Analyse transcriptomique de la réponse de Lepidodinium chlorophorum à une exposition aux PFAS

SFBI; Nantes; Presencial; EUR 7800 - 10.000; Jornada completa

Descripción de la vacante

Ifremer, Unité PHYTOX, Nantes, recherche un stagiaire de Master 2 pour analyser les données transcriptomiques et interpréter les réponses de Lepidodinium chlorophorum face à des PFAS. Le stage implique une analyse bioinformatique et statistique, avec une orientation vers l’interprétation biologique et l’écologie microbienne.

Le poste est à Nantes, en collaboration avec le laboratoire GENALG, et offre l’opportunité de travailler dans un holobionte algal-microbien, en environnement Linux et avec R

Formación

• Master 2 spécialisé en bioinformatique, génomique, ou équivalent.
• Expérience ou formation en analyse de données RNA‑seq/transcriptomiques souhaitée.
• Bonnes bases en statistiques et maîtrise de Linux et R.

Responsabilidades

• Analyser et interpréter les données RNA‑seq obtenues.
• Identifier les mécanismes moléculaires liés à la réponse à PFAS chez Lepidodinium chlorophorum et son bacteriome.
• Évaluer les voies métaboliques et l’expression des gènes chez l’algue et les bactéries associées.

Conocimientos

RNA‑seq analyse

Linux

R

Statistiques

Génomique fonctionnelle

Interprétation des données

Educación

Master 2 / Bac+5 en bioinformatique

Herramientas

RNA‑seq pipelines

Descripción del empleo

Analyse transcriptomique de la réponse de Lepidodinium chlorophorum à une exposition aux PFAS

Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterIfremer Unité PHYTOX Laboratoire GENALG·Nantes (France)

Date de prise de poste : 4 janvier 2027

Contexte :

Les microalgues vivent en association avec des communautés microbiennes au sein de leur environnement immédiat, appelé phycosphère. La microalgue et les microorganismes qui lui sont associés forment ainsi un holobionte, au sein duquel s’établissent des échanges essentiels en carbone, nutriments et facteurs de croissance (Wang et al. 2016). La structure et le fonctionnement de cet holobionte peuvent être altérés par la présence, l’accumulation et la persistance de contaminants chimiques. Parmi eux, Les PFAS (substances per- et polyfluoroalkylées), largement utilisés dans l’industrie et les produits du quotidien, ont reçu un intérêt particulier ces dernières années (Gaillard et al. 2024). Cependant, les effets de ces molécules sur les interactions entre microalgues et bactéries restent encore peu connus. Dans le cadre du projet Symbiotox 2 et d’une thèse menée à Ifremer, la microalgue marine Lepidodinium chlorophorum a été exposée à deux PFAS dans deux contextes microbiens : une communauté bactérienne naturellement associée à l’algue en conditions contrôlées et une communauté synthétique composée de sept espèces bactériennes sélectionnées. Des échantillons ont été prélevés afin d’étudier notamment la croissance algale et bactérienne, la composition des communautés bactériennes, les réponses transcriptomiques de l’algue et des bactéries, ainsi que la composition des EPS et les concentrations en PFAS.

Objectifs :

L’objectif principal du stage sera d’analyser et d’interpréter, à partir des données RNA‑seq obtenues préalablement, les mécanismes moléculaires associés à la réponse de Lepidodinium chlorophorum et de son bacteriome à une exposition aux PFAS. Le stage portera principalement sur l’analyse bioinformatique et statistique des données transcriptomiques et devra déterminer si une exposition aux PFAS entraîne des modifications de l’expression des gènes et des voies métaboliques chez l’algue et/ou chez les bactéries associées.

Profil recherché :

Nous recherchons un(e) étudiant(e) en Master 2 spécialisé(e) en bioinformatique, génomique, génomique fonctionnelle ou formation équivalente. Une expérience ou une formation en analyse de données RNA‑seq/transcriptomiques est fortement souhaitée. Le/la candidat(e) devra disposer de bonnes bases en statistiques et être à l’aise avec l’environnement Linux et le langage R. Des connaissances en analyse d’expression différentielle, annotation fonctionnelle et analyse de données de génomique seront particulièrement appréciées. Une expérience en métabarcoding, métatranscriptomique ou analyse de communautés microbiennes constituera également un atout, mais n’est pas indispensable. Au-delà des compétences techniques, nous recherchons un(e) étudiant(e) intéressé(e) par les problématiques d’écologie microbienne et de biologie des interactions, capable de mettre en relation les résultats bioinformatiques avec les questions biologiques posées. Une autonomie progressive, de la rigueur et un intérêt pour l’interprétation des données sont des qualités recherchées pour ce stage.

Références bibliographiques :

• Gaillard, Lucas, Kévin Bernal, Xavier Coumoul, Karine Andréau, et Etienne B. Blanc. 2024. « Polluants éternels et contamination humaine : état des lieux et enjeux autour des substances per- et polyfluoroalkylées (PFAS) ». Cahiers de Nutrition et de Diététique 59 (6): 349‑61.
  https://doi.org/10.1016/j.cnd.2024.10.003 .
• Patron, Lou, Florian Petrilli, Anaëlle Bout, et al. 2026. « Multi-omics uncovers nutrient stress-driven interactions in a synthetic Prymnesium parvum holobiont, with vitamin B12-limitation revealing mutualism ». ISME Communications 6 (1): ycag142.
  https://doi.org/10.1093/ismeco/ycag142 .
• Roux, Pauline, Raffaele Siano, Philippe Souchu, et al. 2022. « Spatio-temporal dynamics and biogeochemical properties of green seawater discolorations caused by the marine dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum along southern Brittany coast ». Estuarine, Coastal and Shelf Science 275 (septembre): 107950. https://doi.org/10.1016/j.ecss.2022.107950 .
• Serre, Ninon, Yann Aminot, et Gabrielle Maréchaux. 2026. Ces PFAS qui échappent à la surveillance environnementale. mars 29. https://doi.org/10.64628/AAK.vpttpm6xt .
• Wang, Hui, Russell T. Hill, Tianling Zheng, Xiaoke Hu, et Bin Wang. 2016. « Effects of bacterial communities on biofuel-producing microalgae: stimulation, inhibition and harvesting ». Critical Reviews in Biotechnology 36 (2): 341‑52.
  https://doi.org/10.3109/07388551.2014.961402 .