Wissenschaftlichen Mitarbeiterin*Datenanalyse / Bioinformatik (m-w-d)

Martin-Luther-Universität Medizinische Fakultät; Halle (Saale); On-site; EUR 47,000 - 71,000; Full time

Benefits offered by this job

Homeoffice

Flexible Arbeitszeitgestaltung

30 Tage Erholungsurlaub

Job summary

Die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Medizinische Fakultät, sucht ab dem nächstmöglichen Zeitpunkt eine/n Wissenschaftliche/n Mitarbeiter/in – Datenanalyse/Bioinformatik (m-w-d) in Vollzeit für bis zu drei Jahre in Halle (Saale).

Sie arbeiten an der Integration von Single-Cell- und Spatial-Transcriptomics mit Fokus auf Bauchspeicheldrüsenkrebs und translationaler Krebsforschung, betreuen Studierende und berichten an die Leitung der Arbeitsgruppe.

Qualifications

• Abgeschlossenes Hochschulstudium in Biowissenschaften (z. B. Bioinformatik, Biologie, Biochemie, Humanmedizin)
• Promotion (PhD, Dr. rer. nat., Dr. med. oder vergleichbar)
• Fortgeschrittene Kenntnisse in R und Python
• Umfassende Kenntnisse in NGS-/scRNA-seq-/räumlicher Transkriptomikdatenanalyse
• Sicherer Umgang mit Linux-Umgebungen

Responsibilities

• Konzeption und Planung von Experimenten und Datenanalysen
• Analyse von NGS-, scRNA-seq- und räumlichen Transkriptomikdaten
• Auswertung und Dokumentation der Forschungsergebnisse
• Schreiben von R- und Python-Skripten
• Entwicklung und Optimierung von Analyse-Workflows
• Etablierung neuer Daten-Analyse-Methoden
• Projektleitung
• Betreuung von Bachelor-, Master- und PhD-Studierenden

Skills

R

Python

NGS Analyse

scRNA-seq

Spatial Transcriptomics

Linux

Datenanalyse

Education

Master-/Diplomabschluss in Biowissenschaften

Promotion (PhD)

Tools

Linux

Job description

Wissen schaffen. Seit 1502: Die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg (MLU) bietet ein breites Spektrum an akademischen Fächern in den Bereichen Geistes- und Sozialwissenschaften, Naturwissenschaften und Medizin. Die älteste und größte Universität Sachsen-Anhalts entstand 1817 durch den Zusammenschluss der Universität Wittenberg (gegründet 1502) mit der Friedrichs-Universität Halle (gegründet 1694). Heute hat die Universität 340 Professoren und 20.000 Studenten. Die Forschungsschwerpunkte der Universität liegen in den Bereichen Nano- und Lebenswissenschaften, Aufklärung, Gesellschaft und Kultur.

An der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Medizinische Fakultät, Universitätsklinik und Poliklinik für Innere Medizin I, ist ab dem nächstmöglichen Zeitpunkt die auf bis zu 3 Jahre befristete Stelle einer*eines Wissenschaftlichen Mitarbeiters*innen – Datenanalyse / Bioinformatik (m-w-d) in Vollzeit zu besetzen.

Die Vergütung erfolgt je nach Aufgabenübertragung und Erfüllung der persönlichen Voraussetzungen bis zur Entgeltgruppe 13 TV-L.

Unsere Arbeitsgruppe verfolgt das Ziel, personalisierte Prävention, Diagnose und Behandlung von Bauchspeicheldrüsenkrebs durch die Analyse von Patientenproben (Pankreas, Fettgewebe, Blut) mittels Single-Cell- und Spatial-Transcriptomics zu verbessern. Diese hochdimensionalen Analysen werden durch funktionelle Studien mit ex vivo Organoid-, Primärzell- und in vivo Mausmodellen ergänzt. Die Arbeit ist in das Pankreaszentrum Halle, das DFG-geförderte GRK2751 und das EFRE-mikroPank-Konsortium integriert. Unser Bioinformatik-Team betreut die gesamte Pipeline von der Datengenerierung bis zur klinischen Anwendung.

Arbeitsaufgaben

• Konzeption und Planung von Experimenten und Datenanalysen
• Analyse von Next Generation Sequencing (NGS)-, Einzelzellsequenzierungs (scRNA-seq / snRNA-seq) und räumlichen Transkriptomik (spatial transcriptomics) Daten
• Auswertung und Dokumentation der Forschungsergebnisse
• Schreiben von R- und / oder Python-Skripten
• Entwicklung und Optimierung von Analyse Workflows
• Etablierung neuer Daten-Analyse-Methoden
• Projektleitung
• Beteiligung an nationalen und internationalen Kooperationen
• Vorträge, Seminare
• Verfassen von begutachteten (peer reviewed) Publikationen und Anträgen
• Betreuung von Bachelor-, Master- und PhD Studierenden
• Mitwirkung an Workshops und Lehrveranstaltungen gemäß LVVO
• Möglichkeit zur eigenen wissenschaftlichen Qualifizierung ist gegeben – Habilitation

