique de séquences d’ARN et de régions génomiques.
• Identification et caractérisation de motifs de séquence et de structures secondaires d’ARN.
• Analyses d’enrichissement et de recherche de motifs (de novo et motifs connus).
• Analyse et intégration de données de séquençage, notamment RNA‑seq et séquençage long‑read.
• Développement et documentation de scripts et workflows reproductibles.
• Analyse, visualisation et présentation des résultats.

Spécificité(s) et environnement du poste

Être attentif à maintenir une reproductibilité et une documentation conforme aux principes FAIR.

Environnement interdisciplinaire en interaction étroite avec les biologistes cellulaires.

• Bioinformatique et analyse de données de séquençage (RNA‑seq, long‑reads).
• Analyse de séquences, recherche de motifs et structures de l’ARN.
• Des connaissances en biologie moléculaire ou biologie de l’ARN serait un plus.

Savoir-faire

• Programmation en R et/ou Python et/ou bash.
• Analyse de séquences et recherche de motifs (MEME, HOMER ou outils similaires).
• Analyse de structures secondaires d’ARN (ViennaRNA/RNAfold ou outils similaires).
• Une expérience en analyse RNA‑seq et/ou de données de séquençage long‑read serait appréciée mais pourra être acquise au cours du projet.
• Utilisation ou connaissance des outils de contrôle de version (git).
• Maîtrise d’un environnement Linux/HPC appréciée.
• Rigueur et esprit d’analyse.
• Autonomie et capacité à développer de nouvelles approches bioinformatiques.
• Curiosité scientifique et intérêt pour les approches interdisciplinaires.
• Aisance dans le travail en interaction avec des biologistes expérimentateurs.

Niveau de diplôme et formation(s) :

Licence, ou BUT Informatique ou Bio-Informatique avec expérience professionnelle. Master 2 débutant accepté.

Préciser dans votre CV, les adresses emails de vos responsables de stages / précédents employeurs

Curriculum Vitae Cover letter Lettre de recommandation Lettre de recommandation

• 45 jours de congés et ARTT
• Mutuelle santé collective
• Offre de restauration collective
• Participation aux frais de transports à hauteur de 75%
• Forfait mobilité durable
• Supplément familial de traitement
• Accès au CAES Inserm
• Salaire à définir en fonction de l'expérience sur des postes de niveau équivalent