Biologe (m/w/d)

Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg; Halle (Saale); On-site; EUR 52,000 - 72,000; Full time

Job summary

Die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg sucht ab dem nächstmöglichen Zeitpunkt eine*n Wissenschaftliche*n Mitarbeiter*in – Datenanalyse / Bioinformatik (m-w-d) in Vollzeit, befristet bis zu 3 Jahre, vergütet nach TV-L EG 13.

Sie arbeiten im Pankreaszentrum Halle an personalisierten Präventions-, Diagnose- und Behandlungsansätzen, analysieren NGS-, scRNA-/ räumliche Transkriptomikdaten und entwickeln Analyse-Workflows.

Qualifications

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master/Diplom) in Biowissenschaften oder vergleichbar
• Promotion (PhD, Dr. rer. nat., Dr. med. oder vergleichbar) erfolgreich abgeschlossen
• Fortgeschrittene Kenntnisse in R und Python
• Umfassende Kenntnisse in der Analyse von NGS-, scRNA-Seq- und räumlichen Transkriptomikdaten
• Sicherer Umgang mit Linux
• Mehrjährige Erfahrung in der Erforschung menschlicher Krankheiten, vorzugsweise Pankreaskarakter
• Gute Deutsch- und Englischkenntnisse; didaktische Fähigkeiten
• Teamfähigkeit und strukturierte Arbeitsweise

Responsibilities

• Konzeption und Planung von Experimenten und Datenanalysen
• Analyse von NGS-, scRNA-seq- und räumlichen Transkriptomik-Daten
• Auswertung und Dokumentation der Forschungsergebnisse
• Schreiben von R- und Python-Skripten
• Entwicklung und Optimierung von Analyse-Workflows
• Projektleitung
• Mitwirkung an Kooperationen
• Vorträge, Seminare und Publikationen
• Betreuung von Studierenden

Skills

R

Python

Linux

Teamfähigkeit

Education

Master/Diplom Biowissenschaften

Promotion PhD

Tools

Linux

Job description

Wissen schaffen. Seit 1502: Die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg (MLU) bietet ein breites Spektrum an akademischen Fächern in den Bereichen Geistes- und Sozialwissenschaften, Naturwissenschaften und Medizin. Die älteste und größte Universität Sachsen-Anhalts entstand 1817 durch den Zusammenschluss der Universität Wittenberg (gegründet 1502) mit der Friedrichs-Universität Halle (gegründet 1694). Heute hat die Universität 340 Professoren und 20.000 Studenten. Die Forschungsschwerpunkte der Universität liegen in den Bereichen Nano- und Lebenswissenschaften, Aufklärung, Gesellschaft und Kultur.

An der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Medizinische Fakultät, Universitätsklinik und Poliklinik für Innere Medizin I, ist ab dem nächstmöglichen Zeitpunkt die, auf bis zu 3 Jahre befristete, Stelle einer*eines Wissenschaftlichen Mitarbeiters*in - Datenanalyse / Bioinformatik (m‑w‑d) in Vollzeit zu besetzen.

Die Vergütung erfolgt je nach Aufgabenübertragung und Erfüllung der persönlichen Voraussetzungen bis zur Entgeltgruppe 13 TV‑L.

Unsere Arbeitsgruppe verfolgt das Ziel, personalisierte Prävention, Diagnose und Behandlung von Bauchspeicheldrüsenkrebs durch die Analyse von Patientenproben (Pankreas, Fettgewebe, Blut) mittels Single‑Cell‑ und Spatial‑Transcriptomics zu verbessern. Diese hochdimensionalen Analysen werden durch funktionelle Studien mit ex vivo Organoid‑, Primärzell‑ und in vivo Mausmodellen ergänzt. Die Arbeit ist in das Pankreaszentrum Halle, das DFG‑geförderte GRK2751 und das EFRE‑mikroPank‑Konsortium integriert. Unser Bioinformatik‑Team betreut die gesamte Pipeline von der Datengenerierung bis zur klinischen Anwendung.

• Konzeption und Planung von Experimenten und Datenanalysen
• Analyse von Next Generation Sequencing (NGS)‑, Einzelzellsequenzierungs (scRNA‑seq / snRNA‑seq) und räumlichen Transkriptomik (spatial transcriptomics) Daten
• Auswertung und Dokumentation der Forschungsergebnisse
• Schreiben von R‑ und / oder Python‑Skripten
• Entwicklung und Optimierung von Analyse Workflows
• Etablierung neuer Daten‑Analyse‑Methoden
• Projektleitung
• Beteiligung an nationalen und internationalen Kooperationen
• Vorträge, Seminare
• Verfassen von begutachteten (peer reviewed) Publikationen und Anträgen
• Betreuung von Bachelor‑, Master‑ und PhD Studierenden
• Mitwirkung an Workshops und Lehrveranstaltungen gemäß LVVO
• Möglichkeit zur eigenen wissenschaftlichen Qualifizierung ist gegeben - Habilitation

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master, Diplom) in einem Fach der Biowissenschaften wie Bioinformatik, Biologie, Biochemie, Humanmedizin oder einer vergleichbaren Fachrichtung
• Erfolgreich abgeschlossene Promotion (PhD, Dr. rer. nat., Dr. med. oder vergleichbar)
• Fortgeschrittene Kenntnisse in R und / oder Python
• Umfassende Kenntnisse und mehrjährige Erfahrungen in der Analyse von NGS‑, scRNA‑seq‑ und / oder räumlichen Transkriptomikdaten, mathematischer Modellierung dynamischer biologischer Prozesse und statistischer Analyse biomedizinischer Fragestellungen
• Sicherer Umgang mit Linux Umgebungen
• Mehrjährige Erfahrung in der Erforschung menschlicher Krankheiten, vorzugsweise Pankreaskrebs‑ und / oder Adipositas‑Forschung
• Starkes Interesse an translationaler Krebsforschung
• Erfahrung bei der Erstellung wissenschaftlicher Publikationen und Drittmittelanträge
• Erfahrung in der Lehre
• Sehr gute Deutschkenntnisse in Wort und Schrift
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• Sehr gute didaktische Fähigkeiten
• Analytisches und problemorientiertes Denken
• Strukturierte und sorgfältige Arbeitsweise
• Fähigkeit zur Arbeit in einem interdisziplinären Team

• enge Zusammenarbeit mit experimentellen Gruppen, Kliniker*innen in den Konsortien IncuPanc / mikroPank,
• Zugang zu hochwertigen, Patienten und Tiermodel Multi‑Omics‑Datensätzen und zu Biobank Material,
• interessante und abwechslungsreiche Tätigkeiten mit Gestaltungsspielraum bei der größten Arbeitgeberin der Region,
• die Möglich...