Voraussetzungen

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master, Diplom) in einem Fach der Biowissenschaften wie Bioinformatik, Biologie, Biochemie, Humanmedizin oder einer vergleichbaren Fachrichtung
• Erfolgreich abgeschlossene Promotion (PhD, Dr. rer. nat., Dr. med. oder vergleichbar)
• Fortgeschrittene Kenntnisse in R und / oder Python
• Umfassende Kenntnisse und mehrjährige Erfahrungen in der Analyse von NGS-, scRNA-seq- und/oder räumlichen Transkriptomikdaten, mathematischer Modellierung dynamischer biologischer Prozesse und statistischer Analyse biomedizinischer Fragestellungen
• Sicherer Umgang mit Linux Umgebungen
• Mehrjährige Erfahrung in der Erforschung menschlicher Krankheiten, vorzugsweise Pankreaskrebs- und/oder Adipositas-Forschung
• Starkes Interesse an translationaler Krebsforschung
• Erfahrung bei der Erstellung wissenschaftlicher Publikationen und Drittmittelanträge
• Erfahrung in der Lehre
• Sehr gute Deutschkenntnisse in Wort und Schrift
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• Sehr gute didaktische Fähigkeiten
• Analytisches und problemorientiertes Denken
• Strukturierte und sorgfältige Arbeitsweise
• Fähigkeit zur Arbeit in einem interdisziplinären Team

Wir bieten

• Enge Zusammenarbeit mit experimentellen Gruppen, Kliniker*innen in den Konsortien IncuPanc / mikro-Pank,
• Zugang zu hochwertigen, Patienten und Tiermodel Multi-Omics-Datensätzen und zu Biobank Material,
• interessante und abwechslungsreiche Tätigkeiten mit Gestaltungsspielraum bei der größten Arbeitgeberin der Region,
• die Möglichkeit, mit Ihrer Tätigkeit die Bildung junger Menschen zu unterstützen und dazu beizutragen, dass neue Erkenntnisse gewonnen und wichtige wissenschaftliche Forschungsfragen beantwortet werden können,
• eine Beschäftigung im öffentlichen Dienst, Vergütung gem. Tarifvertrag der Länder (TV-L) einschließlich einer Jahressonderzahlung und einer betrieblichen Altersvorsorge,
• einen sicheren Arbeitsplatz und attraktive Arbeitsbedingungen (Homeoffice, flexible Arbeitszeitgestaltung, variable Teilzeitmodelle),
• 30 Tage Erholungsurlaub im Jahr, zusätzlich arbeitsfrei am 24. und 31. Dezember,
• eine weltoffene, vielfältige und internationale Arbeitsumgebung, die auch als familiengerecht zertifiziert ist (incl. Ferienbetreuung),
• umfassende Personalentwicklung in allen Phasen des Berufslebens mit vielfältigen Weiterbildungs- und Qualifizierungsmöglichkeiten einschließlich Bildungsurlaub,
• Angebote zur Förderung und Erhaltung Ihrer Gesundheit im Rahmen unseres Gesundheitsmanagements sowie vielfältige Angebote im Hochschulsport,
• die Möglichkeit der Teilhabe an vielfältigen sozialen Gemeinschaften (u. a. Universitätssportteams, Universitätschor oder Universitätsorchester) und der Teilnahme an spannenden Veranstaltungen, z. B. Lange Nacht der Wissenschaften, Hochschulinformationstag, Winterball der Universität,
• vergünstigte Speisenversorgung in den Mensen des Studentenwerks Halle.

Bewerbungen von schwerbehinderten Menschen und ihnen gleichgestellten Menschen werden bei gleicher Eignung und Befähigung bevorzugt berücksichtigt. Frauen werden nachdrücklich aufgefordert, sich zu bewerben.

Die Bewerbung von Menschen aller Nationalitäten ist ausdrücklich erwünscht. Bewerber*innen mit einem Abschluss, der nicht an einer deutschen Hochschule erworben wurde, müssen zum Nachweis der Gleichwertigkeit bei Abschluss des Arbeitsvertrages eine Zeugnisbewertung für ausländische Hochschulqualifikationen (Statement of Comparability for Foreign Higher Education Qualifications) der Zentralstelle für ausländisches Bildungswesen (https://www.kmk.org/zab/central-office-for-foreign-education) vorlegen. Möglichkeiten zur Beantragung eines finanziellen Zuschusses hierfür, finden Sie unter: https://www.anerkennung-in-deutschland.de/html/de/pro/anerkennungszuschuss.php#.

Bei Rückfragen wenden Sie sich bitte an Herrn Dr. Helmut Laumen ([e-mail]) oder Herrn Prof. Jonas Rosendahl ([e-mail]).

Ihre Bewerbung richten Sie bitte unter Angabe der Reg.-Nr. 7-186/26-H mit den üblichen Unterlagen bis zum 22.10.2026 an die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Medizinische Bei Rückfragen Fakultät, Universitätsklinik und Poliklinik für Innere Medizin I, Herrn Prof. Dr. Jonas Rosendahl, 06097 Halle (Saale) oder per E-Mail an: [e-mail].

Die Ausschreibung erfolgt unter Vorbehalt eventueller haushaltsrechtlicher Restriktionen. Bewerbungskosten werden von der Martin-Luther-Universität nicht erstattet. Bewerbungsunterlagen werden nur zurückgesandt, wenn ein ausreichend frankierter Rückumschlag beigefügt wurde. Eine elektronische Bewerbung ist erwünscht.