Stage M2 en génomique /bioinformatique

SFBI; Poitiers; On-site; EUR 8,900 - 13,000; Part time

Job summary

SFBI propose un stage de niveau Master 2 à Poitiers (France) pour une durée de 6 mois, avec prise de poste le 4 janvier 2027. Le projet porte sur l’étude de la dégradation de la cellulose et l’annotation de génomes, avec des opportunités de formation en pipelines bioinformatiques.

Vous explorerez des enzymes CAZymes et l’évolution des génomes chez Euastacus armatus, et bénéficierez d’un accompagnement pour l’analyse de données et l’utilisation d’outils Linux.

Qualifications

• Formation Bac+5 / Master en biologie, bioinformatique ou équivalent.
• Compétences en bioinformatique et analyse de données.
• Bonne rigueur et motivation.

Responsibilities

• Formation et accompagnement sur outils bioinformatiques, analyse de données génomiques/transcriptomiques et pipelines d’annotation.

Skills

Rigueur

Motivation

Curiosité

Bioinformatique & analyse de données

Education

Bac+5 / Master

Tools

Linux

Job description

Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterUMR7267·Poitiers (France)remuneration M2

Date de prise de poste : 4 janvier 2027

Cellulase, assemblage des genomes, annotation fonctionnelle, phylogénie, évolution.

Aperçus sur la dégradation de la cellulose chez l’écrevisse Murray (Euastacus armatus) à partir du séquençage et de l’annotation du génome

Contexte scientifique :

La capacité des animaux métazoaires à dégrader la cellulose a longtemps été considérée comme dépendant uniquement d’endosymbiotes intestinaux (bactéries ou protistes). Cependant, des travaux récents ont démontré la présence de cellulases endogènes (notamment de la famille des Glycoside Hydrolases, GH9) chez plusieurs invertébrés, y compris des crustacés décapodes. L’écrevisse de Murray (Euastacus armatus), une espèce emblématique d’eau douce, consomme une part importante de matière végétale et de détritus lignocellulosiques. Bien que la capacité de dégradation de la cellulose soit un élément clé de son écologie trophique et de son efficacité nutritionnelle, les bases génomiques de cette fonction restent méconnues chez cette espèce. L’obtention récente (dans notre laboratoire) du génome d’Euastacus armatus offre une opportunité unique d’identifier, d’annoter et d’analyser le répertoire complet des enzymes actives sur les glucides (CAZymes/cellulases) et de comprendre leur évolution fonctionnelle et structurale au sein de l’ordre des Decapoda.

Hypothèses testées dans le projet :

• Capacité endogène de dégradation de la cellulose ?
• Expansion et évolution génique ?
• Conservation évolutive chez les Décapodes ?

Techniques, méthodologies mises en œuvre

En fonction du profil et du parcours de l’étudiant(e), une formation d’accompagnement sera proposée aux outils bioinformatiques, à l’analyse de données génomiques/transcriptomiques et aux pipelines d’annotation.

Compétences particulières souhaitées:

Rigueur, motivation, curiosité, passion pour la bioinformatique et analyse de données.
Une familiarité avec l’environnement Linux serait un plus, mais ne constitue pas un prérequis.

Date limite : 18 décembre 2026

Offre publiée le 20 octobre 2026, affichage jusqu'au 18 décembre 2026